L'Eglise a toujours considéré comme un de ses devoirs essentiels la répression de l'hérésie, c'est-à-dire la répression de toute parole allant à l'encontre de son autorité. Mais, jusqu'au XIII^e siècle, il n'y eut pas d'institution spéciale et permanente pour la recherche, la correction et la punition ou la réconciliation des hérétiques. Chaque évêque, dans son diocèse, était chargé, en principe, de combattre l'hérésie; et des décrétales (comme celle de Lucius III en 1184), avaient essayé d'organiser une sorte d'« inquisition épiscopale » en invitant tous les évêques à visiter ou à faire visiter, une ou deux fois par an, les paroisses de leurs circonscriptions qui passaient pour contenir des hérétiques, et en déterminant la procédure à suivre au cours de ces visites. Mais ces décrétales étaient restées sans effet: à l'exception de quelques-uns, particulièrement zélés, les évêques étaient absorbés par trop d'affaires pour atteindre les hérétiques obscurs, prudents, masqués d'orthodoxie; la plupart n'avaient pas plus le goût que le loisir d'organiser une police à cet effet; ils se contentaient de frapper les hérésiarques notoires, ceux qui faisaient étalage de leurs opinions subversives. Encore avaient-ils parfois de la peine à les convaincre, faute d'expérience ou d'ardeur. Convaincus, ces hérétiques notoires n'étaient pas tous traités de la même manière : les uns l'étaient avec rigueur, les autres avec indulgence, suivant les temps, les lieux, les circonstances et le caractère des Ordinaires appelés à sévir contre eux. Toutefois, au milieu de ce désordre, des usages s'étaient introduits. L'usage s'était introduit que les hérétiques, reconnus comme tels par l'autorité compétente, fussent, s'ils s'obstinaient dans leurs erreurs, « livrés au bras séculier » : d'après les canons, les gens d'Eglise ne pouvaient prononcer eux-mêmes aucune sentence de mort (Ecclesia abhorret a sanguine); mais il était entendu que l'autorité laïque n'avait pas le droit de se refuser, sous peine de commettre elle-même un crime aussi grave que l'hérésie, à punir condignement les personnes que l'Eglise lui « livrait ». D'autre part, l'usage s'était introduit que le bras séculier fît périr les hérétiques par le feu, sur le bûcher : la peine du bûcher était très usitée au Moyen âge, pour toutes sortes de délits (notamment pour les infractions les plus légères en matière de faux monnayage); Priscillien avait été brûlé, dès le IV^e siècle, à la requête de deux évêques d'Espagne; en 1184, Lucius III, citant saint Jean l'Évangéliste (XV, 6), dit que c'est le supplice qui convient par excellence aux hérétiques « suivant les lois divines et humaines et la coutume universelle ». Frédéric II ne fit donc que consacrer des doctrines déjà reçues lorsqu'il publia, de 1220 à 1239, les fameuses constitutions, qui ont pris place dans le corps du droit public médiéval, par lesquelles il reconnaît solennellement les devoirs du « bras séculier » en ce qui touche l'extirpation de l'hérésie, et décide que les hérétiques seront mis à mort par le feu. D'après une tradition très répandue, saint Dominique, le fondateur de l'un des deux grands Ordres Mendiants, aurait été aussi le fondateur de l'Inquisition et le premier des « inquisiteurs généraux ». Mais la vérité est que l'Inquisition, en tant qu'institution régulière, est postérieure de plusieurs années à la mort de saint Dominique.

De bonne heure, les papes, effrayés par le flot montant des hérésies, avaient essayé de secouer l'apathie de l'inquisition épiscopale, négligente, nullement uniforme d'un diocèse à l'autre, manifestement inefficace: les légats d'Innocent III, de ses prédécesseurs et de ses successeurs immédiats ont fréquemment stimulé la persécution languissante. Mais, aussi bien et plus encore que les évêques eux-mêmes, les légats avaient trop d'affaires à traiter pour donner à celle-là l'attention qu'elle réclamait. Il est naturel que le Saint-Siège ait pensé à envoyer dans les diocèses des commissaires spéciaux - des spécialistes - pour s'occuper des questions d'hérésie, et qu'il ait choisi ces commissaires parmi les membres des deux fidèles milices internationales, les Ordres de saint Dominique et de saint François, qui s'étaient donné comme fonctions de prêcher, de convertir, et d'être en tous lieux les instruments de la volonté pontificale.

Grégoire IX a confié des mandats d' « inquisition » à des dominicains. En avril 1233, il écrit, s'adressant aux évêques :

« Sachant le poids de vos inquiétudes, nous croyons utile de diviser votre fardeau [...]. Nous envoyons donc des Frères Prêcheurs contre les hérétiques de France et des provinces voisines; nous vous supplions de les recevoir amicalement et de les seconder dans leurs travaux. »

« Rome n'a pas confié formellement les fonctions d'inquisiteurs aux dominicains, comme tels, et il n'y a jamais eu non plus, à proprement parler, de décision établissant l'Inquisition à une certaine date, les dominicains ont été les instruments les plus promptement disponibles pour la recherche des hérétiques, voilà tout [...]. L'expérience, tentée d'abord à Florence (où Grégoire IX commissionna dès 1227 le prieur de la maison dominicaine de Santa Maria Novella dans une affaire d'hérésie), fut reprise en Aragon, en Languedoc et en Allemagne; c'est le succès de ces expériences qui amena, par une conséquence naturelle, l'établissement d'un système régulier et général d'Inquisition ».

L'Inquisition permanente est sortie des commissions temporaires d'inquisition confiées par le Saint-Siège à des spécialistes, soit dominicains (le plus souvent), soit franciscains, soit même séculiers (car il y a quelques exemples de clercs séculiers qui ont exercé les fonctions et porté le titre d'inquisiteurs pontificaux). Mais cette évolution ne s'accomplit pas uniformément, ni à la même époque, dans toute la chrétienté occidentale.

Le grand obstacle à l'établissement de l'Inquisition pontificale était l'existence théorique dans chaque diocèse, de la vieille juridiction épiscopale en matière d'hérésie. Comment les évêques accueilleraient-ils les moines, porteurs de commissions du Saint-Siège? Dans les pays, comme l'Italie, où l'indépendance épiscopale avait été complètement brisée, et dans ceux, comme le Languedoc, où l'hérésie était si redoutable que les évêques sentaient véritablement le besoin d'auxiliaires expérimentés, la lutte ne fut pas très sérieuse; mais, partout ailleurs, les conflits entre l'autorité ecclésiastique ordinaire et les inquisiteurs en titre d'office étaient inévitables. Ajoutez à cette difficulté celles qui pouvaient résulter des rapports entre les inquisiteurs et les autorités laïques, et entre les inquisiteurs appartenant à des Ordres rivaux.

La célèbre bulle Ad extirpanda d'Innocent IV (15 mai 1252) contient un système complet d'organisation inquisitoriale; elle « établit la persécution systématique de l'hérésie comme un élément essentiel de l'édifice social dans chaque Etat et dans chaque ville ». Le magistrat temporel, en entrant en fonctions, devait désigner, d'après les indications de l'évêque et de deux moines de chacun des Ordres Mendiants, douze personnes, assistées de notaires et de familiers payés par le Trésor public, appointées pour six mois et rééligibles, dont la tâche consisterait à découvrir les hérétiques, à les livrer et à confisquer leurs biens. 

« Quand les inquisiteurs visitaient une partie du territoire soumis à leur juridiction, ils devaient être accompagnés d'un délégué du souverain, dont l'office était de contraindre, sous serment, les habitants de chaque village où la commission se transportait, à dénoncer les hérétiques et à signaler leurs biens. L'Etat était tenu d'arrêter tous les suspects, de les garder en prison, de les remettre sous bonne escorte à l'évêque ou à l'Inquisition, et d'exécuter dans les quinze jours, conformément aux édits de Frédéric, toute sentence prononcée pour fait d'hérésie. En outre, on exigeait du pouvoir séculier qu'il fit infliger à toute réquisition la torture à ceux qui refuseraient de dénoncer les hérétiques de leur connaissance. Les produits des amendes, commutations de peines et confiscations étaient divisés en trois parts, l'une pour la ville, la seconde pour les fonctionnaires préposés aux enquêtes, la troisième pour l'évêque et les inquisiteurs qui devaient l'employer à la défense de la foi. » 

Cette bulle devait être transcrite à perpétuité dans tous les recueils de statuts locaux. On voit que les attributions respectives de l'évêque et des moines sont assez mal délimitées dans ce système, qui n'est très précis qu'en ce qui concerne les obligations des pouvoirs temporels. La bulle d'Innocent IV, rééditée par Alexandre IV (1259), et par Clément IV (avec quelques variantes, 1265), demeura insérée au nombre des statuts municipaux de Florence jusqu'au milieu du XIV^e siècle. Mais elle ne paraît pas avoir été acceptée en dehors de l'Italie.

Hors d'Italie, le Saint-Siège n'essaya pas d'imposer une organisation aussi régulière. Dans les contestations entre évêques et inquisiteurs qui surgirent fréquemment, on le voit donner raison, tantôt aux uns, tantôt aux autres, sans jamais nier, ni définir exactement, le droit d'intervention des premiers. En 1255, Innocent IV ordonna que l'évêque et l'inquisiteur interprétassent ensemble les points obscurs des lois contre l'hérésie. Alexandre IV, protecteur déclaré des Ordres, annula, il est vrai, cette reconnaissance de la juridiction épiscopale; mais Urbain IV, Clément IV, Grégoire X, posèrent de nouveau le principe traditionnel du concert entre l'évêque et l'inquisiteur pontifical : il fut déclaré que les tribunaux épiscopaux et ceux de l'Inquisition pourraient examiner simultanément et indépendamment une même cause; pour le jugement final, il fallait une délibération commune; en cas de désaccord, la décision appartiendrait au pape; mais, alors même qu'il prononçait seul, en vertu de son autorité ordinaire, L'évêque était tenu de s'assurer le concours d'un inquisiteur pour le prononcé de la sentence; la question de savoir si l'un des deux pouvait rendre sans le concours, de l'autre, une sentence valable d'absolution ne fut pas tranchée : elle a beaucoup exercé les canonistes postérieurs. Boniface VIII et Clément V ont tous deux travaillé à remettre en vigueur les juridictions épiscopales, faible recours, mais cependant garantie, contre l'arbitraire de l'omnipotente Inquisition; et, sans l'influence de leur législation, il y eut au XIV^e siècle une certaine renaissance de l'inquisition épiscopale. Toutefois, dans la pratique, un modus vivendi s'établit ordinairement : Eymerich, écrivant vers 1375, recommande l'accord de l'évêque et de l'inquisiteur; et c'est aussi la thèse de Sprenger, au siècle suivant.

Dans le Languedoc, les évêques se montrèrent de bonne heure plus disposés que dans les pays où l'hérésie était moins commune à se relâcher de leurs attributions traditionnelles, non sans se réserver cependant le produit pécuniaire des opérations inquisitoriales; en 1214, le concile des trois provinces de Narbonne, d'Arles et d'Aix écrivait à « nos chers fils en Jésus-Christ, les frères prêcheurs et inquisiteurs-»-: 

« Nous ne désirons pas limiter la liberté accordée à votre discrétion par le Saint-Siège; nous désirons vous aider, mais vous devez vous abstenir de tirer parti des pénitences pécuniaires et des amendes, tant pour l'honneur de votre Ordre que parce que vous êtes déjà assez occupés sans cela ».

En Allemagne, au contraire, la résistance fut très vive. Jean XXII ayant nommé Nicolas de Strasbourg, professeur chez les dominicains de Cologne, inquisiteur de la province de Germanie, Nicolas acquitta le célèbre dominicain Eckhart, que l'archevêque de Cologne considérait comme suspect d'hérésie (juillet 1326); et, après de longs débats, le pape fut amené à donner raison à l'archevêque (27 mars 1329).  Des centaines de cas pourraient être cités, dans tous les pays, de conflits plus ou moins aigus entre les deux juridictions parallèles, jusqu'au XV^e siècle.

Quant à l'appui du bras séculier, il fut assuré d'abord non seulement en Italie, mais dans certaines régions d'Occident, par la condescendance des rois et le zèle conservateur des autorités laïques. En Languedoc, aux termes du traité de Paris (1229) (La Guerre des Albigeois), tous les officiers publics étaient tenus de prêter main-forte aux inquisiteurs. En France et en Aragon, les inquisiteurs étaient munis de lettres royales qui leur assuraient le concours de la force armée il fallait que les abus de l'Inquisition fussent singulièrement éclatants pour provoquer des mesures restrictives dans le genre de celles qui furent prises, pendant quelque temps, en France, sous Philippe le Bel. Mais, dans les royaumes du Nord, les princes et les peuples se refusèrent à appuyer ou à subir l'inquisition pontificale. Ni en Angleterre, ni au Danemark, ni en Suède, les constitutions de Frédéric II n'ont été reçues au XIII^e siècle, ni plus tard; sans doute, à partir de l'avènement de la dynastie de Lancastre, beaucoup d'hérétiques ont été brûlés en Angleterre, en vertu du statut De haeretico comburendo, mais toujours par les soins de l'inquisition épiscopale, sans l'intervention d'aucun moine commissionné par le Saint-Siège. En revanche, l'Inquisition pontificale prit pied aisément en Asie et en Afrique, où les missions étaient entre les mains de dominicains et de franciscains :

« Un inquisiteur semble avoir été considéré, au XIVe siècle, comme un membre indispensable de toute mission religieuse ».

La puissance des inquisiteurs était presque sans limites dans leur sphère. On se demandait au XIII^e siècle s'ils étaient soumis ou non à la surveillance des légats du pape et des supérieurs de leurs propres Ordres, amovibles on inamovibles, perpétuels ou non. En 1237, les inquisiteurs de Toulouse agissaient encore comme sous-délégués du légat Jean de Vienne; mais il fut reconnu très tôt que les légats n'avaient pas à se mêler des affaires de l'Inquisition; en 1257, les inquisiteurs d'Avignon s'étant plaints du zèle inquisitorial du légat Zoen, évêque d'Avignon, Alexandre IV déclara que Zoen n'avait aucun pouvoir pour agir en matière d'hérésie, hors du diocèse d'Avignon.

Grégoire IX avait adopté, pour la désignation des inquisiteurs, la méthode de s'adresser aux prieurs provinciaux des Ordres Mendiants; par exemple, le provincial des dominicains de Toulouse fut chargé, après 1233, de choisir parmi ses subordonnés les sujets les mieux entraînés à la recherche et à l'examen des hérétiques, les plus dignes, par conséquent, d'être investis d'une mission pontificale. Le droit de désignation, confié aux provinciaux, n'entraînait-il pas naturellement celui de révocation? On le crut d'abord Innocent IV, en 1244, déclara que les provinciaux et les généraux des Ordres Mendiants avaient pleins pouvoirs pour déplacer et remplacer ceux de leurs Ordres qui servaient comme inquisiteurs; mais Alexandre IV et ses successeurs vacillèrent sur ce point. Boniface VIII en revint au décret d'Innocent IV; mais les inquisiteurs obtinrent alors que les provinciaux ne seraient autorisés à les déplacer qu'après une procédure régulière. De leur côté, les supérieurs de l'Ordre de Saint François essayèrent de limiter la toute-puissance de leurs frères inquisiteurs par un autre moyen, en ne les nommant que pour cinq ans (1320). Malheureusement, tous ces freins étaient, en pratique, peu efficaces, vu que l'intervention directe du pape pouvait toujours les supprimer en faveur des inquisiteurs menacés, qui se réclamaient de lui : par exemple, Jean XXII donna en 1323 à fra Piero de Pérouse, inquisiteur d'Assise, des lettres qui le protégeaient à l'avance contre toute suspension. Eymerich va jusqu'à dire qu'un inquisiteur ne doit pas se faire scrupule de poursuivre son supérieur, s'il est suspect d'hérésie. Gêner l'exercice de l'Inquisition équivalait, en principe, à professer l'hérésie; un provincial qui « gênait » un inquisiteur, soit en le réprimandant personnellement, soit en frappant ses familiers, gênait l'Inquisition; il était donc suspect. On voit jusqu'où pouvait aller l'indépendance des commissaires pontificaux sur le fait de l'hérésie. Ils pouvaient frapper tout le monde sous l'inculpation du crime mal défini qui consistait à « mettre obstacle au Saint-Office ».  (L.).