Chez tous les vertébrés, sauf chez l'amphioxus, l'extrémité antérieure renflée du tube médullaire de l'embryon contenu dans la cavité crânienne, dont le développement est corrélatif du sien, subit d'intéressantes modifications. Deux sillons circulaires qui l'étreignent, la divisent d'avant en arrière en trois vésicules, dites primitives, qui prennent les noms de cerveau antérieur, de cerveau moyen et de cerveau postérieur. Cette division opérée, il s'en produit une autre qui affecte le cerveau antérieur et le cerveau postérieur. Le cerveau antérieur donne ainsi naissance à deux vésicules symétriques et symétriquement placées, les futurs hémisphères cérébraux, qui se distinguent du cerveau intermédiaire ou région du troisième ventricule.

Fig. 3. - Section diagrammatique horizontale.
(Les lettres ont la même signification que dans la fig. 4).

Chez les animaux supérieurs se manifeste une tendance à la concentration. L'extrémité céphalique du tube nerveux de l'embryon subit une double inflexion contemporaine de la coudure de la capsule crânienne, nécessitée par l'augmentation du volume de certaines de ses parties et déterminée par les diverses connexions de celles-ci. Le tube nerveux décrit ainsi une sorte de S majuscule bien représentée par la fig. 2 . Les vésicules hémisphériques se développant alors recouvrent de plus en plus les parties situées en arrière d'elles, pendant que la cavité primitive se rétrécit de plus en plus. L'attitude bipède étant réalisée chez l'humain, elles recouvrent même l'arrière-cerveau (cervelet); leurs parois externes s'étant épaissies au point de représenter la plus grande partie de la masse totale de l'encéphale, il se dessine à leur surface, par suite d'un plissement régulier et nécessaire, des anfractuosités et des plis. Les connexions des diverses parties de l'encéphale entre elles, que nous ferons connaître avec soin et en détail, en décrivant les dispositions générales du système nerveux, sont d'abord très simples et peu développées dans le sens transversal. Dans d'autres pages, nous avons décrit le cerveau et ses circonvolutions, le cervelet, le bulbe rachidien. A ces parties, viennent s'ajouter des commissures transversales; la commissure antérieure, le corps calleux, la protubérance annulaire ou pont de Varole, qui joint les deux moitiés du cervelet l'une avec l'autre, en passant en avant des faisceaux fibreux résidant du bulbe au cerveau et qui, au-dessus de lui, prennent le nom de pédoncules-cérébraux. Les pédoncules cérébelleux supérieurs unissent le cerveau au cervelet, qui lui-même se rattache à la moelle par l'intermédiaire des pédoncules cérébelleux inférieurs. Les fig. 5 et 6 donnent une idée de la disposition et de la configuration de l'encéphale et de ses parties constituantes. Les nerfs que l'on voit naître à la base de l'Encéphale seront décrits ultérieurement sous le nom de nerfs crâniens. 

L'encéphale humain.
L'encéphale humain est pourvu d'un réseau vasculaire très riche. Les artères-vertébrales s'unissent pour former le tronc basilaire, qui commence au bord inférieur de la protubérance annulaire, dont il suit la face antérieure sur la ligne médiane. Après avoir fourni de chaque côté les artères cérébelleuses inférieure et antérieure et supérieure, il se divise au niveau de l'origine des pédoncules cérébraux en deux artères cérébrales postérieures s'infléchissant en dehors. Ces dernières sont reliées par les communicantes postérieures aux artères cérébrales antérieures, branches de la carotide interne, ainsi que les artères cérébrales moyennes qui cheminent au fond de la scissure de Sylvius. Les cérébrales antérieures elles-mêmes sont solidarisées par l'intermédiaire de la communicante antérieure, transversalement étendue de l'une à l'autre. Ainsi se trouve constitué l'heptagone artériel de Willis. Les artères des corps opto-striés proviennent des cérébrales antérieures; leur disposition et leur mode de ramification ont été bien étudiés par Duret.

Fig. 5. - Pr, Protubérance; P.cé, pédoncule cérébral; M. co, nerf moteur oculaire commun; T.ma, tubercule mamillaire; G.pi, glande pituitaire (hypophyse); N op, nerf optiquee; 2, pédoncules postérieurs de la glande pinéale; C.a, commissure antérieure; 4, trou de Monro, C.tr, cloison transparente; Tr, trigone cérébral; C. Ca, corps calleux; 5, circonvolution du corps calleux; Co, couche optique.; Cm, commissure molle; 3, pédoncule antérieur de la glande pinéale; G. pi, glande pinéale; Tq, tubercule quadrijumeau; A. Sy, aqueduc de Sylvius; V.vi, valvule de Vieussens: Bu, Bulbe rachidien.

Fig. 6.- Lf. lobe frontal; S. Sy, scissure de Sylvius; T. ci, tubercule cinereum; T.ma, tubercule mamillaire; P. ce, tubercule cérébral; Pr. an, protubérance annulaire; Py, an, pyramide ant., Ol, olive; C. re, corps restiforme; Bu, bulbe; Ce, cervelet; N. hg, nerf hypoglosse; N.sp, nerf spinal; N.p.ga, nerf pneumogastrique; N.g.ph, nerf glosso-pharyngien; N. ac, nerf acoustique; N. fa, nerf facial; N. m. ex, nerf oculaire externe; N.tr, nerf triumeau; N.pa, nerf pathétique; N.m, co, nerf moteur oculaire commun; N. op, nerf optique; N.ol, nerf olfactif.

L'encéphale est le centre d'innervation du corps tout entier, et c'est lui qui préside à toute activité d'ordre nerveux et d'ordre psychique. L'encéphale préside d'abord à toute la vie mentale des organismes. Sans lui, point de pensée ou d'intelligence, telles que nous les connaissons chez l'humain et les animaux supérieurs. C'est évidemment dans le cerveau proprement dit, les circonvolutions, que s'élaborent celles-ci, bien qu'assurément le fonctionnement harmonieux et l'intégrité des autres parties de l'encéphale soient nécessaires à leur production normale; sans ce fonctionnement et sans cette intégrité il manque un certain nombre des éléments qui sont à la base de l'intelligence et des diverses fonctions cognitives; il lui manque telle ou telle donnée, et par suite toute la cognition est troublée. En second lieu, c'est à l'encéphale qu'aboutit toute excitation nerveuse née à la périphérie. Là se fait la sensation et la perception. Ces influx nerveux peuvent ne pas arriver toutes dans le domaine de la conscience et néanmoins déterminer des effets parfaitement nets : les influx de ce genre s'arrêtent, pour ainsi dire, dans des centres inférieurs, comme le bulbe ou la protubérance, et déterminent des réflexes. Cela a lieu par exemple, pour certaines excitations d'origine pulmonaire, ou digestive, ou circulatoire, et le bulbe et la protubérance, voire même le cervelet et le cerveau, contiennent de ces centres réflexes en grand nombre. 

D'autres influx nerveux, qui déterminent des sensations, passent plus haut, dans le cerveau, où elles sont perçues, tout en pouvant agir sur des centres réflexes aussi. C'est ainsi que les sensations visuelles sont le résultat de modifications dans des organes nerveux très variés, comme les tubercules quadrijumeaux, les couches optiques et l'écorce cérébrale des hémisphères. Les centres les plus élevés sont les centres sensitifs de l'écorce; ce semble être dans ces points que se fait la sensation, soit-elle spéciale, comme celle de l'odorat ou du goût, ou générale comme celle du toucher, du sens thermique, etc. L'encéphale préside en troisième lieu à la production des influx nerveux qui se traduisent par des mouvements, généraux ou particuliers, réflexes ou volontaires, conscients ou inconscients. Mouvements des membres on mouvements phonateurs, mouvements expressifs ou mouvements inconscients d'équilibre, tout cela a son origine dans l'encéphale, les uns dans l'écorce cérébrale (mouvements volontaires), les autres dans le cervelet, le bulbe rachidien ou la protubérance (mouvements des organes non soumis à la volonté, coordination des mouvements volontaires, etc.). Enfin l'encéphale préside à la nutrition, au métabolisme des tissus et organes, et aux phénomènes qui constituent leur vie propre.