Au I^er siècle av. JC, la région de la Moldavie faisait partie du royaume des Daces. Après la conquête romaine de la Dacie par l'empereur Trajan en 106 ap. JC., la région a été intégrée à l'Empire romain, mais elle est restée en grande partie périphérique et a vu le déclin de l'influence romaine après la retraite des Romains au début du III^e siècle.

Après avoir été comprise dans la Dacie conquise par Trajan, la Moldavie fut successivement envahie par les Goths, les Huns, les Bulgares, les Slaves, les Avars, les Khazares, les Petchenègues (LesTurkmènes), les Magyars, les Kumans et les Mongols. 

Dragoch (DragoÈ™) ou Bogdan I^er, y ramena de la Hongrie, au XIV^e siècle, les descendants de l'ancienne population dace et romaine, et y créa en 1359 un Etat,  la Principauté de Moldavie, dépendant d'abord, puis indépendant de la Hongrie, et dont il fut le premier souverain, sous le nom de vaïvode. La Moldavie est devenue un important centre politique et culturel sous le règne de Åžtefan cel Mare (Étienne le Grand, 1457-1504), qui s'est illustré par ses succès militaires contre les Ottomans et pour ses contributions à la culture et à l’architecture.

La Moldavie a souvent été en conflit et en alliance avec des puissances voisines, telles que le Royaume de Hongrie, le Royaume de Pologne, et l'Empire Ottoman. 

L'influence ottomane a commencé à s'étendre au cours du XV^e siècle, avec la Moldavie devenant un vassal de l'Empire Ottoman. Au XVI^e siècle, la Moldavie est devenue une principauté vassale de l'Empire Ottoman, bien que les voïvodes moldaves aient conservé une certaine autonomie. Cette période est marquée par des conflits constants avec les voisins, y compris des incursions des Tatars de Crimée et des campagnes militaires des Habsbourg et des Russes.

A l'extinction de la dynastie des Dragochistes, les vaïvodes furent pendant quelque temps électifs; mais la Turquie s'arrogea bientôt le droit de les nommer, et finit, dans les premières années du XVIII^e siècle, par les choisir parmi les familles grecques du Phanar.

La Russie commença sous Pierre I^er à exercer sur la principauté une influence que le traité de Kutchuk-Kaïnardji fortifia en 1774. La Moldavie perdit en 1777 la Bukovine, qui fut cédée à l'Autriche, et en 1812 la Bessarabie, qui passa à la Russie. 

Au XIX^e siècle, les puissances européennes ont réorganisé les frontières de la région. En 1812, la Bessarabie, située à l'est du Dniestr, a été annexée par l'Empire Russe après le traité de Bucarest, tandis que la région de la Moldavie à l'ouest du Dniestr est restée sous contrôle ottoman. Lorsque l'insurrection grecque éclata en 1821, des dispositions que la Porte comprima en occupant cette région jusqu'en 1826. Elle fut placée, par le traité d'Andrinople, en 1829, sous la .protection de la Russie, dont les troupes y demeurèrent jusqu'en 1834. Puis elle s'associa en 1848 au mouvement insurrectionnel qui se manifesta en Valachie. Les troupes turques et russes y entrèrent simultanément pour y rétablir l'ordre, et n'en sortirent qu'en 1851.

Les Russes commencèrent la guerre contre la Turquie en 1853 par l'envahissement de la Moldavie et de la Valachie. Mais ils furent contraints d'évacuer les deux principautés en 1854, et les Autrichiens les occupèrent. Le traité de Paris 1856 a rendu à la Turquie, pour être réuni à la Moldavie, un quart de la Bessarabie. L'union des principautés Valaque et Moldave eut lieu en 1861, et à partir de cette date l'histoire de la Moldavie (occidentale) se confond avec celle de la Roumanie. A cette époque, le nationalisme moldave s’est développé, avec des efforts pour rétablir une identité nationale et culturelle distincte. Les réformes sociales et politiques en Russie ont également influencé la région. Une grande partie du territoire moldave restée russe a été unifiée avec la Roumanie en 1918 au lendemain de la Première Guerre mondiale.  Cependant, en 1940, à l'issue du pacte Molotov-Ribbentrop, l'Union Soviétique a annexé la Bessarabie, qui est devenue la République Socialiste Soviétique de Moldavie.

La Moldavie a proclamé son indépendance le 27 août 1991, après l'effondrement de l'Union Soviétique.  Le pays a également cherché à établir une identité nationale distincte tout en naviguant entre l’influence de l’Occident et des relations étroites avec la Russie. Il a aussi connu une transition difficile d'une économie planifiée à une économie de marché, marquée par des privatisations, une inflation élevée et une récession économique, et est resté le plus pauvre d'Europe

Il est par ailleurs travaillé par des forces centrifuges. La Transnistrie (Transdniestrie), qui est la partie orientale de la Moldavie, à l'Est du Dniestr, peuplée majoritairement de Slaves (Russes et Ukrainiens) revendique son indépendance, voire son rattachement à la Russie. En 1992, un conflit armé a éclaté dans cette région. Les combats ont fait des centaines de morts avant qu'un cessez-le-feu ne soit instauré en juillet 1992. Depuis, la Transnistrie reste une région sécessionniste, autoproclamée, tenue par des mafias affiliées à la Russie, et soutenue par la Russie, mais non reconnue internationalement. Des casques bleus de l'ONU, ainsi de des troupes russes, y stationnent toujours. D'un autre côté, il existe en Moldavie une composante qui milite pour le rattachement du pays à la Roumanie. Entre les deux, derrière une vie démocratique très instable, subsiste un régime dominé par les communistes, au pouvoir à partir de 1996, et miné par la corruption et les trafics en tout genre. 

Le Parti des communistes de la République de Moldavie (PCRM) a remporté de nouveau les élections législatives de 2001, et Vladimir Voronin est devenu président. Sous sa direction, le pays a tenté de renforcer ses liens avec la Russie tout en maintenant des relations avec l'Union Européenne (UE).Les élections d'avril 2009, remportées à nouveau par le PCRM, ont été marquées par des allégations de fraude et des manifestations massives, connues sous le nom de Révolution Twitter. Ces événements ont conduit à de nouvelles élections en juillet 2009, qui ont donné la victoire à une coalition pro-européenne.

 Après 2009, la Moldavie a été dirigée principalement par des coalitions pro-européennes qui ont cherché à rapprocher le pays de l'UE. En 2014, la Moldavie a signé un accord d'association avec l'Union européenne, incluant un accord de libre-échange approfondi et complet. Ce fut un pas important vers l'intégration européenne. Bien que des efforts aient été faits pour réformer l'économie et lutter contre la corruption, la Moldavie a continué de faire face à de nombreux défis, notamment des scandales de corruption majeurs, comme la fraude bancaire de 2014, où environ un milliard de dollars a été détourné des banques moldaves.

En 2016, le dirigeant pro-Russie Igor Dodon a accédé à la présidence en 2016 et son Parti socialiste de la République de Moldavie a remporté la majorité aux élections législatives en 2019. Mais l'année suivante, la réformiste pro-Union Européenne Maia Sandu a battu Dodon lors de sa candidature à la réélection en novembre 2020 et le Parti de centre droit, d'action et de solidarité (PAS), que Sandu a fondé en 2015, a remporté la majorité parlementaire lors d'élections législatives anticipées en juillet 2021. La Première ministre Natalia Gavrilita et son cabinet (soutenus par le PAS) ont pris leurs fonctions en août 2021. Ce gouvernement qui a dû gérer l'exacerbation des défis économiques et sociaux par la pandémie de covid-19, a poursuivi les réformes pour lutter contre la corruption et améliorer la gouvernance. 

Cependant, le pays continue de faire face à des défis importants, à commencer par les tensions avec la Russie et des divisions internes. Les menaces persistantes que fait peser la Russie sur le pays, surtout depuis déclenchement de la Guerre en Ukraine, en février 2022, a conduit la Moldavie a officialiser en mars (comme l'a fait au même moment la Géorgie pour des raisons similaires) sa demande d'adhésion à l'Union Européenne.