Au niveau de la tête, les métamères sont bien moins individualisés qu'au niveau du tronc. A l'origine de la tête, ces métamères sont cependant encore très reconnaissables et les vertèbres crâniennes, dites occipitales, postsphénoïdale, présphénoïdale, sont faciles à reconnaître. Chez les Sélaciens, notamment, on a pu démontrer que neuf segments concourent à la formation de la tête. Les métamères céphaliques donnent naissance à des muscle et à des portions du squelette crânien, comme cela a lieu pour les somites du tronc; dans leur partie ventrale ou branchiale, le mésoderme est segmenté dans toute son épaisseur et les ares branchiaux qui en dérivent renferment une cavité qui peut communiquer avec celle des protovertèbres crâniennes. C'est du premier de ces arcs que dérive la portion faciale de la tête. (Ch. Debierre).