Après l'attentat de Châtel, « tous les prestres et escholiers du collége de Clermont et tous autres soy-disants de la compagnie de Jésus furent condamnés comme corrupteurs de la jeunesse, perturbateurs du repos public, ennemis du roy et de l'Estat, à sortir dans trois jours de Paris et dans quinze jours du royaume.» 

Ils rentrèrent en 1603, mais n'obtinrent la permission d'enseigner qu'en 1618. Sous Louis XIV, ils prirent le plus grand ascendant; leur collège fut agrandi et déclaré de fondation royale; enfin, le roi étant venu le visiter en 1682, ils lui donnèrent le nom de Louis-le-Grand. Alors ce collège, par le choix de ses professeurs et l'excellence de ses études, devint l'établissement d'instruction publique le plus renommé de la France : presque tous les jésuites célèbres en ont été successivement élèves et professeurs, tels que Rapin, Bouhours, Commire, Hardouin, Brumoy, Charlevoix, Berruyer, Tournemine, etc. Presque tous les hommes illustres du XVIII^e siècle en sont sortis : nous n'en citerons qu'un seul, Voltaire. 

Le lycée Louis-le-Grand, à Paris. © Photo : Serge Jodra, 2009.

Après la suppression de l'ordre des Jésuites, le collège Louis-le-Grand fut donné à l'Université, qui y établit ses archives, son tribunal, sa bibliothèque, y tint ses assemblées et y forma, au moyen de la suppression de tous les petits collèges voisins, Narbonne, Beauvais, Reims, etc., un collège général. Celui-ci eut un grand succès et réunit jusqu'à six cents élèves, parmi lesquels il faut nommer Camille Desmoulins et Robespierre. A l'époque de la Révolution, le collège Louis-le-Grand survécut seul à tous les établissements de l'ancienne université : il devint une institution particulière, mais protégée et subventionnée par le gouvernement, et il prit en 1793 le nom d'Institut de l'Égalité. 

La Convention le vit sans ombrage donner une même éducation aux enfants de presque tous les hommes célèbres de cette époque, girondins, montagnards, émigrés, Vendéens, enfants dont l'État payait les pensions et qui étaient au nombre de sept cent cinquante : on remarquait parmi eux les fils de Brissot, de Carrier, de d'Elbée, de Condorcet, de Dillon, de Louvet, etc. 

Sous le Directoire, l'Institut de l'Égalité reçut une subvention de 200,000 francs et le nom de Prytanée français; la loi du 11 floréal an X en fit le Lycée impérial; il reprit en 1814 son nom de Louis-le-Grand, et forme depuis cette époque l'un des grands lycées ou collèges de la capitale..