L'organisation militaire des Almoravides avait été trop solidement développée pour que la conquête almohade ne rencontrât dans le Maroc des difficultés sérieuses. Les luttes seront souvent longues et meurtrières. Tlemcen ne succombe qu'après un siège de sept mois; de même Fès. Quant aux habitants de Ceuta et de Tanger, ils s'empressèrent d'adresser leur soumission à Abd-el-Moumen qui commençait devant Mequinez un siège qui devait durer sept ans. Maître du Maghreb, le souverain almohade eut, peu de temps après, une révolte étendue à dompter. Après avoir rétabli l'ordre à Sidjilmassa, il marcha contre Salé et Ceuta dont les habitants avaient massacré leurs gouverneurs. Après une grande expédition poussée jusqu'à Béjaïa (Algérie), Abd-el-Moumen divisa son empire en plusieurs grands commandements. Le sid Abou-el-Hasen fut nommé à Fès, le sid Abou-Hafs à Tlemcen, le sid Abou-Saïd à Ceuta, et le sid Abou-Mohammed à Bejaïa, chacun d'eux ayant un conseiller sûr pris parmi les fidèles Masmouda. Abou-Abdallah-Mohammed, son autre fils, fut désigné comme héritier présomptif, mais ces dispositions de dynastie héréditaire blessaient la famille du mahdi qui prétendait avoir des droits directs au trône; une révolte éclata alors au Maroc, mais les Almohades eurent le dessus. Leur puissance était à leur apogée; Abd-el-Moumen avait commencé la conquête de l'Ifrikia et venait de s'emparer de Tunis en pourvoyant de gouverneurs almohades les principales villes de cette contrée. Sur la fin de son règne, il passa encore en Espagne et battit Alphonse au Portugal sous les murs de Badajoz. Il mourut à Salé en 1163 après avoir pris le titre de commandeur des croyants. Il demeure une des plus grandes figures de l'histoire de l'Afrique du Nord. Parmi les créations qu'on lui attribue il convient de citer l'impôt foncier en remplacement de la kebala ou gabelle qui frappait les objets de consommation. El-Kairouâni a écrit qu'il fit arpenter tout le sol de l'Afrique, de Barka au Sous. Il adopta pour ses monnaies la forme carrée celles des Almoravides étaient rondes. Les pièces almohades portent la légende : 

« Allah est notre Dieu, Mohammed notre Prophète, et le mahdi notre Imâm. » 

De même que la vie du mahdi offre de multiples analogies avec celle d'Ibn-Yacin, l'inspirateur des Almoravides, il existe aussi une grande similitude entre le rôle historique d'Abd-el-Moumen et celui d'Ibn-Tachfin. Toutefois ce dernier ne fut qu'un barbare dont l'audace remplaçait le génie, tandis que le fondateur de la dynastie almohade révéla une profonde politique et une grande culture intellectuelle.

Son fils, Abou-Yakoub-Yousef, lui succéda et fut bien accueilli par le cheikh Abou-Hafs auquel Abd-el-Moumen avait donné le royaume de Tlemcen. Une grave rébellion éclata peu après chez les Ghomars; le calife lui-même dut se mettre à la tête des troupes pour en venir à bout. Afin de mieux surveiller le Rif, Abou-Yakoub créa un commandement à Ceuta qu'il confia à son frère, Abou-Ali-el-Hasen. Sa lutte contre le roi de Léon, Ferdinand, et aussi contre le roi du Portugal, retint durant cinq années le calife en Espagne. A son retour il trouva le Maghreb ravagé par une peste affreuse. Après une expédition dans l'lfrikia où des troubles avaient éclaté, Abou-Yousef repassa en Espagne où il mourut des suites de blessures qu'il reçut au siège de Santarem le 13 juillet 1184. 

La défaite de Santarem marque le commencement de la décadence almohade, bien que le règne d'El-Mansour ait encore de la gloire. Un des dix-huit fils d'Abou-Yakoub lui succéda; il s'appelait Abou-Yousef-Yakoub et on le surnomma plus tard El-Mansour ou le Victorieux. Avant de rentrer au Maroc, il vengea la mort de son père, et la grande révolte que suscita Ali-ben-Ghania, prince des Baléares, qui était d'une famille alliée aux Almoravides, le força à aller guerroyer dans l'lfrikia. Il reprit aux insurgés Bejaïa, Miliana et Alger, fit lever le siège de Constantine, tandis que le rebelle vaincu s'enfuyait à Tripoli. Plus tard, dans une seconde révolte, El-Mansour porta la lutte jusqu'à Tunis, et en 1187 les troupes almohades enlevèrent Gafsa. El-Mansour s'attacha ensuite à combattre les Arabes qui avaient participé à ce mouvement insurrectionnel et les fit transporter au Maghreb. Ainsi l'élément arabe était fixé au coeur de la population berbère, et son établissement allait y devenir un prétexte à troubles incessants et une cause d'affaiblissement pour l'empire almohade. Au moment où El-Mansour se mettait en marche contre une nouvelle révolte dans l'Ifrikia, il fut forcé de passer en Espagne afin d'y combattre le roi de Castille. Il y remporta la victoire à Alarcos, mais sans avoir pu s'emparer d'Alphonse VII, roi de Castille, et, après avoir vainement assiégé Tolède, il dut se borner à ravager Salamanque. 

El-Mansour mourut à Rabat le 13 janvier 1199. Son fils, Abou-Abdallah-Mohammed, lui succéda. On dit qu'avant de s'éteindre il se reprocha les trois fautes : d'avoir introduit les Arabes d'Ifrikia dans le Maghreb, d'avoir bâti la ville de Rabat pour laquelle il avait épuisé le trésor, et enfin d'avoir rendu la liberté aux prisonniers d'Alarcos qui devaient plus tard reprendre les armes. On doit à Mansour des édifices magnifiques et grandioses, parmi lesquels il convient de citer : la mosquée de la Koutoubia, à Marrakech, la tour dite de Hasan, à Rabat, et enfin le minaret de la grande mosquée de Séville devenue la giralda de la cathédrale. Le règne du nouveau calife, qui prit le nom d'En-Naser-Ii-din-Allah, devait être moins heureux que celui de son père. Il tourna d'abord ses soins vers l'Ifrikia où la révolte continuait de ravager le Sud, et il envoya simultanément une flotte arracher les Baléares des mains de la famille d'Ibn-Ghania qui y puisait les éléments pour alimenter la rébellion. Quand, En-Naser fut de retour au Maroc, la lutte reparut dans ces contrées lointaines. En 1211, il est appelé en Espagne par la rupture de la trêve qu'avait conclue Alphonse VIII, c'est alors que se livra la fameuse bataille de Las Navas de Tolosa, le samedi 14 juillet 1242, qui fut plus qu'une victoire pour les chrétiens, car elle marque en réalité la fin de la domination musulmane dans la Péninsule. Le flot des invasions africaines s'arrête et recule, et l'empire des Almohades est ruiné. 

Le calife rentre à Marrakech où, brisé par ce désastre, il meurt l'année suivante, le 22 décembre 1213. On proclama son fils sous le nom de Et-Mostanser b'llah (= qui attend le secours de Dieu). C'était un caractère faible et effacé, et son autorité débile fut impuissante à empêcher le mouvement qui se préparait. En effet, deux fractions des tribus Zenetes Ouaciniennes, venues des déserts de la province de Constantine à l'époque de l'arrivée des Arabes, s'étaient fixées dans les régions sahariennes de la province d'Oran. Les Abd-el-Ouad, alliés aux Arabes Zoghba qui s'avançaient dans la plaine du Chélif, s'étaient étendus jusque vers Tlemcen et dominaient les plateaux de cette région, tandis que les Beni-Merin quittant le désert avaient traversé la vallée de la Molouïa et s'étaient fixés du côté de Taza où ils avaient contracté alliance avec les débris des Miknasa et des Beni-Iman. On ne s'occupera ici que des Beni-Merin, l'histoire des Abd-el-Ouad n'intéressant guère que le Maghreb central, c'est-à-dire l'Algérie, malgré les luttes de cette famille avec la dynastie de Fès. Les Beni-Merin, qui avaient rendu de grands services aux Almohades, principalement durant les guerres d'Espagne, avaient été maintenus par cette dynastie dans la vallée de la Molouïa où on leur avait donné comme récompense les terres qu'ils avaient usurpées. Mais dans la suite l'affaiblissement des Almohades ne devait pas tarder à laisser aux Beni-Merin toute latitude pour assouvir leurs ambitions de conquête. En 1216, ils s'avancèrent ainsi jusque dans les environs de Fès, puis dans le Rif, dans le pays des Botouïa, où ils battirent complètement près de Nokour une expédition almohade envoyée de Marrakech contre eux. Ils enlevèrent ensuite Taza et, après une suite de combats où la fortune ne leur fut pas toujours favorable, ils établirent leur autorité dans toute cette contrée. C'était l'époque où les califes almohades, dont le prestige était perdu depuis la bataille de Las Navas, exerçaient une ombre de pouvoir au milieu de la débauche.

A El-Mostanser, mort à Marrakech en 1224 d'un coup de corne de taureau, succède un bon, mais faible vieillard, Abou-Mohammed-Abd-el-Ouahed, frère d'El-Mansour. L'histoire le désigne sous le nom d'El-Makhloua (= le Déposé), car son règne fut des plus courts. En même temps, un fils d'El-Mansour, nommé Abou-Mohammed-Abdallah, était proclamé en Andalousie, à Murcie, sous le titre d'El-Adel (= le Juste), et une sédition éclate à Marrakech; le vieux Makhloua est déposé, puis étranglé. Quant à El-Adel, venu au Maghreb, il est tué en 1227, après avoir assisté à la défaite de toutes ses troupes. Un fils d'En-Naser, Yahia, prend alors le titre de El-Moatasem l'Illah (= celui qui s'appuie sur Dieu) et monte sur le trône. Il avait seize ans, tandis qu'un frère d'Adel, surnommé El-Mamoun (= qui inspire la confiance), s'était en même temps fait proclamer calife en Espagne. Sa puissance franchit le détroit, car certaines tribus telles que les Khlot et les Sofian le reconnaissent. Leur première armée envoyée contre eux par Yahia est battue, et les partisans d'El-Mamoun ne tardent pas à augmenter. Après une suite de combats, Yahia doit abandonner la ville de Marrakech. L'anarchie est alors à son comble, certaines tribus comme les Sofian ne cessant de changer de bannière, jusqu'au moment où El-Mamoun, grâce à la valeur de la milice chrétienne, s'empare de Marrakech le 19 février 1230. Ce Mamoun était un sultan bien curieux, car, à peine entré dans cette ville, il monte en chaire et affiche des sentiments qui tendent à faire croire qu'il fut sur le point d'embrasser le christianisme. Marié à une chrétienne, il avait, pendant son long séjour en Andalousie, appris à estimer les infidèles. Mais ces déclarations et surtout des mesures de rigueur exagérées prises contre les principaux cheikhs almohades ne tardèrent pas à précipiter la chute de l'empire. Après une grande révolte en Ifrikia et la prise de Tlemcen qu'il confie ensuite aux Abd-el-Ouad, El-Mamoun meurt durant sa marche de Ceuta à Marrakech. La rébellion s'était généralisée au moment de sa fin (17 octobre 1232), car à Ceuta un de ses frères, Abou-Moussa, s'y était fait proclamer calife. Le fils d'El-Mamoun, Abd-el-Ouahed, lui succéda sous le nom d'Er-Rechid. Enfant de quatorze ans, il réussit à Marrakech, grâce à l'habileté de sa mère Lella-Habbab, captive chrétienne, femme d'une haute intelligence, qui s assure du concours de trois principaux chefs de l'armée, Kanoun-ben-Djermoun des Arabes Sofian, Omar-ben-Aoukarit des Heskoura, et Francil, chef de la milice chrétienne, et le nouveau sultan se hâte d'accorder une amnistie générale en rétablissant certains usages religieux dont la suppression décrétée par son père avait causé en partie la révolte. 

Mais, malgré ces adroites mesures, nous entrons dans la dernière période de l'empire des Almohades, et la rébellion ne tarde pas à reprendre. Er-Rechid va jusque Sidjilmassa y combattre les troupes de Yahia qui tenait toujours la campagne, ,jusqu'au moment où il est mis à mort aux environs de Taza; sa tête envoyée à Er-Rechid est exposée sur les murs de Marrakech. La grande tribu des Khlot qui en avait profité pour se ranger derrière un agitateur andalou, Ibn-Houd, est chassée vers le Nord du Maroc où l'on voit encore de ses fractions de nos jours. Er-Rechid marcha ensuite sur Fès qu'il arracha à l'anarchie, tandis qu'une flotte envoyée par la république de Gênes au secours des troupes d'Er-Rechid sauva la ville de Salé au moment où elle allait tomber entre les mains de cet Ibn-Houd. Au milieu de cette extraordinaire confusion, Ceuta se révolte, tandis que Séville envoie une députation venant offrir sa soumission au calife. La discorde se met alors dans le camp des Andalous, et Omar, un des leurs, qui avait levé l'étendard de la révolte au Maghreb, est amené à Marrakech où il est exécuté en même temps que les principaux chefs des Khlot. Mais ces succès sont trop tardifs; rien ne peut plus arrêter le développement de la puissance mérinide. Le gouverneur de Mequinez, envoyé contre eux, est défait dans une série de combats, et le chef des Beni-Merin, Othman, dit le Borgne, fils d'Abd-el-Hakk, soumet à son autorité les Hoouara, les Chaouïa, les Fichtala, les Mediouna, progressant ainsi jusque dans le centre du Maghreb, tandis que Fès, Taza, Mequinez, Ksar-Ketama (renommé par la suite Alkasarel-Kebir), lui payent tribu, mais il est assassiné en plein triomphe par un esclave d'origine chrétienne. Son frère Mohammed s'applique à continuer son oeuvre. Quant à Er-Rechid, il meurt à Marrakech en 1243, après un règne de dix ans.

Son frère, Abou-el-Hasen-Ali-es-Saïd, est proclamé calife sous le nom de El-Motaded l'Illah (= favorisé de Dieu), mais l'histoire ne le connaît que sous celui d'Es-Saïd. Prince énergique, il entreprit de combattre l'invasion mérinide, et, s'étant d'abord attaché les Arabes Sofian, il se rendit maître de l'oasis de Sidjilmassa, en châtiait la population et envoyait à la mort l'auteur de la rébellion qui y avait éclaté. Il réunit ensuite à Marrakech une armée de 20 000 combattants et atteignit les Beni-Merin entre Fès et Taza où il leur infligea une sanglante défaite à l'oued Yabach, en 1244, grâce à la valeur de la milice chrétienne; mais les révoltes se multiplient; la défection du chef des Sofian, qui s'allie aux Beni-Merin, provoque la chute de la ville d'Azemmour qu'Es-Saïd ne reprend qu'à grand-peine; il continua son oeuvre de résistance contre les Beni-Marin et remporte d'abord quelques succès, jusqu'au moment où il est tué dans les environs d'Oudjda, au siège de la citadelle de Tamezazdekt (mai-juin 1248). C'est alors la défaite; le camp des Almohades tombe au pouvoir des Abd-el-Ouad qui étaient accourus au secours des Beni-Merin. Ils s'emparent de la suite du calife, ainsi que de ce fameux Coran d'Othman que les Almohades avaient conservé et qu'ils emportaient, ainsi qu'un palladium, dans toutes leurs guerres. Yaghmorasen, le premier Abd-el-Ouad, fit enterrer Es-Saïd dans le cimetière d'El-Abbad (actuellement Sidi-bou-Madina, près de Tlemcen). L'armée des Almohades s'étant débandée s'enfuit vers la ville de Marrakech, et chemin faisant élut comme calife le jeune Abdallah, fils d'Es-Saïd, mais au passage de la Molouïa, à Guarcif, la milice chrétienne et le corps des archers Ghozz passent au service des Beni-Marin; ce fut là la un coup grave porté à la dynastie. Après la mort d'Es-Saïd et de son fils, les Mérinides s'établirent, à Fès définitivement en août 1248. Les chefs almohades, ruinés à Marrakech, élisent comme sultan un neveu d'El-Mansour, Abou-lbrahim-Ishak, qui était alors à Salé; on le proclame sous le nom d'El-Morteda (= l'Agréé); il renouvelle l'alliance avec les tribus arabes demeurées le seul soutien de cet empire qui s'effondre. La puissance des Beni-Mérin, au contraire, s'établit de plus en plus solidement; la pays jusqu'à l'Oum-Errabia reconnaît leur suzeraineté et la nom d'Abou-Yahia, leur chef. 

Cependant, à la mort du hafside Abou-Zekaria, Tanger et Ceuta se soumettent aux Almohades et payent tribut à El-Morteda; sur ces entrefaites, la lutte sa déclare entre les Mérinides et les Abd-el-Ouad qui règnent à Tlemcen, et cette rivalité va continuer pendant toute la durée de la nouvelle dynastie. Les habitants de Fès s'étant révoltés appellent à leur aide les Almohades, et El-Morteda, dans son impuissance d'entrer en campagne, invite les Abd-el-Ouadi à Tlemcen à marcher avec lui sur la ville, pour triompher de l'ennemi commun; mais Abou-Yahia se porta à la rencontre des Abd-el-Ouadi, qui sont entièrement défaits sur l'oued Isly en 1250. Au retour la répression fut terrible à Fès; la malheureuse ville fut écrasée par une lourde imposition de guerre; ses remparts furent couronnés de têtes de rebelles, tandis que l'émir des Mérinides y faisait son entrée. Toutefois, ce n'était pas encore le triomphe définitif, car, vers 1252, les Almohades parviennent à arracher Salé des mains des Beni-Merin, et El-Morteda, qu'enflamme ce succès passager, vient se faire battre aux environs de Fès, à Bahloula (1255). El-Morteda s'échappe et s'enfuit à Marrakech. Les Béni-Mérin s'avancent vers le Sud, conquièrent Sidjilmassa, ainsi que la Draa, tandis que les dernières troupes dont El-Morteda disposait encore sont successivement anéanties dans une révolte qui éclate dans le Sous.

Après la mort de l'émir Abou-Yahia, son frère, Abou-Youséf-Yakoub, à la suite de quelques difficultés avec son neveu, s'empara du pouvoir en 1259. L'autorité mérinide s'étendait alors de la Molouïa à l'oued Oum-Errabia et de l'oasis de Sidjilmassa au ksar des Katama (Alkasar el-Kébir). Les princes de cette famille tenaient à Fès une cour brillante dont l'éclat valait celui des palais de Tlemcen et de Marrakech; les réfugiés andalous y avaient apporté le luxe et la culture de leur civilisation. La puissance d'Abou-Yousef-Yakoub s'accroissait sans cesse, malgré une seconde tentative les Abd-el-Ouad de Tlemcen qui sont à nouveau battus près de Taza, en dépit d'une révolte qui éclate à Salé et au cours de laquelle les Génois et les Pisans restant dans les villes y firent un grand carnage. En 1260, suivant Ibn-Khaldoun, 1263, selon Marmol, le roi de Castille, Alphonse X, s'empare par surprise de la même ville, mais il est bientôt contraint de s'embarquer. Ce sont là les premières incursions des chrétiens; nous les verrons se renouveler fréquemment dans la suite. En 1216-62, les Beni-Merin ayant rassemblé une forte armée résolurent d'en finir avec la ville de Marrakech, mais l'opération mal combinée échoua à la bataille du Gualiz sous les murs de la ville. El-Morteda s'engagea néanmoins à payer tribut. Dans leur marché de retour, les Beni-Merin ayant rencontré une armée almohade qui venait au secours de la villa la défirent complètement à la bataille des Oum-ar-Radjlaïn. 

Sur ces entrefaites, un transfuge des Almohades nommé Abou-Debbous proposa une alliance aux Mérinides; il entre en vainqueur à Marrakech en 1266. El-Morteda put s'enfuir à Azemmour; il est ramené et mis à mort après un règne de dix-neuf ans. Abou-Debhous, fort grisé de sa victoire, se fait proclamer calife et veut pour son compte relever l'empire almohade, et, après avoir anéanti la révolta qui durait toujours dans le Sous et s'être emparé de Taroudant (1267), poussa l'audace jusqu'à répudier tout lien avec les Beni-Merin. Il y est aidé par une campagne que les Abd-el-Ouad de Tlemcen recommencent contre les Mérinides, mais Abou-Yousaf-Yakoub se lance contre la dynastie de Tlemcen; il atteint Yaghmorasen dans la plaine de Tafrata et lui inflige une sanglante défaite, où le fils du chef des Abd-el-Ouad est tué et son camp enlevé. Revenant ensuite à marches forcées vers l'Ouest, il tire une éclatante vengeance du misérable Abou-Dabbous qui est tué au combat de l'oued Aghfou, entraînant dans sa chute le dernier lambeau qu'il détenait de la puissance almohade. Le 8 septembre 1269; l'émir des Mérinides fait son entrée dans Marrakech. Tous les adhérents de la dynastie d'Abd-el-Moumen évacuèrent la ville, se réfugiant dans la montagne à Tinmelel et y proclamant comme leur calife Ishak, frère d'El-Morteda. Ainsi le lieu qui avait été le berceau de la dynastie allait être son tombeau. Après un siècle, finirent les Almohades qui n'avaient brillé d'un vif éclat que sous leur fondateur Abd-el-Moumen. (H.-P. de la Martinière).

Chronologie des souverains almohades ou califes (khalifes) :

Abd-al-Moumen,1130; Abou-Yakoub-Yousef, 1163; Abou-Yousef-Yakoub-el-Mansour, 1184; En-Naser, 1199; Yousef-al-Mostansar, 1214; Abd-el-Ouahed-al-Makhloua, 1224; El-Adel, 1227; El-Mamoun, 1228 ; Er-Rechid, 1232; Es-Saïd, 1242; El-Morteda, 1248; Abou-Debbous, 1266; Ishak, 1269.