Il est peu de contrées qui aient subi autant de vicissitudes politiques que cette petite île de la méditerranée. Certains mythographes ont voulu y reconnaître l'antique Ogygie d'Homère, et l'on y montre encore une prétendue grotte de Calypso. Les Phéniciens de Sidon (Saïda) y fondèrent, vers l'an 1200 av. J.C. un établissement. Ils y apportèrent de la terre végétale, établirent des champs et des vergers. Malte s'appelait alors Melite, et Gozzo, Gaulos. Malte passa successivement sous la domination des Grecs (736 av. J. -C) des Carthaginois (400 av. J. -C.) et des Romains (212 av. J.-C.). Ses cotonnades, ses roses et son miel étaient célèbres. Ce fut un des refuges des pirates au I^er siècle av. J.-C. On conte aussi que saint Paul y fit naufrage en 56 ap. J.-C. 

Au Moyen âge, elle fut successivement conquise par les Vandales (454) et les Ostrogoths (494). Recouvrée par Bélisaire (533) pour le compte de l'Empire Byzantin, elle tomba entre les mains des Arabes (870 et 904) qui lui donnèrent le nom de Maltache, lequel lui est resté, puis des Normands (1090) qui en firent un marquisat. En 1284, les Aragonais de Loria y défirent la flotte angevine et s'en emparèrent pour la Sicile. Elle partagea dès lors les destinées de la Sicile jusqu'au jour où Charles-Quint y installa les chevaliers de l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem (Hospitaliers), que les Turcs venaient de chasser de Rhodes (1525). Une bulle pontificale de 1530 confirma cette donation, et, le 26 octobre, l'ordre prit possession de l'île et se nomma dès lors Ordre des Chevaliers de Malte. 

De 1530 à 1798, les chevaliers de Malte sont en guerre presque continuelle avec les Turcs ou les pirates barbaresques. Malte eut à subir des sièges nombreux meurtriers. Un des plus connus est celui de 1565, sous Soliman; Dragut, le célèbre corsaire, y laissa la vie Mustapha-Pacha, quoique maître du fort Saint-Elme, dut lever le siège.

En 1798, Bonaparte, se rendant en Égypte, s'empara de l'île et mit fin à l'existence de l'ordre des chevaliers de Saint-Jean; mais les habitants de l'île n'acceptèrent pas la domination française et s'unirent aux Anglais pour forcer le gouverneur Vaubois à capituler, après deux ans de siège (1800). Les traités de 1815 restituèrent Malte aux Anglais, qui en ont fait une formidable place de guerre, mais n'ont pas réussi à obtenir la sympathie des habitants. La législation qui substitua comme langue officielle l'anglais à la langue maltaise fut mal accueillie par la population. 

Malte n'en demeurera pas moins possession anglaise. A partir de l'ouverture du canal de Suez (1867), ce fut un point d'appui important au coeur de la Méditerranée, sur la route maritime menant en Inde. La Valette devint un grand dépôt de charbon où venaient s'approvisionner les navires. Les Britanniques soutinrent ensuite à Malte un grand siège imposé en 1941-1942 par les forces italiennes et allemandes. En 1947, une forme d'autonomie (self-government) fut accordée à l'archipel, et l'indépendance intervint en 1964, à la suite d'un référendum. Malte proclama la république une dizaine d'années plus tard. Longtemps très déshéritée, et victime d'une forte émigration (vers l'Afrique du Nord principalement), Malte a commencé à consolider son économie à partir du milieu des années 1980, en développant de nouveau les activités de son port (transbordement de marchandises), et en se muant en centre financier et en destination touristique. Depuis mai 2004, Malte est membre de l'Union européenne.