La Bohème passa ensuite sous la dépendance du puissant roi de Moravie, Svatopluk. Le christianisme s'y introduisit vers le milieu du IX^e siècle. Cette conversion fut l'oeuvre de saint Méthode. La Bohème, affaiblie par les incursions des Magyares, entra volontairement, en 895, dans la Confédération de l'empire germanique. Saint Venceslas signala son, règne par la réforme des abus, et fut assassiné, en 938, par son frère Boleslas I^er, qui essaya en vain de secouer le joug de l'empire d'Allemagne. Vratislas Il reçut, en 1086, de l'empereur Henri IV, qu'il soutint contre les princes de l'empire, le titre de roi. Mais cette dignité personnelle ne passa pas à ses successeurs. 

Après la mort de Brzétislas II, qui avait succédé à son frère Conrad, leurs enfants se disputèrent la souveraineté de la Bohème. Ces guerres intestines durèrent un quart de siècle; et ne furent terminées que par Sobieslas I^er, en 1126. A la mort de ce prince, les seigneurs de la Bohème lui donnèrent pour successeur son neveu Vladislas II, que l'empereur Conrad III aida à triompher des prétentions des fils de Sobieslas, et que l'empereur Frédéric Barberousse revêtit, en 1158, du titre héréditaire de roi, sous la suzeraineté de l'empire Przémysl Ottokar I^er, formé à l'école du malheur, protégea les lettres, appuya son pouvoir sur la religion chrétienne, fut confirmé dans la dignité royale par le pape Innocent III en 1203, et ouvrit pour la Bohème une ère de grandeur qui dura jusqu'à la mort de son petit-fils Ottokar II, en 1278. 

Venceslas III marcha sur les traces de son père. Ottokar I^er, et Ottokar II, fils et successeur de Venceslas III, réunit l'Autriche, la Styrie, la Carinthie et la Carniole à ses États; mais il perdit toutes ses conquêtes pour avoir refusé l'hommage à Rodolphe de Habsbourg, et périt dans une bataille contre cet empereur. De nombreuses colonies allemandes s'établirent en Bohème sous son règne. Son fils, Venceslas IV, réunit la couronne de Pologne, et son petit-fils, Venceslas V, la couronne de Hongrie à celle de Bohème. Avec ce dernier finit, en 1306, la dynastie des descendants de Przémysl. 

Henri, duc de Carinthie, époux d'Anne, soeur aînée de Venceslas V, élu roi de Bohème en 1306, eut un premier concurrent dans Rodolphe, fils de l'empereur Albert, et fut détrôné, en 1310, par Jean de Luxembourg, fils de l'empereur Henri VII et époux d'Élisabeth, seconde soeur de Venceslas V. Charles, fils de Jean, mit l'ordre dans le royaume, favorisa les lettres, et acquit le Brandebourg en 1373. Il avait été élu roi des Romains en 1346, et couronné empereur en 1355. Il confirma par la Bulle d'or, en 1356, les droits des sept électeurs de l'empire, parmi lesquels les rois de Bohème comptèrent toujours. 

Sous le règne de son fils Venceslas VI, prince débauché et cruel, qui avait succédé à son père dans l'empire, mais qui fut déposé en 1100, et sous celui de son petit-fils Sigismond, parvenu à l'empire en 1411, la Bohème fut troublée et ensanglantée par l'hérésie de Jean Hus. Elle passa, en 1438, à l'empereur Albert II d'Autriche, époux de la fille unique de Sigismond. Un seigneur de la Bohème, George de Podiebrad, profita du jeune âge de Ladislas le Posthume, fils d'Albert II, mort, peut-être empoisonné, en 1457, pour se frayer la voie au trône. Il réveilla l'hérésie des hussites, persécuta les catholiques, et mourut en 1471, excommunié par le Saint-siège. 

Après lui, deux princes de la maison des Jagellons, Vladislas, fils du roi de Pologne, Casimir IV, et son fils Louis, roi de Hongrie, régnèrent successivement sur la Bohème. A la mort de ce dernier, le mari de sa soeur Anne, l'archiduc Ferdinand d'Autriche, plus tard l'empereur Ferdinand I^er,  fut élu roi de Bohème, en 1520. A partir de cette époque , la Bohème fut héréditaire dans la maison de Habsbourg, plus tard continuée par la maison de Lorraine. 

Les protestants de la Bohème levèrent l'étendard de la guerre de Trente-Ans, qui décima la population de leur pays, et élurent roi, en 1619, l'électeur palatin Frédéric V, chef de leur parti en Allemagne. Mais l'empereur Ferdinand II triompha de leur résistance par les armes, et extirpa le protestantisme de la Bohème. La possession de la Bohème fut contestée à Marie-Thérèse par l'électeur de Bavière, Charles-Albert, qui se fit proclamer roi à Prague en 1741. Mais il fut bientôt obligé d'évacuer le pays, et Marie-Thérèse en fut couronnée reine en 1743. Un congrès slave s'assembla à Prague en juin 1848, et une révolte sanglante y éclata. Mais elle fut aussitôt réprimée par le prince Windischgraetz.