Cryptogames (botanique), du grec kryptô, je cache, et gamos, mariage. - Linné a créé ce nom pour désigner les plantes dont les organes sexuels sont peu apparents ou tout à fait cachés : 

1° Les Fougères, 

2° les Bryophytes (Mousses, Hépatiques), 

3° les Algues, 

4° les Champignons. 

Ad. Brongniart, adoptant le nom de Cryptogamnes pour désigner sa première grande division du règne végétal, les partageait en deux embranchements : 

1° les Amphigènes, comprenant 3 classes : les Algues, les Champignons, les Lichénées ou Lichenoïdées. 

2° Les Acrogènes, 2 classes : les Muscinées (ou Bryophytes), les Filicinées (Fougères et apparentées). 

Les plantes Cryptogames correspondent aux Acotylédones de Jussieu.

Dans les classifications modernes la notion de végétaux cryptogames n'est plus jugée pertinente du point de vue taxinomique. On réunissait en effet sous ce vocables des phylums très différents (Algues, Champignons, etc.), et l'on séparait artificiellement les Ptéridophytes, qui sont bien des cryptogames, des autres plantes vasculaires, qui sont des phanérogames. Beaucoup de faits et de caractéristiques rassemblés sous la bannière des "végétaux cryptogames" justifient cependant que le terme soit conservé au moins pour décrire dans leurs grandes lignes les groupes des végétaux  les plus rudimentaires. Les habitudes ont également consacré un vocabulaire commun à tous ces groupes de végétaux qui reste utile à connaître.

Caractères généraux des cryptogames.
Les plus simples de ces organismes sont réduits à l'élément organique lui-même, la cellule seule ou quelques cellules identiques; parmi les algues, les protococcus, les pleurococcus, offrent cette curieuse simplicité, le végétal est une cellule isolée, globuleuse et verdoyante; les coccochloris, les palmella offrent un perfectionnement léger, les utricules globuleuses sont réunies par un mucus en une lamelle qui peut déjà être considérée comme un de ces thalles que les lichens nous montreront en si grand nombre. D'autres algues, presque aussi simples, sont des tubes cloisonnés simples ou rameux. En tout cas, les uns et les autres ne sont visibles qu'au microscope. Quant aux moyens de reproduction des algues, ils sont de l'imperfection la plus grande : chaque cellule séparée de la plante constitue un individu nouveau, et se complète rapidement. Il y a là une confusion complète entre les organes de là reproduction et ceux de la végétation. La même confusion existe encore dans des algues mieux organisées où la masse, uniformément utriculaire du végétal, présente en certains points et à certaines époques des cellules d'une forme distinctive, remplies d'une matière spéciale, et qui reproduisent plus facilement que les autres le végétal dont elles ont fait partie. Mais en s'élevant dans la complexité, on ne tarde pas à voir les parties se spécialiser, les unes servant à la nutrition, les autres conformées pour la reproduction. 

Parmi les nombreuses espèces de cryptogames, on distingue deux types ou formes générales des organes de nutrition. Dans les plus simples, nommés cryptogames amphigènes, les organes de nutrition sont irrégulièrement disposés en lames ou filaments qui se développent indifféremment par tous les points de leur surface et dans toutes les directions. La plante consiste souvent en une expansion membraneuse, plus on moins consistante et diversement découpée, que l'on a nommée thalle dans les lichens, fronde dans les signes et la plupart des hépatiques. 

Dans d'autres plus parfaits, et que l'on appelle cryptogames acrogènes, il y a un axe et des organes appendiculaires. L'axe a une partie souterraine ou racine et une partie aérienne ou tige. Celle-ci, dans les fougères, petit même atteindre de très grandes dimensions et devenir ligneuse. La structure des tiges dans les cryptogames mérite d'être remarquée. Dans les charas, la tige est formée de longues cellules cylindriques accolées bout à bout; dans les mousses et les hépatiques, la tige est une masse celluleuse formée au centre d'utricules allongées, et au pourtour d'utricules arrondies ou polyédriques. Dans ces cryptogames acrogènes, pas plus que dans les amphigènes, on ne trouve aucun vaisseau. Mais les marsiléas, les lycopodinées, les prêles en possèdent bien évidemment, quoique souvent en petite quantité. Enfin les fougères ont une tige vasculaire comparable, sous certains rapports, à celle des monocotylédones. Dans les pays chauds, les fougères atteignent un grand développement et possèdent des tiges ligneuses de 15 et 20 mètres de hauteur. Ces tiges ont l'aspect d'un stipe de palmier; mais la structure interne est différente. La tige des fougères diffère de celle des monocotylédones pour les raisons suivantes :

1° les faisceaux ligneux sont moins abondants et disposés en lamelles longitudinales; 

2° ils s'anastomosent entre eux, de manière à former un réseau qui ne se montre, jamais dans les monocotylédones; 

3° on n'y trouve jamais de trachées véritables. 

Les nombreuses combinaisons organiques qui fournissent aux cryptogames les moyens de se reproduire, se rapportent à quatre degrés principaux de complication :

1°  il y a, comme chez les conferves, confusion des organes de la nutrition avec ceux de la reproduction; alors chaque cellule détachée du cryptogame est capable de développer un nouvel individu; 

2° à une période déterminée de la vie du cryptogame, certaines cellules prennent un aspect tout spécial, et la matière qu'elles contenaient s'organise en corpuscules globuleux formés d'une enveloppe propre et d'un contenu granuleux; ces corps, répandus dans les lieux où vivent habituellement les plantes d'où ils proviennent, y végètent par une sorte de germination et se transforment en un végétal semblable à son parent. Ils sont analogues par leurs fonctions aux corps des phanérogames, mais complètement différents par la simplicité de leur structure, et ont reçu le nom de spores, sporules ou gongyles. Un grand nombre d'algues sont ainsi organisées. Les spores ne contiennent jamais d'embryon comme, les graines, ce sont de simples utricules remplies d'une matière huileuse; pour germer, ils se développent en s'allongeant par un point de leur contour; ce prolongement se cloisonne en nouvelles cellules qui, elles-mêmes, en produisent d'autres, et ainsi de suite; 

3° dans certains genres d'algues, dans les lichens, les mousses, beaucoup de champignons, les prêles, les fougères, les spores sont généralement réunies dans des réceptacles de formes et de structures variées. Dans les. fucus, espèces d'algues marines, et dans d'autres cryptogames analogues, le réceptacle des spores est une grande utricule intérieure ou extérieure au tissu du végétal, et qui contient 4 ou un plus grand nombre de ces globules reproducteurs, on bien des spores insérées à la base de filaments nombreux sont réunies dans des poches ou sur des saillies que le végétal offre à sa surface; ces réceptacles des algues fucoïdes sont connus sous le nom de sporanges;

4° le plus haut degré de complication et de perfectionnement que présente l'appareil reproducteur des cryptogames s'observe dans quelques algues; les mousses, les lycopodinées, et les fougères ont une conformation analogue. Dans ces cryptogames on trouve l'appareil reproducteur composé non seulement du conceptacle, mais aussi d'un organe nommé anthéridie, que  l'on a comparé aux étamines. L'anthéridie est en général un petit sac, d'abord entièrement clos, qui s'ouvre plus tard par un point de sa surface, et laisse sortir un amas de corpuscules réunis par un liquide mucilagineux. Examinée au microscope, cette matière émise par l'anthéridie se compose d'utricules diversement arrangées entre elles, mais qui habituellement contiennent un petit corps vermiforme, recourbé, et qui exécute pendant un certain temps des mouvements très actifs. Ces mouvements sont dus à deux ou plusieurs cils vibratiles que l'on distingue nettement au microscope et qui s'agitent continuellement. Ces espèces d'animalcules ont reçu le nom d'anthérozoïdes, ils paraissent remplacer la fovilla qui remplit les grains de pollen.

Ce dernier type d'organes de reproduction, reconnu chez un grand nombre de cryptogames, présente ce trait remarquable que l'on y retrouve les analogues des pistils et des étamines, ce sont les conceptacles et les anthéridies; les formes sont profondément différentes, mais les fonctions paraissent présenter, au contraire, quelque ressemblance. Un fait très curieux a été constaté par Decaisne et Thuret dans les spores de certaines algues. On y a retrouve cette motilité si remarquable des anthérozoïdes. 

Après avoir considéré ces faits, on trouve encore de bien grandes différences entre la reproduction des cryptogames et celle des phanérogames; et les analogies mêmes qu'on y a cherchées ne peuvent être admises qu'avec de grandes restrictions; à tel point que plusieurs botanistes ont pu soutenir que les sporanges ou conceptacles sont les analogues des anthères, et les spores représentent le pollen. (Ad.F.).