Les Ascidiens présentent deux ouvertures : l'une (ouverture branchiale ou buccale) conduit dans la chambre respiratoire et de là dans le tube digestif, l'autre (ouverture cloacale ou atriale) s'ouvre dans une cavité (cloaque ou atrium), où se rendent les excréments et les produits génitaux. Ces deux ouvertures sont situées à l'extrémité de tubes ou siphons. Un courant d'eau, provoqué par le mouvement de cils vibratiles, entre par l'ouverture buccale et sort par l'ouverture cloacale. Si l'animal est irrité, une brusque contraction des muscles de la paroi du corps chasse aussitôt l'eau par les deux ouvertures à la fois, sous forme de jets. Les ouvertures sont plus ou moins rapprochées l'une de l'autre. Dans certaines formes pélagiques (Pyrosoma) l'ouverture buccale et l'ouverture cloacale sont situées aux deux extrémités opposées du grand diamètre du corps, et la propulsion de l'eau par l'une de ces ouvertures produit un mouvement en sens opposé du corps de l'animal. Si l'on ouvre une Ascidie simple fixée selon l'un des côtés de la face aplatie on trouve au-dessous de la tunique de cellulose une enveloppe dermique musculaire (manteau) renfermant elle-même un sac perforé de nombreuses ouvertures qui n'est qu'une dilatation du pharynx adaptée à la fonction respiratoire (branchie).

Les bords de l'ouverture buccale et de l'ouverture cloacale sont le plus souvent dentelés ou lobés; le nombre de ces dents ou lobes est de quatre, six et quelquefois plus. Une série de tentacules simples ou pennatifides entoure à l'intérieur rentrée de la branchie. Au-dessous de ce cercle tentaculaire se trouve un cercle cilié appelé gouttière péricoronale ou péripharyngienne. Du côté de la branchie opposé à l'ouverture cloacale on remarque un sillon longitudinal tapissé de cellules sécrétantes allant de la gouttière péripbaryngienne à l'extrémité opposée de la branchie où se trouve l'entrée de l'oesophage, c'est l'endostyle. En face de l'endostyle, par conséquent du côté du siphon cloacal, se trouvent deux lamelles longitudinales; plis hypopharyngiens de Huxley, formant le canal dorsal (appareil de déglutition) dont un des bords est souvent garni de lamelles hélicoïdales ou languettes de Lister. La gouttière dorsale aboutit entre les deux siphons à une fossette vibratile située à quelque distance du ganglion nerveux ou contre ce ganglion. Une tache blanche bien visible dénote à l'extérieur la présence de celui-ci quand on a écarté l'enveloppe de cellulose. Non loin du ganglion se trouve une glande (glande hypoganglionnaire ou hypophysaire) qui débouche dans la branchie par une ou plusieurs ouvertures pourvues de pavillons vibratiles (Julin). Le sac branchial est perforé de nombreuses fentes ou stigmates (tremas de Lacaze-Duthiers) dont les bords sont garnis de cils vibratiles. Ces ouvertures mettent en communication la cavité de la branchie avec l'espace péribranchial dont les parois sont tapissées par une fine membrane, troisième tunique de Milne-Edwards, possédant comme une séreuse un feuillet viscéral qui recouvre la branchie et un feuillet pariétal qui limite extérieurement le cloaque; le long de l'endostyle les deux moitiés de la cavité péribranchiale sa terminent en culs-de-sac. Le pharynx branchial se trouve ainsi entouré, non par la cavité générale, mais par une cavité secondaire qui a refoulé en arrière la cavité générale du corps.

Chez les Phallusiadées et chez un grand nombre de Synascidies (Aplousobranchiae) le tube digestif est recouvert dans une partie de son étendue d'un très grand nombre de sacs irrégulièrement sphériques renfermant des concrétions jaunâtres donnant les réactions de l'acide urique. Chez les Molgulidées ce rein indifférencié est remplacé par un organe spécial découvert par P.-J. Van Beneden et qui renferme constamment, outre des amas uratiques plus ou moins volumineux, un champignon très curieux (Nephromyces molgularum Giard) dont la présence semble indiquer une communication de cet organe avec l'extérieur. 

Le coeur est un sac allongé, souvent replié sur lui-même, renfermé dans un péricarde et situé à l'extrémité inférieure de la branchie avec laquelle il est en relation embryogénique. Chez certaines Ascidies composées où cet organe parait très éloigné de la branchie, un prolongement du sac respiratoire (cloison ovarienne) s'étend jusqu'au péricarde et maintient les connexions ordinaires du coeur avec la branchie. Le coeur des Ascidies, comme celui de tous les Tuniciers, est animé de mouvements dont le sens varie alternativement et à intervalles irréguliers de droite à gauche et de gauche à droite. 

Les Ascidiens sont hermaphrodites, mais cet hermaphrodisme est purement morphologique et généralement les produits des deux sexes ne sont pas mûrs à la même époque. Le testicule et l'ovaire forment des glandes en grappe situées le plus souvent dans l'anse intestinale; l'oviducte et le canal déférent sont intimement unis et longent la partie terminale du rectum pour venir déboucher dans le cloaque. Les oeufs sont tantôt rejetés au dehors, tantôt incubés dans l'organisme maternel. Dans le premier cas, ils sont parfois munis d'un appareil disséminateur produit par la transformation des cellules du follicule ovarien. La segmentation est tantôt holoblastique, tantôt méroblastique et même discoïdale (Pyrosome).

Nous prendrons comme type le développement d'une Phallusie (Phallusia mamillata), qui a été admirablement étudié par Kowalevsky. L'oeuf de cette espèce subit une segmentation totale et régulière qui donne naissance à une archigastrula puis à une lordoneurula typique. Une invagination longitudinale de l'exoderme partant de l'ouverture primitive de la gastrula constitue le premier rudiment de la gouttière nerveuse et de la vésicule cérébrale; l'allongement postérieur du corps forme l'appendice caudal dans lequel se développe l'urocorde aux dépens de cellules mésodermiques dérivées de l'endoderme primitif. Le sac endodermique se divise bientôt en une partie branchiale et une partie intestinale. La cavité cloacale dérive de deux invaginations exodermiques, qui dans le principe sont indépendantes comme chez l'Appendicularia, mais qui plus tard entrent en coalescence. Ces deux invaginations arrivent en contact avec le sac branchial et se soudent pour former les deux premières fentes branchiales homologues des Spiracula de l'Appendiculaire. La tunique de cellulose n'est à l'origine qu'une production cuticulaire de l'exoderme dans laquelle émigreront plus tard des éléments cellulaires amoeboïdes.

Classification des Ascidiens

Botryllinae : Botrylloides , Botryllus (Botrylles),  Dendrodoa , Polyandrocarpa, Symplegma.