Hors de la conscience, la notion de cause n'est plus le résultat d'une perception immédiate, mais l'application du principe de causalité : née en nous, elle est immédiatement généralisée par la raison, qui l'étend à tous les phénomènes possibles. C'est par un travail de réflexion et d'analyse qu'au-dessus de toutes les causes finies et contingentes ou causes secondes, nous formons l'idée de l'identité de la cause et de la substance : en nous aussi, agir et être, c'est tout un, et cette union de l'activité et de l'être se trouve sous-entendue dans l'axiome de Descartes : Je pense, donc je suis, la pensée par laquelle l'être se manifeste n'étant qu'un mode de l'activité, sinon l'activité entière. 

Obscurcie et plus ou moins compromise par l'esprit de système, la notion de cause subsiste, impliquée dans les croyances du sens commun, et, philosophiquement parlant, elle ne manque jamais de se relever avec le spiritualisme. Appliquée à toutes les parties des connaissances humaines et fécondée par l'observation, elle sert à rattacher à la cause souveraine et universelle les plus humbles existences, les phénomènes en apparence les plus insignifiants. La curiosité naturelle de l'esprit n'est jamais plus complètement satisfaite au sujet d'un fait, que lorsqu'elle peut le rapporter à sa cause, et c'est à déterminer la véritable nature et l'enchaînement des causes que consistent la plupart des sciences. (B-E).