En métaphysique, sujet est souvent synonyme de substance. Un sujet, en ce sens, c'est un être considéré dans son unité intégrale et permanente, comme constituant le lien, à la fois dans l'espace et dans le temps, de ses qualités multiples, de ses phénomènes successifs, Au fond, c'est la même notion que celle du sujet logique, mais transportée de l'ordre des idées abstraites dans celui des réalités concrètes. 

Enfin, dans la critique de la connaissance, sujet s'oppose à objet; et depuis Kant, ce nouveau sens tend à se substituer de plus en plus à tous les autres. Le sujet, désormais, c'est le sujet pensant, c.-à-d. la pensée elle-même, en tant qu'elle se distingue de toutes les choses quelconques qu'elle pose eu elle ou en face d'elle à titre d'objets; et ainsi compris, sujet deviendrait synonyme de l'âme et du moi, tels que les entendait Descartes, si Kant ne faisait expressément remarquer que l'on ne peut sans paralogisme identifier le sujet pensant, qui n'est lui-même à tout prendre qu'une pensée, avec la substance de l'ancienne ontologie, laquelle est supposée exister en soi indépendamment de toute pensée. (E. Boirac).