Bien que les cyanobactéries aient un rôle écologique important en tant que producteurs primaires dans de nombreux écosystèmes aquatiques, certaines espèces peuvent produire des toxines potentiellement dangereuses pour les organismes vivants lorsqu'elles prolifèrent excessivement. Cette prolifération excessive, appelée bloom ou efflorescence, est favorisée par des conditions telles que la chaleur, la lumière intense et la présence de nutriments, notamment le phosphore et l'azote, souvent issus de la pollution agricole ou urbaine.

En plus de  la production de toxines, les efflorescences de cyanobactéries peuvent entraîner une décoloration de l'eau, une réduction de l'oxygène dissous, des dommages aux écosystèmes aquatiques.