Il faudrait étudier l'histoire de l'Inquisition dans chacun des pays où elle s'est implantée France, Italie, Slavie du Sud, Allemagne, Bohème, Espagne. On se bornera ici à des renseignements très sommaires.

Languedoc. 
Dans cette province travaillée par l'hérésie (Les Albigeois), les deux premiers inquisiteurs commissionnés par le pape furent deux dominicains, à Toulouse, en 1233. De concert avec les dignitaires de leur Ordre et les évêques, ils commencèrent aussitôt la lutte avec une violence extrême. Le comte Raymond obtint, il est vrai, de Grégoire IX qu'il suspendit leur activité, qui causait partout des troubles effroyables (13 mai 1238), et la suspension dura jusqu'en 1241. Mais, à cette date, elle recommença, à cause, dit-on, de l'insolente croissante des hérétiques, et, sans doute, de la rébellion de Trencavel, vicomte de Béziers. Au printemps de 1242, les inquisiteurs de Languedoc, en tournée à Avignonet, furent assassinés par les hérétiques de Montségur : ils ont été béatifiés, comme martyrs, six cents ans après, par Pie IX. Cet incident coïncida avec une dernière révolte du comte Raymond contre l'autorité royale. L'horreur qu'il inspira et la défaite définitive de Raymond eurent pour effet un redoublement de la persécution inquisitoriale. C'est alors qu'entra en fonctions le célèbre frère Bernard de Caux, surnommé « le marteau des hérétiques » . Pendant les dix années qui suivirent, l'organisation se perfectionna : les dominicains eurent des tribunaux réguliers d'inquisition à Toulouse, Narbonne, Carcassonne; les franciscains, à Marseille. Vers la fin du siècle, les hérétiques avaient presque complètement disparu, soit qu'ils eussent fui en Lombardie, soit qu'ils eussent été domptés ou exterminés. 

Mais les catholiques eux-mêmes, en proie à une intolérable police, commençaient à murmurer. Ils s'adressèrent d'abord au roi. Philippe le Bel écrivit au sénéchal de Carcassonne de veiller à ce qu'aucun abus ne se produisit au préjudice des sujets, par le fait des inquisiteurs. Cependant l'inquisiteur de Carcassonne, Nicolas d'Abbeville, et Foulques de Saint-Georges, prieur des dominicains d'Albi, avaient suscité contre eux des haines très vives. Lorsque éclata le différend entre Philippe IV et le Saint-Siège, le moment parut favorable aux Méridionaux pour mener contre ces « tyrans » une campagne énergique. Leur leader fut, en cette occasion, un lecteur du couvent des franciscains de Carcassonne, Bernard Délicieux, dont nous n'avons pas à raconter ici la carrière romanesque. Qu'il suffise de rappeler que Bernard réussit à persuader de la justice de la cause dont il était le tribun les commissaires envoyés par le roi, mais qu'il échoua finalement. Aussi bien Clément V, auquel les excès des inquisiteurs dominicains furent aussi dénoncés dès son avènement, prit à son tour en main la réforme de l'institution : en avril 1306, une commission de cardinaux fit enquête, à Carcassonne, sur les griefs des populations; mais cette enquête n'aboutit qu'à la réforme dite clémentine, adoptée par le concile de Vienne réforme anodine, comme on l'a vu plus haut, et qui resta lettre morte, Jean XXII, successeur de Clément V, fut, au contraire, quoiqu'il ait publié les Clémentines, un protecteur zélé des inquisiteurs : il sacrifia Bernard Délicieux; l'Inquisition reprit triomphalement le cours de ses travaux ; Bernard Gui, inquisiteur de Toulouse depuis 1306, dit qu'en quatorze ans, de 1301 à 1315, on découvrit plus de mille cas. C'est lui qui procura la capture et l'exécution du dernier ministre cathare, Pierre Autier, et de ses derniers fidèles : il n'y eut plus de patarins, après 1315, dans le midi de la France. Le rôle de l'Inquisition lanquedocienne était terminé, ou à peu près : elle avait très réellement extirpé l'hérésie et contribué, pour une large part, par les confiscations immenses que ses condamnations entraînèrent, à déposséder de ses terres l'ancienne aristocratie autochtone, au profit de la couronne capétienne.

France du Nord.
C'est aussi en 1233 qu'apparaît dans la France du Nord le premier inquisiteur pontifical, le dominicain Robert le Bougre, un fanatique de la pire espèce. Avec la protection de Louis IX, Robert le Bougre parcourut pendant plusieurs années la Flandre, la Champagne et la Bourgogne, multipliant les holocaustes; à la fin, Grégoire IX fut obligé de lui retirer sa commission, car sa folie meurtrière était devenue manifeste, et il disparut. Il eut des successeurs dont ni les noms ni l'activité ne sont connus, mais dont on sait que les dépenses étaient défrayées par le roi. En 1253, Innocent IV nomma le provincial des dominicains à Paris comme chef des inquisiteurs de France; ceux-ci, en 1273, étaient au nombre de six (y compris ceux du Languedoc); en 1290, Nicolas IV rattacha la Lorraine, la Suisse française et la Franche-Comté à l'Inquisition de France. Le plus ancien autodafé, célébré à Paris, qui soit connu, est celui d'une certaine Marguerite Porete, qui professait des doctrines quiétistes (31 mai 1310). 

Comme tous les documents inquisitoriaux du XIV^e siècle sont perdus, on ne sait rien de ce que les inquisiteurs de France firent à cette époque; l'oubli a recouvert totalement la mémoire des bourreaux et des victimes. Nul doute, cependant, qu'il y ait eu des victimes. En 1372, une sainte femme de la secte des « turlupins » fut brûlée au marché aux pourceaux de la porte Saint-Honoré; cinq autres turlupins furent bridés à Douai en mai 1421; le cas de Hugues Aubriot et l'histoire.des Vaudois fourniraient aussi, s'il en était besoin, la preuve que l'Inquisition ne chôma pas. Il n'en est pas moins certain que l'institution était en complète décadence au commencement du XV^e siècle. Déjà, sous Philippe de Valois, la juridiction inquisitoriale était considérée comme une juridiction « royale » et soumise, à ce titre, à la surveillance du Parlement. Le Parlement, l'Université de Paris se substituèrent peu à peu à l'Inquisition et la suppléèrent. Elle se survécut néanmoins, quoique déconsidérée: il y eut en France des inquisiteurs en titre d'office jusqu'à la fin du Moyen âge.

Italie. 
Pour beaucoup de raisons, l'hérésie n'était nulle part plus répandue qu'en Italie au commencement du XIII^e siècle. Les rudes travaux, couronnés de succès, des dominicains de Florence contre les hérétiques de cette ville persuadèrent Grégoire IX, nous l'avons vu, d'utiliser désormais, pour les opérations de ce genre, les milices des ordres mendiants. Dès 1232, fra Alberico exerça les fonctions d'inquisiteur en Lombardie; en 1233, fra Rolando de Crémone (le célèbre professeur de Paris et de Toulouse) à Plaisance, Pierre de Vérone (saint Pierre Martyr) à Florence, à Crémone, à Milan, etc. Pierre Martyr fut assassiné le 7 avril 1252 : cet événement (comme celui d'Avignonet) fut très bien exploité par Rome, pour sanctifier aux yeux du peuple la cause de tous les inquisiteurs en général : il n'y a pas de personnage qui ait été canonisé plus vite ni dont le culte ait été plus chaudement recommandé par le Saint-Siège que celui de Pierre de Vérone, qui fut bientôt égalé à saint Dominique lui-même et qui devint dans toute l'Italie le patron des associations piétistes de Crocesignati, espions, familiers et gardes du corps de l'Inquisition romaine. D'ailleurs, l'Inquisition se transforma promptement, en Italie, en un instrument de règne pour le Saint-Siège, en une arme au service du parti guelfe, les princes gibelins étant les protecteurs d'hérétiques avérés. Une confusion s'établit ainsi entre la foi et la politique. Les destinées de l'Inquisition furent, dès lors, liées à celles du parti guelfe et oscillèrent en même temps. La conquête de royaume de Naples par Charles d'Anjou, champion du pape, et l'écrasement des gibelins, qui en fut la conséquence, la fit fleurir dans presque toute la péninsule, en particulier à Naples et en Sicile, où elle était auparavant inconnue. A Venise seulement, l'Inquisition pontificale n'eut jamais les coudées franches, et resta soumise à la surveillance des autorités laïques. Ajoutons que, comme en France, l'histoire de l'Inquisition en Italie, à partir du XIV^e siècle, est celle d'une décadence (sauf en Savoie et dans la Haute-Italie, à cause des Vaudois), qui s'accentua continuellement jusqu'à ce que la Réforme obligeât l'Église à restaurer, là comme ailleurs, sa machine à persécutions.

Slavie du Sud. 
La redoutable hérésie des Cathares avait eu son berceau chez les Slaves de l'Adriatique, et l'attention du Saint-Siège avait été attirée de bonne heure du côté de ce foyer brûlant d'hétérodoxie, qui s'étendait de la Bulgarie et de la Bosnie à Spalato. Les Cumans et les Bosniaques martyrisèrent de nombreux dominicains au temps de Grégoire IX. En 1298, Boniface VIII fit de la Slavonie (du Danube à la Macédoine), une province franciscaine de l'Inquisition. L'invasion des Turcs mit fin, au XV^e siècle, à l'activité inquisitoriale de ce côté.

Allemagne. 
Au commencement du XIII^e siècle, les nombreux hérétiques d'Allemagne avaient trouvé un adversaire impitoyable en la personne d'un prêtre séculier, à moitié fou, Conrad de Marburg, le directeur de sainte Elisabeth de Thuringe. C'est à lui que Grégoire lX s'adressa dès 1227 : il fut armé par le pape de pouvoirs quasi-illimités comme inquisiteur et réformateur général des églises d'Allemagne. Des dominicains (Conrad Tors, etc.) lui furent adjoints en 1231-1232. La persécution, d'une brutalité incroyable, fit rage, jusqu'à ce que, comme elle atteignait des personnages considérables, Conrad de Marhurg fût tué (31 juillet 1233), les archevêques et les évêques de l'Empire protestassent et une réaction se déclarât contre les persécuteurs en général. L'horreur excitée par Conrad et ses acolytes aida beaucoup l'épiscopat allemand à maintenir ses droits et à repousser l'Inquisition pontificale. Après 1233, on n'entendit plus parler d'inquisiteurs en Allemagne pendant long temps; une tentative d'Innocent IV pour en installer dans la Franche-Comté (qui dépendait de l'Empire) échoua; les seules régions de l'Empire où il y ait eu des « inquisiteurs » proprement dits, au commencement du XV^e siècle, sont celles où prédominait l'influence du royaume voisin de France; partout ailleurs, l'inquisition diocésaine suffit. Mais, Innocent VI (1352) et Urbain V (1357) reprirent avec énergie la pensée de Grégoire IX. En 1367, Urbain V nomma deux inquisiteurs dominicains en Allemagne pour détruire les beghards, les flagellants, les frères et les soeurs du Libre Esprit, etc. : l'un d'eux, frère Walter Kerlinger, était chapelain de l'empereur Charles IV. Charles, en excellents termes avec Rome, prit de tout son pouvoir des mesures pour acclimater dans l'Empire l'institution inquisitoriale, sous sa forme italienne. Elle prospéra, en effet, jusqu'à la mort de Charles IV et le commencement du grand schisme; mais, privée par ces deux événements de ses puissants protecteurs, elle ne put se maintenir contre l'hostilité des évêques et la réprobation des peuples : elle ne disparut pas, mais resta, comme ailleurs à la même époque, sans importance ni efficacité. Elle se montra tout à fait impuissante à lutter contre les précurseurs de Luther.

Bohème. 
Le roi de Bohème, Ottokar II, pria le pape Alexandre IV, en 1257, de l'aider à supprimer l'hérésie dans ses Etats; deux inquisiteurs franciscains lui furent envoyés. Mais c'est en 1318 seulement que l'on voit des inquisiteurs pontificaux, commissionnés par Jean XXII, agir énergiquement en Bohème et en Pologne. Puis le silence se fait de nouveau. Les précurseurs de Jean Huss à l'Université de Prague ne furent pas molestés. Huss  lui-même fut livré, comme on sait, par le concile de Constance à la justice inquisitoriale. Le procès de Jean Huss est un des plus célèbres exemples des procédés de cette justice, non pas, comme on le crut en Allemagne, où elle était peu connue, dans ce qu'elle avait de plus rigoureux, mais sous une forme atténuée et relativement bénigne.

Espagne.
Avant les Rois catholiques, l'Inquisition des Grégoire IX, des Innocent IV, des Alexandre lV et des Urbain IV resta complètement inconnue dans le royaume de Castille et de Léon. Dans cet Etat, très indépendant de Rome, la répression de l'hérésie fut, au Moyen âge, affaire d'Etat et procurée directement par la couronne, sur l'avis de l'Eglise séculière. La situation était différente dans le royaume d'Aragon, dont la population était assez analogue à celle du Languedoc, a reçu de Grégoire IX l'Inquisition dominicaine  en 1237-1238. Les inquisiteurs éprouvèrent d'abord, dans ce pays, de grandes difficultés : l'un d'eux, fray Pons de Espira, fut tué. En 1262, Urbain IV rédigea des instructions détaillées pour l'Inquisition d'Espagne, mais l'institution continua de végéter jusqu'à la fin du XIII^e siècle. En 1327, les Cortès, avec l'assentiment du roi Jaime II, prohibèrent l'usage de la procédure inquisitoriale (notamment de la torture) comme contraire aux fueros; mais cette prohibition ne fut pas respectée. L'homme le plus connu de l'Inquisition aragonaise, pendant la seconde moitié du XIV^e siècle, est sans contredit Nicolas Eymerich, l'auteur du Directorium Inquisitorium, base de toutes les compilations postérieures du même genre; mais il vivait dans un royaume où le Saint-Office n'avait jamais été fort prospère et dans un temps où, n'ayant affaire qu'à des hérétiques très pauvres, fraticelles et vaudois, il mourait, pour ainsi dire, d'inanition.

La renaissance, qui fut éclatante, se fit attendre encore un siècle après Eymerich : elle s'opéra par les soins de Ferdinand le Catholique, roi de Castille (1474) et d'Aragon (1479). L'introduction de l'Inquisition en Espagne à partir de la fin du XV^e siècle s'explique par l'inefficacité des vieilles inquisitions épiscopales de Castille, qui devint manifeste lorsque, au temps de Ferdinand le Catholique, les conquêtes sous les Maures et les conversions forcées de musulmans et de juifs, eurent multiplié dans les Etats de la couronne d'Espagne les « nouveaux chrétiens » de foi douteuse et de doctrines suspectes. Sixte IV sanctionna, le 1^er novembre 1478, l'organisation de la nouvelle Inquisition d'Espagne, avec des traits caractéristiques, qui, depuis, n'ont pas été altérés. C'est une institution royale le roi est autorisé à en choisir les fonctionnaires et il pourvoit à son entretien; c'est au profit de son trésor que les biens des condamnés sont confisqués. A la direction de la machine, un chef à vie (inquisiteur général), président d'un tribunal supérieur, où siègent quelques laïques et qui soumet les évêques eux-mêmes à sa juridiction de fer; des tribunaux inférieurs dans toutes les grandes villes (notamment à Séville et à Valladolid); la procédure de toutes ces cours fut déterminé par la célèbre instruction du 29 septembre 1484. Le premier inquisiteur général, désigné par la couronne de Castille, fut Thomas de Torquemada, prieur des dominicains de Ségovie; en cinq ans, il présida à la condamnation à diverses peines de 100 000 personnes, et dont plusieurs milliers (jusqu'à 10 000?) périrent par le feu. La maison de Castille essaya d'acclimater des établissements analogues dans tous les pays que la guerre ou des alliances lui valurent successivement en Aragon (1482), dans les Baléares (1490), en Sardaigne (1492); en Sicile (1508). Philippe II a porté aussi l'Inquisition à l'espagnole en Lombardie, à Naples, dans les Pays-Bas, pour combattre à la fois l'hérésie et les rebellions politiques, les doctrines évangéliques et les franchises municipales, bref l'esprit de liberté et la liberté de l'esprit sous toutes les formes. Mais, partout, à Milan et à Naples comme en Brabant et en Hollande, des insurrections éclatèrent contre l'abominable tyrannie. La politique inquisitoriale du duc d'Albe coûta les Pays-Bas à l'Espagne. 

En Espagne même, l'institution ne s'était pas implantée sans efforts : les Cortès d'Aragon avaient longtemps protesté; mais enfin le silence s'était fait : le « succès avait dépassé les espérances » ; à la fin du XVII^e siècle, l'Inquisition nationale était encore considérée comme le palladium de la monarchie, quoiqu'on ne l'employât plus guère (car il n'y avait plus d'hérétiques) que contre les bigames, les blasphémateurs, voire les contrebandiers. La première atteinte aux privilèges exorbitants de l'Inquisition espagnole date de 1770, époque où le ministre Aranda prit quelques mesures pour garantir contre son arbitraire les officiers de la couronne et les nobles. La suppression totale de l'Inquisition en Espagne, décrétée par l'usurpateur Joseph Bonaparte en 1808, fut confirmée par les Cortès de Cadix en décembre 1813; Ferdinand VII la rétablit (21 ,juillet 1814); mais en l'énervant, car il eut la faiblesse de faire aux idées du siècle la concession d'abandonner l'usage traditionnel de la torture proprement dite : toutes les personnes désagréables au parti ultra-réactionnaire firent connaissance, pendant les premières années de la restauration bourbonnienne, avec les cachots du Saint-Office. Les prisons du Saint-Office de Madrid furent, il est vrai, saccagées en 1820 par les libéraux exaspérés; mais l'armée française ayant rendu le pouvoir à Ferdinand, I' « institution nationale » fut sauvée encore une fois (sous réserve de quelques modifications). C'est en 1834 seulement que l'Inquisition d'Espagne fut abolie; ses biens furent attribués au trésor public deux ans après. Il y eut des retours offensifs et des tentatives de résurrection jusqu'en 1868.

Le Portugal.
Au Portugal, Alphonse II avait refusé nettement d'admettre l'inquisition pontificale, lorsque l'Ordre dominicain s'était introduit dans ses Etats : la prohibition dura cent cinquante ans. Le premier inquisiteur au Portugal fut un franciscain, appointé, en 1376, par l'évêque de Lisbonne. Mais l'Inquisition portugaise resta sans importance jusqu'en 1531, date où Jean III la réorganisa sur le modèle de la nouvelle Inquisition d'Espagne. Le pays était devenu un refuge pour les juifs après l'expulsion générale de 1492 en Andalousie. Il réagit alors en imitant l'institution de Ferdinand le Catholique. Jean III, comme Ferdinand, fit du Saint-Office une administration de l'Etat et se réserva d'en nommer le chef, le grand inquisiteur en résidence à Lisbonne. Lorsque le Portugal fut annexé aux domaines de la maison de Castille (de 1581 à 1640), le pur régime castillan y fonctionna naturellement. La fin du XVII^e et le XVIII^e siècle furent marqués par des luttes acharnées entre le Saint-Office devenu trop puissant, - au point de gêner l'autorité monarchique elle-même, et de se soustraire fréquemment à la surveillance du Saint-Siège, - et tout ce qui n'était pas dominicain ou jésuite. Le marquis de Pombal remporta en 1767 une victoire décisive sur le Saint-Office portugais (Le Portugal au XVIII^e siècle) ; mais cette victoire ne fut complétée, par la destruction définitive de l'établissement tout entier, que sous Jean VI, en 1820. C'est en vain que les partisans de don Miguel, comme ceux de don Carlos, firent de sa restauration un article de leur programme.

L'Amérique latine.
Par les atrocités commises en Espagne et en Portugal au nom de l'Inquisition, il est facile de deviner ce qui se passa dans les colonies espagnoles et portugaises en Amérique, au Mexique, au Pérou, en Colombie, au Brésil. Dans tous les  pays de l'Amérique du Sud, l'abolition de l'Inquisition a coïncidé avec le succès des guerres de l'Indépendance.  (L.).