Au partage de leur empire romain, les îles grecques (Chypre, la Crète et les autres les îles de l'Archipel égéen, ainsi que les îles ioniennes) furent comme le reste de la Grèce attribuées à l'empire d'Orient, et se trouvèrent ensuite placées sous la souveraineté de l'empire byzantin. A quelques exceptions près, leurs histoires se ressemblent : reprises aux Chrétiens par les Arabes au début du Moyen Âge, elles sont généralement reprises ensuite par les Croisés, qui se les partagent et se les distribuent faisant généralement la meilleure par à la République de Venise, qui établit ses postes avancés un peu partout en Méditerranée orientale. Après diverses péripéties, les îles tombent entre les mains des Turcs, qui les garderont jusqu'à que l'indépendance de la Grèce au XIX^e siècle, lui en fasse récupérer la plupart.

Les îles de l'Archipel  furent inféodées par les Vénitiens à des nobles qui y fondèrent de petites principautés; la plus puissante fut celle de Marco Sanudo qui s'étendit sur Naxos, Paros, Antiparos, Santoun, Anaphe, Cimolos, Mélos, etc., et se proclama duc indépendant de l'Archipel. A sa mort, son duché fut démembré : disputées aux Vénitiens par les Génois, les îles retombèrent en partie au pouvoir des Byzantins. Les Vénitiens qui avaient également occupé l'Eubée et une série de villes maritimes, Modon, Argos, Napoli di Romania, acquirent ensuite Athènes et développèrent le commerce et l'industrie. Mais c'était surtout un empire d'îles que Venise s'était constituée en Orient;  les Vénitiens possédèrent donc aussi les îles l'Archipel, Corfou, la Crète et Chypre. 

La Crète fut prise aux Grecs par les Arabes en 824. Nicéphore Phocas ll a reprit en 962, et l'île resta soumise à l'empire grec jusqu'à la prise de Constantinople par les croisés, en 1204, où elle elle fut attribuée aux Vénitiens (elle ne leur sera enlevée par les Turcs en qu'en 1669). Chypre fut prise par les Arabes, et après avoir subi diverses dominations, elle fut elle aussi conquise par les croisés, et échoua entre les mains des Lusignan. Enfin, Catherine Cornaro, veuve de Jacques III et héritière des Lusignan, la vendit aux Vénitiens en 1489. Les Turcs s'en emparèrent en 1570. 

Convertis au christianisme par Titus, un des disciples de saint Paul, les Crétois parurent un moment renoncer à leurs luttes intestines, lorsqu'ils furent placés sous la domination romaine en 66 av. J.-C. Ce calme dura peu et l'agitation recommença surtout à partir de l'année 395, époque à laquelle, à la suite du partage de l'empire romain, l'île de Crète appartint à l'Empire d'Orient. Malgré les luttes incessantes dont il était le théâtre, ce petit pays, avec ses excellents ports et son sol fertile, excitait la convoitise des conquérants. Dès 673, les Arabes vinrent ravager les côtes de l'île, et en 824, ils s'y établirent d'une façon définitive sous la conduite d'un certain Abou Hassan, originaire de Cordoue, qui s'en empara à la tête d'une flotte qu'il avait amenée de l'Andalousie. Vainement les Grecs cherchèrent à repousser ces envahisseurs; les troupes envoyées par l'empereur Michel Il durent abandonner la Crète; elle devint dès lors un repaire de pirates qui, pendant plus d'un siècle, écumèrent la Méditerranée. L'empereur Constantin VII essaya, à son tour, de chasser les Arabes de ce poste maritime, mais il ne fut pas plus heureux que Michel II, et ce fut seulement sous le règne de Romain Il que Nicéphore Phocas réussit, en 961, à rendre la Crète à l'empire d'Orient. 

Lors de la proclamation de l'empire latin (1204), l'île échut en partage à Boniface, marquis de Montferrat, mais celui-ci ne voulut point la garder et, moyennant une somme de mille marcs et quelques parcelles de territoire, il céda tous ses droits à la république de Venise. Les Vénitiens ne parvinrent qu'avec peine à établir leur autorité sur leur nouvelle possession. Aidés par les Génois, ces ennemis héréditaires de Venise, les Crétois luttèrent vigoureusement contre leurs nouveaux maîtres qui, sauf peut-être de 1293 à 1332, ne jouirent jamais paisiblement de l'île qu'ils avaient achetée. En 1645, le sultan ottoman, Ibrahim, sous le prétexte que les Vénitiens avaient donné asile à la flotte des chevaliers de Malte, résolut de s'emparer de la Crète. Une armée de 100 000 hommes débarqua à la Canée, s'empara de cette place, après un siège de cinquante jours, et alla ensuite investir Candie. Cette dernière ville résista vigoureusement aux efforts des assaillants, et ce ne fut que le 27 septembre 1669, vingt-quatre ans après, que les Ottomans réussirent à faire capituler les héroïques défenseurs de Candie, malgré les secours fournis aux Vénitiens par les principales puissances de la chrétienté. Venise céda toute la Crète aux Turcs; elle se réserva seulement les trois ports de Grabuse, Spina-Longa et La Sude, qui lui échappèrent plus tard, les deux premiers en 1692, le troisième en 1745, Les Crétois subirent le joug des Turcs avec plus d'impatience qu'ils n'avaient supporté celui des Vénitiens.

Les autres îles

Les îles ioniennes
Les îles Ioniennes ne furent complètement assujetties à l'empire romain que par Vespasien qui leur retira la liberté qu'on leur avait laissée. Elles commencèrent de former un groupe et d'avoir une histoire à la fois collective et séparée de celle des provinces continentales à l'époque de la dissolution de l'empire byzantin. En 1147, le roi Roger de Sicile s'en empara; elles furent alors détachées de l'Empire et demeurèrent au pouvoir des rois de Naples. En 1401, Venise leur acheta Corfou pour 30 000 ducats; elle s'empara des autres îles qui furent régies par ses provéditeurs et formèrent avec les forts de la cote albanaise la province de Levante Veneto. Malgré les défauts de ce gouvernement qui fut une exploitation des insulaires par les Italiens, auxquels étaient réservées toutes les places, les îles, à peu près assurées de la paix, furent relativement prospères. En 1797, la France les occupa dans le démembrement de l'État vénitien; mais en 1799 les Turcs et les Russes s'en emparèrent, et l'empereur Paul I^er, par un traité du 21 mars 1800 avec la Porte, créa un État libre des sept îles, autonome sous la suzeraineté ottomane.

Corfou - Les Vandales de Geiserich, les Ostrogoths (550), les Slaves ne firent qu'y passer à Corfou. Au XI^e siècle, les Normands (Vikings) l'occupèrent; après la conquête opérée en 1147, par Roger de Sicile, Corfou resta soumise aux rois de Naples. En 1386, les Vénitiens s'en rendirent maîtres et, en 1401, ils l'achetèrent pour 30 000 ducats au roi de Naples; ils la firent administrer par des provéditeurs et réussirent à s'y maintenir contre les Turcs. Ceux-ci dirigèrent contre Corfou deux expéditions mémorables. En 1537, ils débarquèrent 50 000 hommes dans l'île, mais ne purent s'emparer de la forteresse; après un siège de huit jours, ils se retirèrent. En 1716, la place, défendue par le comte de Schulenburg, leur résistera également. En 1797, après l'abolition de la république vénitienne, Corfou passera aux Français avec les autres îles Ioniennes; ce sera le chef-lieu d'un département. Ensuite, Corfou suivra la destinée des autres îles Ioniennes. Passée en 1815 sous le protectorat de la Grande-Bretagne elle sera rétrocédée à la Grèce en 1864. 

Céphalonie. - Devenue pratiquement indépendante à la fin de l'Empire romain, l'île fut donnée aux Vénitiens par Gajo en 1224, Gajo. En 1479, les Ottomans s'en emparèrent; Antonio la reconquit, mais fut désavoué et les Vénitiens rendirent l'île aux Turcs; en 1500, on la leur reprit de nouveau, et les Vénitiens la conservèrent; cependant, en 1571, les Turcs reparurent; en 1595, on bâtit la forteresse d'Assos pour servir de refuge aux habitants. Ceux-ci furent encore victimes des tremblements de terre de 1766 et 1767. A partir du XVIII^e siècle, Céphalonie suivra la destinée des îles Ioniennes, passera successivement aux mains des Français, des Russes, des Anglais et sera réunie, en 1863, au royaume de Grèce.

Les temps qui suivirent la perte de l'indépendance furent pour l'Archipel comme pour la Grèce continentale une époque de décadence complète. Quand l'empire romain se démembra, l'Archipel resta à l'empire d'Orient. Les Vénitiens conquirent les îles de 1185 à 1210 (surtout à partir de 1207) et leur général Marco Sanudo prit le titre de duc de l'Archipel; ses descendants conservèrent le titre de ducs de Naxos; en 1383 a maison des Crispi, dynastes de Milo ou Mélos, les élimina. En 1566 le sultan Sélim Il déposséda le dernier des Crispi, et donna les îles en gage à son banquier juif Juan Miquez qui prit le titre de duc de Naxos et des Cyclades; en 1579, elles furent annexées à l'empire ottoman. Les Turcs les garderont  jusqu'à l'insurrection de la Grèce; encore le traité de 1830 leur laissera-t-il laissé la Crète, les îles de la côte d'Asie et de la côte de Thrace, quoique leurs habitants eussent combattu avec autant d'énergie que les autres Grecs pour la cause de l'indépendance. Seules les Cyclades, l'Eubée et les Sporades septentrionales feront partie du royaume de Grèce. 

Rhodes. - Sous Constantin, elle fut rattachée a la province des îles et en fut le chef-lieu. En 661, le calife Moawiyah s'en empara, puis les Grecs la reconquirent; les Génois s'y établirent, repoussèrent Jean Cantacuzène (1249), mais furent chassés par Théodore Protosebastos. Elle résistait difficilement aux corsaires musulmans. En 1310, les chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem (Hospitaliers), expulsés de Palestine, s'installèrent à Rhodes, sous la direction du grand maître Foulques de Villaret. Ils y demeurèrent jusqu'en 1522 où, après un siège mémorable de six mois, Soliman s'en empara. Ils se retirèrent à Malte, et l'île est restée ensuite sous la domination turque.

Naxos. - Les Vénitiens l'occupent en 1207; Marco Sanudo y fonde le duché de la mer Égée, érigé par l'empereur Henri (1210). Il édifie le grand château de Naxos, flanqué de douze tours. Ce duché, parfois appelé Dodekanesos, reste à la famille Sanudo jusqu'en 1362, où elle s'éteint. Jean dalle Carceri, sire de Négrepont, mari de la fille du dernier duc, revendique le duché de Naxos, qui passe après lui aux Crispi (1383-1566). Le Turcs s'emparent de l'île en 1566, et Sélim II décerne le titre ducal au juif portugais Yousouf Nasy. Après l'affranchissement de la Grèce, Naxos fit partie du nouveau royaume. De ses habitants, quelques centaines sont des Latins, descendants des Vénitiens.

Lesbos -  En 1355, l'empereur Jean Paléologue la céda au Génois Francesco Gateluzzio; les descendants de celui-ci, portant le titre de ducs, s'y maintinrent jusqu'en 1462 où Mehmet II la conquit sur Niccolo Gateluzzio. L'insurrection de 1464, les victoires navales des Vénitiens en 1690 et 1698 ne purent l'enlever aux Turcs.

Eubée. - Au Moyen âge, l'Eubée prit le nom d'Egripo (dérivé de celui de l'Euripe, le détroit entre Chalcis et la terre ferme) donné à la ville qui s'éleva sur les ruines de Chalcis. En 1204, l'île fut conquise par les croisés et attribuée d'abord à des seigneurs lombards, mais elle passa sous le protectorat des Vénitiens, lesquels en furent complètement souverains à partir de 1351. Les Occidentaux l'appelaient Négrepont. Elle fut soumise par les Turcs en 1470. 

Sous les empereurs grecs, Chypre fut gouvernée par des princes de la famille impériale. Vers l'an 649 de notre ère, les Arabes l'enlevèrent, aux Grecs, qui la leur reprirent ensuite. Elle était tyrannisée par un prince de la famille Comnène, lorsque Richard Coeur de Lion la conquit en 1191, en allant en Palestine. Il la vendit d'abord aux Templiers, puis à Gui de Lusignan, dont plusieurs successeurs furent en même temps rois de Chypre, de Jérusalem et d'Arménie. Catherine Cornaro qui régna de 1475 à 1489, veuve de Jacques II, était fille d'un sénateur vénitien, et elle vendit, en 1489, le royaume de Chypre à la république de Venise, qui le posséda jusqu'en 1570-1571, époque à laquelle il lui fut enlevé par les Ottomans.