Les historiens catholiques comptent Dix persécutions générales subies par la religion chrétienne, sous les empereurs  : Néron, 66-68; - Domitien, 93; - Trajan, 107; - Marc-Aurèle, 164;  - Septime-Sévère, 199-204, - Maximin, 235; - Decius, 250 ; - Valerius, 257- 258; - Aurélien, 273-275, Dioclétien et Maximien, 303-311. Ce nombre dix est devenu en quelque sorte un nombre orthodoxe; mais il est très sérieusement contesté par l'histoire, qui ne tient compte que des faits, des documents authentiques et des vraisemblances. En effet, il paraît fort difficile d'admettre qu'une persécution générale ait pu être dirigée contre une religion lorsqu'elle ne comptait encore que des adeptes rares et obscurs, disséminés dans quelques villes. Il ne dut y avoir, dans les premiers temps; que des faits locaux, accidentels, produits par des causes particulières.

Les supplices que Néron infligea aux chrétiens de Rome furent motivés par la nécessité où se trouva cet empereur de se justifier de l'incendie de la ville; qu'on l'accusait d'avoir ordonné et qui avait épargné le quartier des juifs. Certains dénoncèrent les chrétiens, afin d'éviter une confusion qui les compromettait et qui aurait pu faire retirer à leurs communautés les privilèges qui leur avaient été accordés. Onh sait que ces privilèges permettaient aux juifs de résider dans l'empire, non seulement sans y être astreints à aucune observance païenne, mais aussi en y pratiquant leur religion. En somme, l'histoire ne nous a transmis que les noms de deux chrétiens martyrisés à Rome, sous Néron : celui de Paul, et si l'on admet la légende pontificale, celui de Pierre. 

Domitien, jaloux de son pouvoir, prenait ombrage de tout ce qu'il ne comprenait pas. Il devint inquiet et cruel et se mit ii persécuter, les honnêtes gens, les citoyens qui regrettaient la liberté, les stoïciens qui prêchaient la vertu; "Penser librement était un crime à ses yeux" (Tacite; Hist., I; 1). Naturellement, les chrétiens étaient fort menacés par un pareil régime; mais s'ils en souffrirent, ce ne fut pas specialement à cause de leur religion. II n'est pas prouvé que Flavius Clemens et Domitilla, qu'on a mis au rang des martyrs de ce règne, fussent chrétiens.

Avant Trajan, aucune ordonnance spéciale n'ayant encore été faite contre les chrétiens, ils ne pouvaient être poursuivis que sur des accusations de droit commun : trahison, lèse-majesté, rébellion aux ordres des magistrats, associations et assemblées illicites, sorcellerie, magie. Mommsen place en l'année 112 le rescrit adressé par Trajan à Pline le Jeune, alors gouverneur de Bithynie et de Pont. L'empereur y déclaré que

« en cette sorte d'affaires il n'est pas possible d'établir une régla générale et certaine. Il ne faut pas faire de recherches contre les chrétiens. S'ils sont accusés et convaincus, il faut les punir. Si l'accusé nie qu'il soit chrétien et qu'il le prouve par sa conduite; c.-à-d. en invoquant les dieux, il faut pardonner à son repentir, quel que soit le soupçon dont- il ait été chargé auparavant. Dans nul genre d'accusation, il ne faut recevoir de dénonciation sans signature. Cela serait d'un pernicieux exemple et contraire aux maximes du règne ».

Ce rescrit prohibait la persécution des chrétiens, puisqu'il ordonnait aux magistrats d'agir, non d'office, mais seulement lorsqu'ils seraient saisis de la cause par une dénonciation signée; cependant; il légalisait la répression de la religion chrétienne. II ne répondait pas à la question de Pline demandant si c'était le nom de chrétien, fût-il pur de crime, qu'il fallait punir, ou les crimes attachés à ce nom. Il n'indiquait pas davantage les peines qui devraient être infligées. Enfin, déclarant qu'en ces sortes d'affaires il n'était pas possible d'établir une règle générale et certaine, il mettait les chrétiens à la merci des magistrats. En fait, on voit les magistrats, lorsqu'ils sont indulgents, absoudre les chrétiens, et les condamner lorsqu'ils sont cruels ou pressés par les excitations du peuple païen. La haine de ce peuple contre les chrétiens devait s'accroître à mesure que ceux-ci devenaient plus nombreux. Elle n'était inspirée que pour une très faible part par l'intolérance religieuse, à peu près étrangère au paganisme, qui admettait des divinités fort diverses, et dont les prêtres n'étaient pas infectés de théologie. Ses causes principales étaient l'accusation, produite d'abord contre les juifs, répandue ensuite contre les chrétiens, de pratiquer dans leurs assemblées nocturnes des mystères abominables, voués à la luxure, à l'inceste, à des repas où on mangeait des enfants; la possession qu'on leur attribuait des secrets d'une magie puissante et funeste; leur indifférence pour la prospérité de l'empire, ou plutôt leur haine intime contre la Rome païenne. Dans les temps de guerre, de défaite, de peste, de famine, de tremblements de terre, on reconnaissait dans ces calamités les signes de la colère des dieux irrités contre ceux qui s'efforçaient de renverser leurs autels. En tout temps, le goût des spectacles cruels accueillait avidement l'occasion de voir des condamnés livrés aux bêtes, aux tortionnaires ou aux flammes.

Hadrien (117-138) ne prit aucune mesure nouvelle contre les chrétiens; il confirma simplement l'édit de Trajan, en réprimant les accusations calomnieuses et les condamnations sommaires, mais en déclarant que ce qui était contraire aux lois devait être puni, et que les chrétiens dûment accusés et condamnés pouvaient être livrés au peuple qui les réclamait pour l'amphithéâtre (Les jeux du Cirque). Antonin le Pieux (118-138) suivit la même politique. Sous Marc-Aucèle (161-180), le peuple, alarmé par des tremblements de terre et les inondations du Tibre et du Pô, obtint une exécution sévère des édits précédents. La persécution sévit à Smyrne, à Rome, à Vienne et à Lyon; il ne paraît pas qu'elle se soit étendue sur les autres parties de l'empire. Septime-Sévère (191-211) publia un édit punissant les conversions au christianisme. Les Actes du martyrs de sainte Perpétue montrent que ceux qui étaient nés dans cette religion n'étaient pas inquiétés sous son règne. Les chrétiens souffrirent, comme d'autres sujets de l'empire, des cruautés de Maximin le Thrace (235-238); mais ils ne furent spécialement persécutés à cause de leur foi que dans le Pont et la Cappadoce. Les païens les y accusaient d'avoir attiré sur eux un tremblement de terre. Cette persécution, toute locale, ne fut pas très violente : sous le règne de Philippe l'Arabe (244-248), l'Eglise jouit d'une paix complète. La bienveillance de cet empereur envers les chrétiens était si grande, qu'Eusèbe prétend qu'il s'était converti au christianisme.

Toute la période dont nous venons de résumer l'histoire appartient au régime légal institué par le rescrit de Trajan. Ce régime autorisait à la fois la tolérance et la répression. La répression resta locale, dépendant uniquement des magistrats. Ceux-ci ne sévissaient ordinairement que sous la pression du peuple, qui fut le véritable promoteur de la persécution et la provoquait par ses plaintes, parfois même par des séditions. Cependant, il n'en résulta que de courts accès de rigueur on de violence, qui n'atteignirent qu'un nombre de martyrs beaucoup moins grand que celui qu'on imagine généralement, parce qu'ils étaient principalement dirigés contre les évêques et les chefs des Eglises. Dans les longs intervalles qui séparaient ces accès, les chrétiens, quoique toujours menacés par les lois, n'étaient point réellement molestés; ils se trouvaient en sûreté, sinon en sécurité. Leurs églises développaient leur hiérarchie, célébraient leur culte, fondaient des cimetières, construisaient des édifices et même acquéraient des possessions temporelles. Leurs écrivains, Quadratus, Justin, Miltiade, Athénagore, Apollinaire, Méliton, Tertullien, Origène, publièrent des Apologies et des Exhortations aux martyrs, dont une seule page aurait fait condamner au feu livres et auteurs, s'ils avaient été composés par des hérétiques, au temps où I'Eglise catholique était toute-puissante.

Après avoir vaincu Philippe l'Arabe, Décius (249-251) entreprit de détruire la religion chrétienne, que son prédécesseur avait favorisée. Il ne se borna pas, comme Trajan, à permettre le supplice de ceux qui étaient accusés et convaincus de christianisme. Considérant leur religion comme un danger pour l'empire, il prescrivit de rechercher les chrétiens et de les contraindre par les tourments à abjurer leur foi. De là, une persécution générale, dont l'effet fut de provoquer de nombreuses apostasies, mais aussi d'exciter chez ceux qui étaient résolus à persévérer une exaltation aspirant au martyre. Gallus (251-253) continua la persécution commencée. Valérien (253-260), d'abord indulgent pour les chrétiens, finit par décréter contre eux des mesures plus précises et plus cruelles que celles de ses prédécesseurs. La persécution fit relâche sous les règnes de Gallien (260-268) et d'Aurélien (270-280); car ce dernier empereur n'en décréta la reprise que vers la fin de sa vie, et sa mort empêcha l'exécution de ses décrets. Cette paix dura jusqu'aux dernières années du règne de Dioclétien (284-305). En 303, cet empereur, sur les instances de Galérius, qu'il avait associé à son pouvoir, publia un édit ordonnant de démolir les églises, de livrer et de brûler les livres sacrés, d'exclure les chrétiens de tous les offices publics et interdisant d'affranchir les esclaves qui professaient leur religion. Cet édit fut suivi de trois autres, dont les deux premiers prescrivaient d'emprisonner les évêques et de les soumettre aux tourments pour les contraindre à apostasier, et dont le dernier étendait ces mesures à tous les fidèles. Il s'ensuivit une persécution qui n'épargna que la Gaule et qui fut si atroce en Orient, qu'elle a fait donner au règne de Dioclétien le nom d'ère des martyrs. 

Le paganisme avait épuisé toute sa force de compression. dans ce suprême effort. La persécution languit après l'abdication de Dioclétien, quoique les ordonnances qui la prescrivaient ne fussent point retirées. En 311, Galérius lui-même, reconnaissant son impuissance à réduire les chrétiens, leur accorda un édit de tolérance. L'année suivante, Constantin, de concert avec Licinius, décréta que les chrétiens ne seraient pas troublés, mais il interdit aux païens de se convertir, soit au christianisme, soit à aucune religion étrangère. Peu après (Milan, 313), il compléta cette oeuvre, en déclarant entière et absolue la liberté de professer la religion chrétienne, libera et absoluta facultas colendae religionis.

Il semble convenu de répéter que l'Eglise chrétienne a été persécutée par les empereurs romains pendant près de trois siècles. C'est une formule consacrée par l'usage clérical. Il est bien vrai que jusqu'en 311 les chrétiens ont été menacés de répression, en conséquence du droit commin d'abord, d'édits spéciaux ensuite. Mais, lorsqu'on repasse, année par année, l'histoire de ces trois siècles, on n'y trouve que de rares et courtes périodes de persécution effective et quelque peu générale. Dans les temps ordinaires, c.-à-d. presque toujours, les chrétiens pouvaient mener leur vie et leurs travaux, mêlés aux autres sujets de l'empire et jouissant comme eux de la protection que les lois assuraient à tous. 

« Nous remplissons tout, écrivait Tertullien (Apologie, XXXVII), vos villes, vos châteaux, vos bourgades, vos conseils, vos camps, vos tribus, vos décuries, le palais, le sénat et le forum. Nous ne vous laissons que vos temples. » 

On peut, sans s'aventurer dans le moindre paradoxe, affirmer que les mesures de répression prises par l'empire païen contre les chrétiens paraissent faiblement organisées on très débonnaires, quand on les compare aux persécutions qui ont été infligées plus tard aux hérétiques, sous les auspices de l'Eglise catholique. D'après la procédure instituée par Trajan, il était défendu aux magistrats de rechercher les chrétiens. Lorsque ceux-ci étaient accusés, on devait exiger des délateurs une dénonciation écrite. Si cette dénonciation était trouvée fausse, le délateur était puni des peines que sa dénonciation aurait fait prononcer, si elle avait été justifiée. Or cette justification, lorsqu'elle n'était pas secondée par l'aveu de l'accusé, exigeait des évidences spéciales. Les religions antiques étant des institutions nationales et politiques, leur culte concernait moins l'homme que le citoyen. Les femmes, les enfants, les vieillards pouvaient s'en éloigner sans qu'on s'en aperaçût. Le père de famille lui-même pouvait accomplir personnellement, sur sont autel domestique, la plupart des rites et des sacrifices. Il lui était loisible de s'éloigner du temple et de déserter le service des dieux durant de longues années, sans paraître coupable et sans perdre aucun de ses droits. D'ailleurs, les accusations, même formelles, n'étaient ordinairement retenues qu'à l'égard des évêques et des chefs des Eglises. 

Dans le système catholique, l'hérésie, on seulement l'indulgence envers elle, est un crime énorme, un crime de lèse-majesté divine, à la répression duquel tous les fidèles ont le devoir de concourir. Ce devoir est souvent sanctionné par les lois punissant le silence de peines parfois égales à celles de l'hérésie, ou stimulant la délation par la promesse de hautes récompenses. D'ailleurs, la recherche et la dénonciation de l'hérésie sont imposées comme un office spécial à des légions d'agents, prêtres et moines. Le plus petit village est soumis à l'autorité et à la vigilance d'un prêtre. Et cette surveillance embrasse tons les actes et tous les instants de la vie de tous les membres du troupeau. Non seulement la naissance, le mariage, la maladie et la mort, non seulement la confession et la communion de chaque année les mènent ou les mettent forcément aux pieds de  ce prêtre; mais la célébration des fêtes les réclame à leur paroisse. Lorsque l'Eglise fait inquisition d'hérésie, toute négligence ou toute absence est une dénonciation. L'hérétique veut-il déguiser sa rébellion en assistant le jour aux cérémonies du culte dominant, pour pratiquer la nuit seulement le culte qu'il préfère, cette dissimulation n'est point pour lui un gage de sûreté; car l'Eglise possède des moyens presque infaillibles de le découvrir. Le confessionnal vaut à l'Eglise une inquisition cent fois plus clairvoyante que tous les délateurs de la Rome païenne. Le prêtre, quand il le veut, peut tirer de la bouche de l'enfant ou du serviteur la dénonciation du père ou du maître. Puis, dominant et résumant tout cela, le Saint-Office de l'inquisition, organe permanent et formidable de persécution, dont la procédure opère secrètement sur des délations anonymes, condamne l'accusé sans le confronter avec les témoins, et le torture pour lui arracher des aveux. En résumé, depuis le supplice de Priscillien (385) jusqu'à celui de François Rochette (1762 ), une longue série funèbre de supplices, de guerres, de massacres et d'exterminations. (E. H. Vollet).