Tous les frères devaient au successeur de saint François une stricte obéissance; mais si à quelque moment il apparaissait à l'ensemble des ministres provinciaux et des gardiens, que le ministre général était insuffisant au service et à la commune utilité des frères, ceux à qui appartenait le droit d'élection étaient tenus de pourvoir à son remplacement. Peut-être cette prescription a-t-elle stimulé les agitations qui troublèrent la congrégation sous ses premiers généraux. Le chapitre général devait s'assembler tous les trois ans, au lieu indiqué par le ministre général; mais celui-ci avait la faculté d'éloigner ou de rapprocher les convocations (C. VIII). Pour être reçu dans l'ordre, il fallait d'abord être examiné par les ministres sur la foi catholique et les sacrements, puis vendre ses biens et s'appliquer à en distribuer le prix aux pauvres. Tous les frères devaient porter des vêtements vils, mais ils pouvaient les rapiécer avec des sacs ou d'autres pièces (C. II). Il leur était défendu de rien s'approprier, ni maison, ni terre, ni quoi que ce fût ; toute confiance étant mise en l'aumône (C. VI). En entrant dans une maison, ils devaient dire : Paix à cette maison. Là, suivant l'Evangile, il leur était permis de manger de tous les mets qui leur étaient apportés (C. IV). Ceux à qui le Seigneur avait donné la grâce de travailler, devaient le faire fidèlement et dévotement, afin d'éviter l'oisiveté, ennemie de l'âme. Pour prix de leur travail, ils pouvaient recevoir des choses nécessaires au corps, pour eux ou pour leurs frères, excepté des deniers ou de l'argent (C. V). Ceux qui ignoraient les lettres ne devaient point se soucier de les apprendre, mais désirer par dessus tout d'avoir l'esprit du Seigneur et sa sainte opération (C. X). Dans leur prédication et leurs propos, il leur était recommandé d'être circonspects et chastes, pour l'édification du peuple, en lui découvrant les vices et les vertus, les châtiments et la gloire, avec de la concision dans le discours, car le Seigneur a fait la parole brève (C. IX). Il leur était strictement ordonné de n'avoir point de rapports ni d'entretiens suspects avec des femmes. Ils ne pouvaient entrer dans des monastères de religieuses, qu'avec la permission du siège apostolique (C. Xl). Dans exercice de leur autorité, même pour la punition des fautes, les supérieurs devaient s'inspirer de l'esprit de fraternité et de miséricorde; de leur côté, les inférieurs devaient se souvenir qu'ils avaient renoncé à leur propre volonté (C. VII et X). Enfin, il était formellement prescrit aux ministres de demander au pape un des cardinaux pour être le pilote, le protecteur et le correcteur de toute leur fraternité, afin qu'elle restât sujette aux pieds de la sainte Eglise romaine, et ferme dans la foi catholique (C. XII).

La pauvreté sainte, c. -à-d. la pauvreté absolue, l'interdiction non seulement à chaque frère individuellement, mais à la fraternité tout entière de rien acquérir ni même posséder en propre, l'obligation de toute attendre au jour de jour de l'aumône, étaient terrestrement incompatibles avec l'existence et la durée d'une communauté destinée à accomplir une oeuvre régulière et permanente. Le développement rapide de l'ordre et son extension en des pays divers firent apparaître, dès les premières années, l'impossibilité de réaliser ces conditions prescrites par la règle, recommandées par les exhortations les plus pressantes et par l'exemple de saint François. Elie de Cortone, à qui il avoit confié l'administration de la fraternité, y avait introduit des relâchements, vraisemblablement imposés par la nécessité. On l'avait remplacé par Pierre de Catane; mais finalement il avait été rétabli dans ses fonctions. Après la sort de saint François, l'opposition qui avait réussi une première fois à le faire destituer, renouvela avec une grande ardeur ses attaques contre lui; elle était soutenue par Saint Antoine de Padoue et dirigée par Césaire de Spire. D'où, de nom de Césarins donné à ce parti. Elle fut accusé par Adam Matisco devant le pape, qui l'obligea à donner sa démission; mais approuvé par la majorité des ministres provinciaux et des gardiens, il réussit à se faire réélire, prit des mesures rigoureuses contre ses adversaires, et déclara que la règle de pauvreté ne devait être littéralement appliquée qu'à ceux qui s estimeraient être les égaux de saint François. Déposé définitivement en 1239, il prit parti pour l'empereur Frédéric Il, fut excommunié avec lui et ne reçut l'absolution qu'à l'heure de sa mort (1253).

Cependant la tendance représentée par Elie de Cortone finit par prévaloir. La dernière disposition de la bulle qui avait confirmé la règle de Saint-François portait qu'il était absolument défendu a tout homme de l'enfreindre ou combattre par une audace téméraire. Quiconque essayerait d'y attenter encourrait l'indignation du Dieu tout-puissant et des bienheureux apôtres Pierre et Paul. Afin de ne pas changer la règle, les papes l'interprétèrent. Dès 1231, Grégoire IX avait autorisé les Franciscains à choisir des hommes probes pour faire en leur nom, mais au profit de l'ordre, des acquisitions de meubles et d'immeubles, de façon qu'en les acceptant on ne parût recevoir que des aumônes. A cet effet, une distinction ingénieuse fut posée entre l'usufruit et la propriété : l'usage de certaines choses étant indispensables à l'homme, l'ordre pouvait posséder tout ce qui est nécessaire à la vie, pourvu qu'il ne prétendit pas en être propriétaire. D'après une bulle d'Innocent IV (1245) la propriété devait appartenir au Saint-siège. En vertu de cette fiction, l'ordre fut invité à établir dans ses différentes provinces des administrateurs chargés de procéder, sous l'autorité du pape, à tous les actes concernant l'usufruit. 

Ces mesures exaspérèrent les Franciscains restés fidèles à l'esprit, aux prescriptions et aux recommandations du fondateur de leur ordre. Ils accusèrent l'Eglise de s'être laissé corrompre elle-même par les richesses; saint François leur parut être un second messie; et son oeuvre une révélation nouvelle accordée à l'humanité. Les plus intransigeants empruntèrent aux idées  et aux écrits de Joachim de Flore le nom de spirituels, viri spirituales, c.-à-d. de fidèles attendant et préparant l'ère du Saint-Esprit, troisième âge de l'humanité. En 1247, ils eurent la majorité dans le chapitre de l'ordre; un des leurs, Jean de Parme, fut élu ministre général. Dans un nouveau chapitre, convoqué par ordre d'Alexandre IV, il dut se démettre de sa dignité. On le remplaça par saint Bonaventure qui, malgré son mysticisme, était un des adversaires des spirituels (1256). La rapide corruption de l'ordre est attestée et par les attaques de Guillaume de Saint-Amour contre les moines mendiants (De periculis novissimorum temporum, 1256) et par une lettre que Bonaventure lui-même adressa à tous les ministres provinciaux (23 avril 1257), leur ordonnant de réprimer la cupidité, l'oisiveté et le vagabondage. Dans une autre lettre, il réprimandait les religieux, à cause de leurs empiètements sur le clergé séculier et de leurs obsessions auprès des malades, pour obtenir des legs. Le parti des spirituels subsista. Une nouvelle interprétation de la règle de pauvreté par Nicolas III, destinée à les apaiser (1279) ne servit qu'à les irriter. En 1283, le frère Jean-Pierre d'Olive les réunit à Narbonne, pour observer ensemble la règle dans le sens le plus strict. En 1294, Célestin V les constitua en une congrégation distincte sous le nom de pauvres ermites du pape Célestin. Dès 1302, Boniface VIII supprima cette congrégation, et entreprit une persécution à outrance contre les spirituels, qu'il accusait de schisme et d'hérésie. Ils tinrent tête au pape, contestèrent sa légitimité et l'accusèrent de la mort de Célestin V, son prédécesseur et leur protecteur. Le frère Jacopone di Todi dirigea contre lui une de ses plus véhémentes poésies. Ils n admettaient que l'usage des choses les plus nécessaires à la vie, usus pauper; ils ne voulaient ni granges, ni celliers, ni provisions quelconques. Au concile de Vienne (1311-1312), Clément V se prononça pour l'usus pauper, espérant par cette concession ramener les spirituels à la règle commune. Ils persistèrent dans leur dissidence. En 1314, cent vingt d'entre eux, aidés par les habitants de Narbonne et de Béziers, chassèrent des couvents de ces deux villes les conventuels, c.-à-d. les Franciscains qui suivaient la règle mitigée parles papes, et soutenaient que leur ordre pouvait user de ses biens, pourvu qu'il les possédât en commun et que chaque frère restât pauvre. Ils reçurent beaucoup d'adhérents venus de divers côtés et se constituèrent conformément à leurs principes.

Par bulle de 1317, Jean XXII leur enjoignit de se soumettre, leur rappelant que le principal des voeux monastiques est le voeu d'obéissance. L'année suivante, un des leurs, Bernard Délicieux, du couvent de Béziers, partit pour Avignon, avec soixante-quatre religieux. Il exposa devant le pape leur doctrine sur la pauvreté, mais dénoncé pour avoir combattu pendant plusieurs années l'inquisition albigeoise, il fut transporté à Carcassonne et condamné comme hérétique. Pendant son procès, quatre des frères qui l'avaient accompagné à Avignon, furent brûlés à Marseille. Les spirituels les considérèrent comme des martyrs; ils traitèrent le pape d'hérétique et de précurseur de l'antéchrist. L'Eglise romaine devint pour eux la grande Babylone. Le pape, de son côté, les excommunia (1318). Ils étaient nombreux en Provence, en Toscane et en Sicile, vraisemblablement soutenus par les membres du tiers ordre. lls s'appelaient eux-mêmes Fratres de paupere vita; le peuple italien leur donna le nom de Fraticelli. On les accusa des désordres qu'on impute d'ordinaire à ceux qu'on persécute. L'Inquisition, qui les confondit souvent avecles béghards hérétiques, sévit contre eux avec une rigueur extrême. Beaucoup périrent sur les bûchers.

Malgré ses discordes intestines, l'ordre avait pris rapidement un énorme développement. Une liste dressée en 1264, cinquante-cinq ans après sa fondation, énumère 8000 maisons dans 33 contrées et évalue le nombre des membres au moins à 200,000. Ils continuèrent à se multiplier, car la peste noire (1348) en enleva 190,000. Il est vraisemblable que les membres du tiers ordre sont comptés dans ces nombres. 

Parmi ceux qui n'avaient pas suivi le parti des spirituels, il restait deux tendances fort différentes, déterminées par la différence de leur attachement à la règle primitive; mais ceux-là même qui jouissaient avec la plus sereine satisfaction des mitigations introduites professaient, comme les autres, que Jésus et ses apôtres n'ont eu aucune propriété, ni individuelle, ni commune, et que la pauvreté est nécessaire à l'imitation de la vie apostolique. En 1322, un de leurs chapitres généraux, tenu à Pérouse, proclama cette doctrine, pour répondre à une assertion contraire émise par un dominicain, précisément dans une procédure dirigée contre un fraticelle, par l'Inquisition de Narbonne. Cette doctrine ne pouvait convenir aux papes : ils n'étaient pas pauvres, et pourtant ils se disaient les vicaires de Jésus-Christ et les successeurs d'un de ses apôtres. Afin de démasquer la prétendue pauvreté des Franciscains et de démentir leur fictive distinction entre l'usage et la propriété, Jean XXII renonça à l'énigmatique propriété qui avait été attribuée au Saint-siège pour couvrir les ordres mendiants. Par bulle du 8 décembre 1322, il décida qu'à l'avenir ces ordres exerceraient librement les droits attachés à leurs possessions et qu'ils n'auraient plus ni syndics ni procureurs nommés par les papes; puis (12 novembre 1323) il condamna comme hérétique la doctrine adoptée par le chapitre général de Pérouse. Les Franciscains protestèrent. En 1327, le pape cita à Avignon leur ministre général, Michel de Cesena, qui avait présidé le chapitre de Pérouse. Un chapitre tenu à Bologne le maintint contre le pape. Pour se soustraire aux poursuites, Michel s'enfuit avec les frères Occam et Bonagratia; ils allèrent rejoindre en Italie Louis de Bavière, et dans leurs écrits défendirent avec une égale véhémence la cause de ce prince et celle de la pauvreté apostolique, reprochant au pape diverses hérésies, et l'accusant de changer le règne de Dieu en royaume du monde. Cependant, la majorité des Franciscains s'était soumise au pape; en 1329, ils élurent un général qui lui était dévoué. Dès lors, obstinément décidés à ne point accepter le titre de propriétaires, ils adoptèrent une autre fiction, d'après laquelle les biens qu'ils détenaient étaient censés rester en propriété aux donateurs.

Pendant le cours du XIV^e siècle, les dissidents formèrent de petites associations pour la stricte observance de la règle, dissoutes par les papes et renaissant toujours. Elles furent reconnues en 1415, par le concile de Constance et constituèrent sous le nom de Mineurs observants ou de Fratres regularis observantito, une des branches de l'ordre de Saint-François. En la même année, les observants se mirent en possession du monastère de Portioncula, berceau de l'ordre. 

Dès lors, les Conventuels déclinèrent rapidement. En 1517, Léon X les exclut de l'élection du général de l'ordre entier, il ordonna qu'à l'avenir leur propre ministre général serait soumis à la confirmation du général élu par les observants. Le cardinal Ximenès leur enleva presque toutes les maisons qu'ils possédaient en Espagne, pour les donner aux observants. Philippe II les abolit complètement au Portugal, lorsqu'il devint maître de ce royaume. En France, ils ne furent guère mieux traités : on réserva le nom de Cordeliers aux Observants. Cependant, au XVIII^e siècle les Conventuels possédaient encore une cinquantaine de maisons en Bourgogne, en Dauphiné, en Provence, en Guyenne et dans le Languedoc. 

Parmi les Observants se formèrent des réformes qui firent donner aux religieux qui les adoptèrent le nom de Mineurs de l'étroite observance. Leurs principales congrégations étaient celles des Franciscains déchaussés, instituée, par Pierre d'Alcantara, particulièrement florissante en Espagne (en Italie, on les appelait Franciscains réformés) et celle des Récollets. Deux autres branches de l'ordre, plus distinctes et plus considérables, sont représentées par les Capucins et par les Minimes.

Les Mineurs de l'observance et de la stricte observance étaient classés en Cismontains (Italie, haute Allemagne, Hongrie, Pologne, Syrie et Palestine : 66 provinces, 3 custodies, 6 préfectures) et en Ultramontains (reste de l'Europe, Asie, Amérique : 81 provinces). Ces deux sections se subdivisèrent en diverses congrégations. Au XVIII^e siècle, elles possédaient ensemble 7000 couvents d'hommes (115,000 religieux), 1000 couvents de femmes (28,000 religieuses). 

En France, les Cordeliers avaient 8 provinces : France (39 couvents d'hommes, 48 couvents de filles); France parisienne (26 c. h.; 32 c. f.); Touraine (33 c. h.; 8 c. f.) Touraine pictavienne (26 c. h.; 12 c. f.); province de Saint Bonaventure, dont le centre était Lyon (49 c. h.; 13 c. f.); Aquitaine ancienne (35 c. h. ; 13 c. f.); Aquitaine
nouvelle (41 c. h.; 20 c. f.) ; province de Saint-Louis, comprenant la Provence, le bas Languedoc, le Roussillon, etc. (35 c. h.; 6 c. f.). Ils étaient agrégés à l'université de Paris et formaient avec des religieux d'autres ordres une des quatre classes de la faculté de théologie. 

Par la suite l'ordre de Saint-François a été ainsi divisé : Mineurs observants, parmi lesquels se choisit le ministre général de tout l'ordre. Ce ministre est assisté d'un procureur général. Mineurs observants réformés, dirigés par un procureur général résidant à Rome. Mineurs récollets et d'Alcantara, procureur général à Rome. Mineurs Conventuels, procureur général à Rome. Mineurs capucins; ils ont un ministre général, assisté d'un procureur général résidant à Rome. Tiers ordre régulier, dirigé par un vicaire général assisté d'un procureur général résidant à Rome. En 1861, il y avait en France 273 pères franciscains possédant 21 maisons et 40 frères de Saint-François d'Assise en 2 maisons.

La prédication de saint François avait ému un vif désir de pénitence chez un grand nombre de personnes qu'il était impossible ou dangereux de retirer du monde. Il institua pour elles une discipline qui leur permettait de donner satisfaction à leur désir, tout en respectant les liens et en remplissant les devoirs qui les tenaient attachées à leur famille on à leur condition sociale. Telle fut l'origine du Tiers ordre (fondé en 1221 au bourg de Carnério, dans la vallée de Spolette) qui plaça tant de laïques sous la direction des Franciscains ou des autres religieux qui leur empruntèrent cette combinaison. Saint François n'y admettait que ceux qui justifiaient de ressources suffisantes pour ne pas devenir à charge aux autres pénitents; s'ils étaient mariés, il exigeait le consentement de leur conjoint. Ils n'étaient reçus tertiaires qu'après une enquête et une année de noviciat; mais, dès lors, ils ne pouvaient sortir du Tiers ordre que pour entrer dans un monastère. Dans les trois mois qui suivaient leur profession, ils devaient faire leur testament; ce qui fournissait aux religieux des moyens de captation dont on leur a souvent reproché d'avoir usé. Ce Tiers ordre fit en peu de temps beaucoup de progrès, parce qu'il participait à tous les privilèges, grâces et indults accordés aux Frères mineurs. De hauts personnages y entrèrent, notamment en France; saint Louis, la reine Blanche, sa mère; Marguerite de Provence, sa femme; sainte Isabelle, sa soeur; Elisabeth de France, femme de Philippe IV d'Espagne; Anne d'Autriche, mère de Louis XIV; MarieThérèse, sa femme. Cependant en plusieurs pays et à diverses époques, les Tiers ordres furent comprimés et même persécutés, pour le motif que nous avons précédemment indiqué et parce qu'ils introduisaient dans les familles des éléments de trouble et dans l'Etat des affiliations inquiétantes. 

Enfin, pour ceux qui, à la discipline ordinaire des Tertiaires voulaient ajouter la retraite et la vie en communauté ou aussi une oeuvre spéciale, on établit des tiers ordres réguliers. Parmi les pénitents de Tiers ordre régulier de souche franciscaine, se distinguait, en France, la congrégation de Picpus, instituée en 1595 par Vincent Massart; elle possédait soixante-trois maisons dans le royaume, réparties en quatre provinces. Elle fut rétablie sous la Restauration.

De tous les ordres monastiques, l'ordre de Saint-François est celui qui a fourni  le plus de saints canonisés et qui a reçu la plus grande quantité des indulgences et des grâces dont l'Église dispose. On a dit, avec quelque raison, que les papes l'ont entouré d'un rempart de privilèges et de prérogatives; sans doute en récompense de ses services, mais peut-être un peu parce qu'il savait, à l'occasion, faire sentir un mécontentement que son crédit auprès du peuple pouvait rendre dangereux. Par la bulle Mare magnum (1474), Sixte IV lui accorda tout ce qui pouvait être octroyé aux ordres mendiants. 

Les Franciscains ont donné au Saint-siège cinq papes : Nicolas IV, Alexandre V, Sixte IV, Sixte V, Clément XIV, et quarante-cinq cardinaux. Ils comptent aussi parmi eux des poètes, tels que Pacifico, que l'empereur Frédéric avait couronné roi des troubadours et qui fut un des premiers disciples de saint François; Thomas de Celano, l'auteur du Dies irae; Jacopone di Todi, l'auteur du Stabat mater dolorosa et du Stabat mater speciosa. Saint François était lui-même un poète, dont la valeur est attestée par l'Hymne des créatures. Des prédicateurs puissants sur le peuple, tels que Antoine de Padoue et Berthold de Prague. Des peintres qui ont représenté avec conviction et talent la légende du fondateur, les miracles et les souffrances de Jésus, les grâces et la gloire de la sainte Vierge. Des docteurs célèbres an l'école : Alexandre de Hales, saint Bonaventure, Roger Bacon, Duns Scot, dont l'ordre s'appropria la doctrine comme les Dominicains s'étaient approprié celle de saint Thomas d'Aquin, Guillaume Ockham, etc. 

Cet ordre fut le préparateur infatigable du dogme de l'Immaculée Conception et le fervent instigateur de la dévotion à Marie. D'autre part, il tient une place éminente dans l'histoire des missions catholiques. (E.-H. Vollet).