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Les Bactéries
(Procaryotes)
Histoire de la Bactťriologie.
Les bact√©ries sont des organismes microscopiques, souvent parasites des animaux et des v√©g√©taux, ou vivant aux d√©pens des mati√®res organiques en d√©composition. Les bact√©ries, apparues sur Terre il y a 3,8 milliards d'ann√©es, se rencontrent partout et se multiplient, quand les circonstances leur sont favorables, avec une remarquable rapidit√©. Leurs dimensions sont tr√®s faibles, typiquement de l'ordre du microm√®tre (¬Ķm).

Malgr√© leur petitesse, les bact√©ries jouent un r√īle immense dans la nature. Nombre de bact√©ries sont les agents de maladies contagieuses de l'humain et des animaux domestiques. Ainsi ce sont des bact√©ries qui causent dans les vers √† soie les maladies qui ont si longtemps compromis la production de la soie en Europe. C'est une bact√©rie qui produit la maladie de la dipht√©rie; une autre qui donne le t√©tanos; une autre la tuberculose; une autre la fi√®vre typho√Įde; d'autres le chol√©ra, la m√©ningite √† m√©ningocoques, la leptospirose, la syphillis, la peste, la l√®pre, etc. (tableau ci-dessous et Histoire de la bact√©riologie). Les plantes ne sont pas √† l'abri des ravages des bact√©ries : beaucoup de leurs maladies sont caus√©es par la pr√©sence de ces micro-organismes. D√®s 1869, B√©champ montrait que des bact√©ries (Microzymas) se d√©veloppent dans les parties gel√©es des plantes qui pourrissent lors du d√©gel. La brouissure des poires (Burril, 1880), la jaunisse des bulbes de jacinthe (Wakker, 1882), sont aussi le fait de bact√©ries particuli√®res, s'introduisant par la moindre plaie ou m√™me par les stomates

Beaucoup vivent en symbiose dans les entrailles des animaux (y compris les humains) ou ailleurs dans leur corps, sans exercer aucune influence f√Ęcheuse et quelques-unes y produisent m√™me des effets utiles. L'estomac et l'intestin des herbivores renferment un grand nombre de microbes qui ne sont pas √©trangers √† la digestion, particuli√®rement √† celle de la cellulose (Les glucides) qui figure en si grande quantit√© dans les aliments v√©g√©taux dont ils se nourrissent. Duclaux, Ch. Richet et Bourquelot ont montr√© qu'il en √©tait de m√™me dans l'intestin de l'humain : on y trouve des microbes qui transforment les mati√®res albumino√Įdes en peptones : si l'on √©limine artificiellement ces ferments organis√©s, la digestion des mati√®res albumino√Įdes se ralentit. 

Les bact√©ries peuvent op√©rer d'importantes transformations sur le milieu dans lequel elles vivent par leurs s√©cr√©tions, notamment des prot√©ines particuli√®res (enzymes) susceptibles de favoriser des r√©actions chimiques diverses. Responsables de certaines fermentations, elles interviennent ainsi dans la pr√©paration d'aliments tels que les yaourts, les fromages ou le vinaigre. La capacit√© de d√©gradation de mati√®res organiques peut √©galement rendre utiles les bact√©ries pour lutter contre certaines pollutions (hydrocarbures), ou pour le recyclage des nutriments en intervenant dans plusieurs √©tapes du cycle, comme, par exemple, la fixation de l'azote de l'atmosph√®re. Les bact√©ries forment aussi la base de la cha√ģne alimentaire dans de nombreux environnements. La transformation de certaines bact√©ries par l'industrie (g√©nie g√©n√©tique) peut aussi les faire employer pour la fabrication de certains produits m√©dicamenteux : insuline, hormone de croissance, anticorps, etc.

Les morphologies bactériennes

Les bact√©ries ont de fortes affinit√©s avec les v√©g√©taux. Mais on en fait  un r√®gne distinct (et m√™me deux, en consid√©rant les Arch√©obact√©ries, ou Arch√©es, comme un groupe de Procaryotes nettement diff√©renci√©). Au point de vue de leur constitution, ces micro-organismes peuvent former de petits filaments, semblables √† un thalle, constitu√©s de cellules semblables, tr√®s petites, cloisonn√©es dans une, deux ou trois directions (Van Tieghem). Mais le plus souvent, les bact√©ries apparaissent comme des organismes unicellulaires, √©ventuellement  unis √† des organismes similaires sous forme de cha√ģne ou de zoogl√©e (masse g√©latineuse macroscopique). Sous cette forme de cellule arrondie, on leur donne le nom de microcoques (Microcoques); si elles se dissocient aussit√īt form√©es, elles prennent le nom de Bacterium, Diplococcus, etc.; si elles restent unies en baguettes plus ou moins longues, elles constituent des bacilles (Bacillus).

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Exemples de formes de bactťries.
Morphologies de bact√©ries. - Les coques ou cocci sont des bact√©ries sph√©riques ou sph√©ro√Įdales (Sarcina, Streptocoques). Les bacilles ont une forme de b√Ętonnets (Escherichia coli, Yersinia pestis). Les vibrions sont des b√Ętonnets en forme de virgule (Vibrio cholerae). Les spirilles sont des b√Ętonnets en forme de tire-bouchon. On d√©signe sous le nom de bact√©ries filamenteuses celles qui s'assemblent en cha√ģnettes; c'est le cas des bact√©ries ferrugineuses, dont le filament s'entoure d'une gaine, ou des Actinomyc√®tes, qui s'assembelnt en longs filaments tr√®s fins.

Certaines bact√©ries poss√®dent une vari√©t√© de chlorophylle (Bacterium viride, Bacillus virens), d'autres en sont d√©pourvues. Toute une section du groupe renferme des organismes remarquables par leurs couleurs vari√©es (Bact√©ries chromog√®nes) : la plupart cependant sont absolument transparentes et incolores, et ce sont celles qui nous int√©ressent le plus (bact√©ries ferments et bact√©ries pathog√®nes). La plupart des bact√©ries, √† l'exception de celles qui forment des filaments tr√®s longs et de quelques-unes absolument immobiles, sont anim√©es dans les liquides de mouvements tr√®s vifs, analogues √† ceux des zoospores ou spores des v√©g√©taux inf√©rieurs. 

La structure des bactéries.
Les bact√©ries, de m√™me que les zoospores, pr√©sentent, quand elles sont mobiles, des flagelles ins√©r√©es √† l'une de leurs extr√©mit√©s, ou √† toutes les deux : ces organes de locomotion ont √©t√© mis en lumi√®re par les r√©actifs colorants et  par la photographie. Lorsque la flagelle est unique on parle de bact√©rie monotriche; si elle forme une queue terminale, la bact√©rie est dite lophotriche. Quand les flagelles, analogues √† des cils vibratiles, garnissent tout le corps, on a affaire √† une bact√©rie p√©ritriche. D'autres structures d'apparence similaire peuvent √©galement √™tre pr√©sentes, les pili ou fimbriae, sorte d'excroissances rigides, dont certaines peuvent avoir un r√īle dans le processus de conjugaison bact√©rienne.

L'enveloppe des bact√©ries, dont la consistance est du reste tr√®s variable, est form√©e en partie de cellulose, en partie d'une mati√®re albumino√Įde particuli√®re, la mycoprot√©ine de Nencki. Elle a une structure complexe. A l'int√©rieur, se trouve  la membrane cytoplasmique, dont on peut observer dans certains cas, √† l'int√©rieur du cytoplasme, des invaginations, nomm√©es m√©sosomes, et qui font le lien avec l'appareil nucl√©aire. Autour de la membrane cytoplasmique, on rencontre une paroi ext√©rieure ou paroi cellulaire proprement dite, qui est elle-m√™me parfois ins√©r√©e dans une enveloppe plus ou moins visqueuse et rigide, la capsule
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Structure générale d'une bactérie
Source : T. Hart et P. Shears, Atlas de poche de microbiologie, Flammarion, 1997.

Quant au contenu de la cellule (c'est-√†-dire le cytoplasme et les diff√©rents organelles qui s'y trouvent), il est d'apparence homog√®ne au microscope optique, plus r√©fringent que l'eau. La microscopie √©lectronique permet d'acc√©der √† la structure fine des bact√©ries. Il n'y a pas de noyau v√©ritable comme dans les cellules eucaryotes, mais une structure d'aspect fibrillaire, d√©pourvue de membrane, qui en est l'analogue, le nucl√©o√Įde, constitu√© d'ADN (Les acides nucl√©iques) : les g√®nes, align√©s, se groupent dans un chromosome unique formant une boucle.

Une partie du mat√©riel g√©n√©tique est √©galement contenu dans des inclusions cytoplasmiques appel√©es plasmides. D'autres inclusions, pr√©sentes partout sauf dans la r√©gion nucl√©aire, ont un forme granuleuse, et correspondent aux ribosomes : ils sont constitu√©s principalement  d'acide ribonucl√©ique (ARN) - le m√™me pour toutes les bact√©ries -, souvent associ√©s √† de fins filaments d'ARN messager, qui forment des chapelets appel√©s polysomes.

D'autres granulations présentes dans le cytoplasme sont constituées de réserves nutritives (énergétiques) synthétisées et emmagasinées par la bactérie, et de nature variable selon les espèces (glycogène, amidon, etc.). D'autres inclusions peuvent encore exister, constituées de composés non-organiques (polyphosphates, soufre, fer).

Les bactéries photosynthetiques, c'est-à-dire qui sont capables de convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique, assurent cette fonction à l'aide de chromatophores, des vésicules analogues au chloroplastes des cellules des végétaux. Elles possèdent en outre des vacuoles à gaz qui confèrent à ces organismes aquatiques la possiblité de flotter à la surface des eaux.

On notera qu'il n'a pas dans les cellules procaryotes de mitochondries, ni d'appareil de Golgi, ni de réticulum endoplasmique.
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Salmonelles.
(a) Bactéries Salmonella vues au microscope optique. (b) Sur cette micrographie électronique à balayage des bactéries Salmonella (en rouge) envahissant les cellules humaines. (crédits : a) CDC, Armed Forces Institute of Pathology, Charles N. Farmer; b) Rocky Mountain Laboratories, NIAID, NIH; données d'échelle de Matt Russell).

Physiologie des bact√©ries 

Les bactéries se nourrissent par simple intussusception, à travers la membrane d'enveloppe des cellules, aux dépens de l'eau ou du liquide dans lequel elles vivent : desséchées elles cessent de se nourrir.

La vie des bact√©ries, et surtout leur d√©veloppement, n√©cessite toujours la pr√©sence de l'humidit√© et d'une temp√©rature qui, en g√©n√©ral ne soit ni trop basse ni trop √©lev√©e (mais on conna√ģt aussi des exemples de bact√©ries capables de vivre et de se d√©velopper √† de hautes temp√©ratures); les unes ont besoin de l'air, les autres, au contraire, ne peuvent se d√©velopper qu'√† l'abri de l'air. Les unes sont capables de photosynth√®se, les autres pas. La pr√©sence de certaines bact√©ries peut s'opposer au d√©veloppement de certaines autres. Enfin, un grand nombre de substances, nomm√©es antiseptiques ou antibiotiques tuent les bact√©ries (bact√©riocides), ou bien arr√™tent leur d√©veloppement (bact√©riostatiques). 

Les bact√©ries peuvent vivre librement dans l'eau, √† la mani√®re des Algues; celles qui poss√®dent de la chlorophylle peuvent s'y nourrir, √† la mani√®re des  v√©g√©taux, c -√†-d. en assimilant directement les substances min√©rales dissoutes dans le liquide o√Ļ elles flottent. Telles sont les Bacterium viride et Bacillus virens. La plupart des esp√®ces connues, et particuli√®rement celles qui nous int√©ressent le plus, se nourrissent, comme les Champignons, de mati√®res organiques en d√©composition. Elles partagent avec les Mucorin√©es (moisissures) et les Saccharomyc√®tes (ou ferments proprement dits), la propri√©t√© de produire des fermentations.

"On désigne, dit Duclaux, sous le nom de fermentations, les transformations chimiques que subissent certaines substances dissoutes, sous l'influence d'êtres organisés, toujours privés de chlorophylle, qui se développent et vivent dans l'intérieur du liquide qui fermente. "
Pasteur a montr√© que l'absence de l'oxyg√®ne √©tait la principale cause de la fonction que remplissent les organismes ainsi transform√©s en ferments; ayant besoin d'oxyg√®ne pour vivre et se d√©velopper et n'en trouvant pas autour d'eux, ces organismes l'empruntent au milieu m√™me dans lequel ils v√©g√®tent et produisent des fermentations diverses suivant la nature du liquide et du ferment organis√© qui s'y d√©veloppe. Cette th√©orie de la fermentation permet de comprendre toute l'importance du r√īle des bact√©ries quand elles vivent en parasites dans le sang ou les liquides m√©taboliques des animaux et des v√©g√©taux.

On peut diviser les bactéries en espèces saprophytes, qui vivent de matières organiques mortes, et en espèces parasitaires, qui vivent dans les organismes vivants, Les Saprophytes se divisent elles-mêmes en Bactéries saprogènes (ou bactéries de la putréfaction), bactéries chromogènes (ou pigmentaires), et Bactéries xymogènes (ou bactéries des fermentations). La plupart des Saprophytes ont besoin, pour vivre, de l'oxygène atmosphérique et sont, par conséquent, aérobies (Pasteur). Quelques-unes peuvent se passer, au moins momentanément, de ce gaz et produisent alors des décompositions particulières (fermentations); on peut les appeler des anaérobies facultatives (Van Ermenghem). D'autres sont strictement anaérobies, car la présence de l'oxygène de l'air s'oppose à leur développement; elles meurent au contact de ce gaz. Le Myobacterium tuberculosis est un bon exemple de bactérie strictement aérobie; le Lactobacillus, Bacteroides, au contraire sont des genres anaérobies. Il existe enfin des bactéries qui possèdent la propriété de fournir de l'oxygène au milieu dans lequel elles vivent et peuvent provoquer, par conséquent, des fermentations oxydantes.
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Pus blennorrhagique.
Exudat diphtťrique.
Bacilles de la tuberculose et de l'influenza.
Gonocoques dans du pus blennorrhagique. Exudat diphtérique (Gram). Staphylocoques, streptocoques et bacilles de Loeffler).
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Bacilles de la tuberculose et de l'influenza (méthode de Ziehl).
Pneumocoques d'un crachat.
Staphylocoques dans du pus.
Streptocoques de cuture.
Pneumocoques d'un crachat (Gram). Staphylocoques dans du pus (Gram). Streptocoques de culture (fuschine).
Source : M. Funck, Manuel de bactériologie clinique, 1901.

Les bact√©ries parasitaires, en g√©n√©ral, ne parcourent pas toutes les phases de leur d√©veloppement dans un m√™me organisme vivant : elles peuvent vivre plus ou moins longtemps dans un autre organisme vivant ou mort, dans un liquide en putr√©faction ou simplement dans l'eau. Van Tieghem les a appel√©es des Parasites facultatifs. De Bary a d√©sign√© sous le nom de Saprophytes facultatifs celles de ces bact√©ries, qui, d'ordinaire, vivent dans l'organisme vivant et ne se d√©veloppent qu'accidentellement dans les liquides en putr√©faction. Les Parasites stricts (ou obligatoires), au contraire, sont, d'apr√®s le m√™me auteur, toujours parasites des organismes vivants et ne peuvent s'accommoder du genre de vie des saprophytes. Ces distinctions, tr√®s importantes au point de vue du mode de contagion des maladies parasitaires, ne sont pas toujours tr√®s faciles √† √©tablir dans la pratique. 

Enfin, on peut encore distinguer les bact√©ries parasitaires, en √©piphytes et endophytes, suivant qu'elles vivent sur la peau de l'√™tre organis√© qui les nourrit ou dans l'int√©rieur m√™me de ses organes. 

On peut r√©sumer dans le tableau suivant les divers modes d'existence que pr√©sentent les bact√©ries  :
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Saprogènes (vraies) Vivent dans les matières organiques en putréfaction.
Zymogènes Aérobies Oxydantes.


Anaérobies facultatives.
Anaérobies strictes
Chromogènes Colorent les matières dans lesquelles elles vivent.
Parasitaires Parasites stricts.


parasites facultatifs.


Saprophytes facultatifs.

Reproduction des bactéries

La reproduction, toujours asexu√©e chez les bact√©ries, peut se faire de deux mani√®res : par multiplication des cellules ou scissiparit√©, chaque cellule se divisant par cloisonnement en deux autres cellules qui s'allongent en restant unies et constituent des cha√ģne ou b√Ętonnets plus ou moins allong√©s, ou bien se s√©parent et constituent des organismes distincts. Ce mode de reproduction, qui se confond avec l'accroissement, est le mode normal, celui qui se continue ind√©finiment lorsque l'on maintient le micro-organisme dans son milieu habituel o√Ļ il trouve les conditions d'existence qui lui sont le plus favorables.

Le second mode de reproduction est celui par spores endog√®nes ou exog√®nes, qui ne se produit que dans certaines circonstances, lorsque le milieu nutritif se trouve √©puis√© par dessiccation ou par d√©faut des principes nutritifs indispensables √† l'accroissement de l'organisme. Le protoplasme int√©rieur de chaque cellule se concentre alors sous forme de spores qui constituent de petites granulations tr√®s r√©fringentes, arrondies, brillantes, form√©es de protoplasme entour√© d'une membrane √©paisse dont les deux couches sont appel√©es exospore et endospore. La pr√©sence de ces spores donne aux bact√©ries une forme renfl√©e dans le point o√Ļ le spore s'est form√©, soit au milieu (bact√©ries fusiformes, ex. Clostridium), soit √† l'une des extr√©mit√©s (H√©lobact√©ries), soit aux deux extr√©mit√©s (Dispora). La formation de deux spores dans une m√™me cellule, toujours alors tr√®s allong√©e, est un fait assez rare. Les spores r√©sistent, beaucoup mieux que les bact√©ries dont elles proviennent, √† la dessication et √† une temp√©rature tr√®s √©lev√©e ou tr√®s basse, variable du reste suivant les esp√®ces, et peuvent rester ainsi tr√®s longtemps sans perdre leur vitalit√© et la facult√© de germer. Si, au bout de ce temps, elles rencontrent de nouveau le milieu liquide favorable √† leur multiplication, elles y germent et donnent naissance √† une nouvelle colonie de bact√©ries. Chaque spore se gonfle aux d√©pens du liquide qui l'imbibe, rompt son √©paisse exospore et s'allonge en un filament tant√īt perpendiculaire au grand axe (Bacillus subtilis), tant√īt, et c'est le cas le plus ordinaire, dirig√© dans le m√™me sens (Bacillus amylobacter), et reproduisant ainsi la forme primitive de la bact√©rie m√®re. Ce filament s'allonge, se cloisonne et se multiplie de nouveau par scissiparit√©, jusqu'√† ce que l'√©puisement du liquide nutritif le force √† fournir de nouvelles spores.

La production des spores.
Les spores ne se produisent que dans certaines conditions. Tant que le milieu nutritif qui  convient √† chaque esp√®ce de Bact√©rie n'est pas √©puis√© par dessiccation ou par d√©faut des √©l√©ments nutritifs, l'accroissement se continue suivant le mode ordinaire (par scissiparit√©). Mais si ce milieu vient √† √™tre √©puis√© ou dess√©ch√©, les spores se forment et assurent la conservation de la colonie. 

Tandis que la bact√©rie ne peut vivre que dans le milieu sp√©cial qui lui convient, ses spores se conservent tr√®s longtemps dans l'eau, dans le sol ou dans l'air, en gardant toute leur vitalit√©, mais sans germer, √† moins qu'elles ne rencontrent un milieu qui leur soit favorable. Suivant que ce milieu renferme en plus ou moins grande abondance les √©l√©ments nutritifs n√©cessaires au d√©veloppement de la bact√©rie, celle-ci prendra plus ou moins d'accroissement et se pr√©sentera sous des formes souvent tr√®s diverses. C'est ainsi que le Bacillus anthracis se pr√©sente dans le sang des animaux sous forme de b√Ętonnets plus ou moins longs, mais toujours droits, et comme bris√©s aux deux extr√©mit√©s. Ces bacilles, transport√©s dans un milieu de culture favorable (bouillon de poulet), s'y d√©veloppent et forment de longs filaments enroul√©s comme des paquets de corde et dans lesquels on a quelque peine √† reconna√ģtre le bacille primitif, qui, continuellement entra√ģn√© dans le torrent circulatoire, au milieu des globules sanguins qui roulent avec lui, ne peut se montrer que sous une forme bris√©e.

Mais ce n'est pas tout : au sein du nouveau milieu nutritif les spores endog√®nes se forment, tandis que les bacilles primitifs n'en pr√©sentent jamais dans le sang. Ainsi, dans ce cas, il a suffi de changer le milieu nutritif pour provoquer la formation des spores. Ces spores r√©sistent √† la dessiccation beaucoup mieux que les Bact√©ries dont elles proviennent, aussi les trouve-t-on g√©n√©ralement dans l'air atmosph√©rique et dans les poussi√®res du sol √† l'exclusion de celles-ci : les bact√©ries, au contraire, sont plus communes que les spores dans l'eau et Ie sol humide ou mar√©cageux. 

Les spores r√©sistent √©galement beaucoup mieux que les bact√©ries √† une temp√©rature variable suivant les esp√®ces; ainsi les spores du Bacillus subtilis r√©sistent √† une temp√©rature de 105¬įC qui tue la plupart des autres bact√©ries et le B. subtilis lui-m√™me; pour tuer ces spores il faut porter le liquide qui les renferme √† une √©bullition prolong√©e pendant une heure √† 110¬į C, et cette temp√©rature devrait √™tre encore plus √©lev√©e si les spores √©taient dans l'air sec; il est donc n√©cessaire de porter l'√©tuve √† 120¬įC lorsqu'on veut st√©riliser des r√©cipients destin√©s aux cultures de bact√©ries, c.-√†-d. tuer tous les germes qui peuvent y avoir √©t√© apport√©s par l'air. Mais la temp√©rature de 35¬įC est la plus favorable √† la croissance et √† la germination des bact√©ries, et l'on remarquera que cette temp√©rature se rapproche beaucoup de la temp√©rature des organes internes de l'humain et des autres animaux √† sang chaud (37¬įC chez l'humain et la plupart des autres mammif√®res, 40¬įC chez les oiseaux). Les spores r√©sistent √©galement bien aux temp√©ratures tr√®s basses.

Classification des bactéries

Les Bact√©ries constituent le plus ancien groupe d'organismes cellulaires vivant sur la Terre. Ce sont des Procaryotes, c'est-√†-dire qu'elles sont compos√©es de cellules √† noyau diffus (nucl√©o√Įde, o√Ļ se trouve presque tout le mat√©riel g√©n√©tique). On consid√®re les Actinobact√©ries commme le groupe parent des Arch√©es ou Arch√©obact√©ries (√©galement procaryotes) et de leur groupe fr√®re, les Eucaryotes (form√©es de cellules poss√©dant un vrai noyau), dont font partie les Protistes, les Plantes et les Animaux.
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Cyanobactéries
Algues bleues ou Algues bleu-vert. Organismes pouvant √™tre pluricellulaires (filaments non ramifi√©s se reproduisant par la s√©paration d'une extr√©mit√© du filament) ou unicellulaires (coques sph√©ro√Įdales, batonnets se reproduisant par scissiparit√©). Capacit√© photosynth√©tique comparable √† celle des plantes
Chamaesiphonales
Camaesiphon, Dermocarpa.

Chroococcales
Chroococcus, Eucapsis, Aphanocapsa.
Genre apparenté :Prochlorococcus.

Nostocales
Oscillariées (Oscillatoria), Nostocacées (Nostoc), Scytonemacées (Scytonema), Ruvulariacées (Rivularia, Calothrix).

Pleurocapsales
Pleurocapsa, Hyella.

Stigonematales
Stigonema, Pulvinaria, Amphithrix.

Spirochètes
Bact√©ries de forme h√©lico√Įdale, tr√®s mobiles. Filament axial, nombreuses fibriles.Paroi mince est flexible.
Trépanémacées
Nombreuses espèces pathogènes.
Leptochétacées
Treponema : T. pallidum = syphilis; 

Borellia : B. recurrentis = fièvres, B. burgdorferi = maladie de lyme, etc.



Leptospiracées
Leptospira = leptosiroses chez les humains et d'autres animaux..
Spirochétacées : Spirocheta (organismes aquatiques de grandes dimensions); Critispira (parasites du tube digestif de certains mollusques).
Eubactéries
Bactéries unicellulaires, généralement non ramifiées, mais pouvant éventuellement s'assembler en filaments (actinomycètes, bactéries ferrugineuses). Formes : bacilles, vibrions, coques, spirilles. Des flagelles peuvent exister à differents stades de leur développement.
Bactéries vertes /
Chlorobactéries

Batonnets immobiles, √† Gram n√©gatif. Photosynth√©tiques, sensibles √† la partie rouge du spectre solaire. Utilisent le dioxyde de carbone  comme source de carbone. Capables d'oxyder l'hydrog√®ne sulfur√©. Ana√©robies strictes. 

Flavobactéries

Flavobactériacées (Flavobacterium columnare. Infecte les poissons); Blattabacteriacées, Cryomorphacées.


Bactéroidales

Porphyromondac√©es : Porphyromonas, Dysgonomonas 

Bacteroidacées : Bacteroides, Acetofilamentum, Acetomicrobium
Acetothermus, Anaerorhabdus.

Marinilabiac√©es : Alkaliflexus,   Alkalitalea, Anaerophaga, Geofilum, Mangroviflexus, Marinilabilia,    Natronoflexus, Thermophagus.

Prevotellacées : Prevotella, Alloprevotella, Hallella, Paraprevotella

Rikenellacées : Rikenella, Alistipes.


Bactéries vertes sufureuses

Chlorobiales : Chlorobium

Chloroflexales : Chloroflexus aurantiacus

Ignavibacteriales : Melioribacter roseus, Ignavibacterium.


Bactéries vertes non-sufureuses

Chloroflexi
Herpetosiphonales; 
Chloroflexales (Chloroflexus aurantiacus).

Thermomicrobia : Thermomicrobiales, Sphaerobacterales.

Ordres divers : 
Thermogemmatisporales, Anaerolineales, Dehalococcoidales, etc.

Protéobactéries (Bactéries pourpres au sens large)

Photosynth√©tiques, sensibles √† la partie infrarouge du spectre solaire. 
Tous les groupes (Alpha, Bêta, etc.) se composent de bactéries à Gram négatif.

[Alpha = Alphabactéries]

Caulobact√©ries : Caulobacter. Pr√©sence d'un p√©doncule, tube cylindrique dont l'extr√©miit√© assure la fixation sur un support solide. Flagelle polaire assurant leur mobilit√©, et oppos√© au p√©doncule.  Les colonies forment des rosaces caract√©ristiques. C. crescentus est utilis√©e dans le traitement des eaux us√©es.

Rhodobactéries; Rhodospirillacées; Rhizobactéries, etc.

[Bêta]

Neisseriacées : Neisseria. N. meningitidis = méningite à méningocoques; N. gonorrhoeae = gonorrhée.

Alcaligenacées : Bordetella. B. pertussis = coqueluche.

Comamonadac√©es : Sphaerotilus. Longues cha√ģnes de cellules entour√©es d'une gaine rigide et transparente, riche en oxyde de fer ou de mangan√®se et qui a fait qualifier ces organismes de bact√©ries ferrugineuses.

Gallionelacées : Gallionella. On les trouve dans les eaux de surface riches en composés organiques, mais également, comme les Sphaerotilus (dont elles partagent aussi l'aspect filamenteux), dans les eaux ferrugineuses. Oxydent les composés sulfurés en sulfates. Mobiles, à flagelles polaires. Reproduction par scissiparité.

Burkholderiacées, Ralstoniacées, etc.

[Gamma]

Entérobacteriacées
Escherichia (Escherichia coli = diarrhées);
Salmonella (Salmonella typhi = thypho√Įde; S. typhimurium = salmonellose.); Yersinia (Yersinia pestis (bacille de Yersin) = peste).

Buchneracées

Pasteurellacées
Pasteurella, Actinobacillus, Haemophilus (Haemophilus influenzae = méningite bactérienne).

Vibrionacées
Vibrio (Vibrio cholerae = choléra).

Légionellacées
Legionella. (Legionella pneumophila = légionellose.).

Chromatiales : Bactéries pourpres stricto sensu ou Bactéries pourpres sulfureuses (organismes aérobies, capables de photosynthèse) : Chromatiacées,
Ectothiorhodospiracées.

Autres : Pseudomonacées, Xanthomonacées, Thiomicrospiracées
Altéromonadacées, Acidithiobacilles

[Delta]

Myxobact√©ries (Myxococcales). Non photosynth√©tiques. Paroi cellulaire fine. Pr√©sentes dans le sol et les eaux, elles jouent un grand r√īle dans la destruction des mati√®res organiques. Myxococcus; Chondromyces; Cytophaga; Sporocytophaga.

Desulfovibrion, Géobacter

[Epsilon]

Helicobacter : Campylobacter (C. Jejuni = "turista").

Bacilles Bacilles/ Staphyllocoques : Bacillus, 
Listeria, 
Staphylococcus.

Entérocoques
Enterococcus
 
 

Streptocoques Streptococcus, 
Lactococcus.
 

Lactobacilles :
Lactobacillus.

Clostridiacées
Clostridium.

Héliobactérium

Agents pathogènes :
Bacillus anthracis = Anthrax; Listeria monocytogenes = Listériose; Staphylococcus aureus (Staph. doré).

Streptococcus mutans = carie dentaire; Streptococcus pyogene = scarlatine.
 
 

Clostridium tetani = tétanos.

 

Actinomycètes / Actinobactéridées

Eubact√©ries myc√©liennes. 
 

Corynebactérinées

Mycobact√©riac√©es : Corynebacterium : C.diphtderiae = dipht√©rie; Mycobacterium :  M. tuberculosis (bacille de Koch) = tuberculose; M. leprae = l√®pre. Forme bacillaire (parfois aspect filamenteux). Myc√©lium rudimentaire. Leur acido-alcalo-r√©sistance les rend identifiables par la m√©thode Ziehl-Nielsen.



Nocardiac√©es : Nocardia. Bact√©ries a√©robies. Reproduction par fragmentation du myc√©lium (parfois a√©rien) en √©l√©ments bacillaires et cocco√Įdes. Nocardia asteroides = nocardiose (infection pulmonaire s√©v√®re).
Actinomyc√©tac√©es : Actinomyces. Esp√®ces a√©robies et ana√©robies facultatives. Reproduction par fragmentation du myc√©lium (jamais a√©rien) en √©l√©ments cocco√Įdes. Actinomyces bovis = actinomycose des bovid√©s ("lumpy jaws"); Ac. Israeli = actinomycose cervico-faciale.
Streptomycétacées : Streptomyces, Kitasatospora, Streptoverticillium. L'organisation des Streptomyces et l'aspect de leurs colonies se rapproche de ceux des champignons. Vrai mycélium; reproduction à l'aide de conidies. Le Steptomyces griseus sécrète la streptomycine. D'autres espèces sont à l'origine d'antibiotiques tels que la néomycine, l'érythromycine, le chloramphinécol et les tétracyclines.
Micromonosporacées : Micromonospora. Pas de mycélium aérien.Communes dans le sol, les sédiments, l'eau douce. Forment de petites colonies de couleurs diverses. Souvent capables de dégrader la chitine et la cellulose.
Actinoplanacées : Actinoplanes.
Espèces aquatiques mobiles (flagelles), se reproduisant par des sporanges (enveloppes remplies de spores).
Micrococcinées

Beutenbergiac√©es, Bogoriellac√©es, Brevibacteriac√©es, Cellulomonadac√©es, Demequinac√©es, Micrococcac√©es, Dermabact√©rac√©es, Dermatophilac√©es, Dermacoccac√©es, Intrasporangiac√©es, Jonesiac√©es,  Microbact√©riac√©es, Ruaniac√©es, Promicromonosporac√©es, Rarobact√©rac√©es,     Sanguibact√©rac√©es.

Particulières Hadobactéries [= bactéries d'Hadès ou "bactéries résistantes aux conditions infernales"] ou Deinocoques : Deinococcus (résistantes aux radiations - centrales nucléaires, milieu spatial), Deinobacterium; Truepera, Thermus (résistantes à la chaleur), etc.
Rickettsies
Parasites intracellulaires obligatoires. De taille très inférieure à celle des bactéries ordinaires. Forme de coque ou de bacille.
 

{N.B. : Sont également rangées parmi les Bactéries pourpres, dans la classe des Alphabactéries]

Cowdria, Rickettsia, Ehrlichia Parasites inoffensifs des poux, tiques et puces; peuvent √™tre transmises √† l'humain par piq√Ľre et causer des infections mortelles.

R. prowazekii = typhus.

Chlamydies
Comparables aux Rickettsies, mais n'infectant que les Vertébrés.
Chlamydia, Chlamydophila, Parachlamydia, Rhabdochlamydia, Simkania, etc.. Causes de bronchopneumopathies s√©v√®res (psittacose dont l'agent est  Chlamydophila psittaci, ornithose), transmises aux humains et √† d'autres animaux par les oiseaux.


Agents de maladies sexuellement transmissibles (lymphogranulomatose ou maladie de Nicolas-Favre, chlamidiose) et de maladies des yeux (trachome dont l'agent est Chlamydia trachomatis, conjonctivite à inclusions).
Mycoplasmes
Très petites bactéries dépourvues de paroi cellulaire. Analogues aux "formes L" des bactéries ordinaires.
Mycoplasma (une centaine d'espèces), Ureaplasma, Erysipelothrix M. pneumoniae = pleuro-pneumonie des bovidés.

Certains Mycloplasmes font partie des la flore normale des muqueuses des humains.

Archées
ou
Archéobactéries
Sont considérées comme une domaine (super-règne) distinct de celui des Bactéries proprement dites; les deux domaines réunis constituant le taxon des Procaryotes.
Méthanobactéries
(Anaérobies)
Phylum peut-être le plus ancien. Elles sont responsables de la production du "gaz des marais" (méthane).
Halobactéries.
(Photosynthétiques)
Ont besoin de fortes concentration de sel pour survivre.
Thermophiles
Sulfolobus, Thermoplasma.

 


Vah√© Zartaran et Martine Castello, Le grand roman des bact√©ries, Albin Michel, 2005. - Ignor√©es jusqu'au XVIIe si√®cle, on les a longtemps prises pour des ¬ę petites vies ¬Ľ amusantes avant de les rendre responsables de tous nos maux. Aujourd'hui, les bact√©ries font r√™ver les marchands qui voient en elles les robots vivants du XXIe si√®cle. Chacune de ces visions est partielle. Pour les auteurs de ce livre, la saga des bact√©ries m√©rite infiniment plus de respect. Le saviez-vous? Il y a quatre milliards d'ann√©es, elles ont lanc√© l'immense chantier de la vie. Sans elles, la Terre serait rest√©e un caillou st√©rile. Elles sont partout : dans les fosses oc√©aniques, les glaciers des p√īles, et m√™me dans les volcans. Chacun de nous en porte cent mille milliards dans l'intestin et mille milliards sur la peau. Elles ont cr√©√© l'air que nous respirons, la couche d'ozone protectrice, l'humus, mais aussi le charbon, le p√©trole, le gaz, les minerais. Sans elles, nous ne pourrions pas vivre. Elles peuvent nous aider √† fabriquer aujourd'hui de nouveaux m√©dicaments et de nouveaux produits bons pour la sant√© humaine et animale. Elles peuvent nous aider aussi √† r√©soudre nos probl√®mes d'environnement, en nous d√©barrassant de nos d√©chets et en produisant de l'√©nergie propre. Enfin, ces √™tres minuscules d√©montrent la sup√©riorit√© de la coop√©ration sur la comp√©tition. Un message de sagesse qui nous invite √† suivre de pr√®s leur sublime cr√©ation. (couv.).

Maryse Archambaud, J√©r√īme Grosjean et al., Bact√©riologie et virologie pratique, De Boeck, 2011; 

Jean-Loup Avril et Jean-Louis Fauchère, Bactériologie générale et médicale, Ellipses Marketing, 2002.;

Jean-Loup Avril, Nouveau dictionnaire pratique de bactériologie clinique, Ellipses marketing, 1997.

John Herrick, Les bactéries sont-elles nos ennemies, Le Pommier, 2004.

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Dictionnaire Les mots du vivant
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