Les Cynodontes ont joué un rôle crucial dans l'évolution des Mammifères, représentant une transition importante entre les Reptiles synapsides plus primitifs et les Mammifères proprement dits. Ils ont développé plusieurs caractéristiques qui sont devenues des traits distinctifs des mammifères, tels que l'articulation de la mâchoire inférieure près de l'oreille et la denture différenciée, avec des dents de plus en plus spécialisées pour différentes fonctions, telles que la mastication des aliments végétaux ou la prédation.

Les Cynodontes présentaient une structure crânienne plus complexe que les Reptiles  plus primitifs. Leurs crânes étaient mieux ossifiés et présentaient des articulations des mâchoires plus efficaces, permettant des mouvements de mastication plus précis. Certains Cynodontes étaient capables de réguler leur température corporelle de manière plus efficace que les reptiles plus primitifs, ce qui indique une adaptation croissante à des environnements variés et changeants.

Les Cynodontes  ont survécu à plusieurs événements d'extinction majeurs et ont finalement donné naissance à une lignée diversifiée de Mammifères au cours du Trias et du Jurassique.

On subdivise les Cynodontes en divers groupes, parmi lesquels 

ʉۢ Th̩riodontes. - Ce sont les cCnodontes les plus d̩riv̩s et diversifi̩s, qui incluent les anc̻tres directs des Mammif̬res. Les th̩riodontes comprennent deux sous-groupes principaux :

 + Cynognathia. - Ce groupe comprend des formes carnivores et herbivores, caractérisées par leurs mandibules robustes et leurs dents spécialisées. Les Cynognathes présentaient une gamme de tailles, allant de petites espèces aux formes plus grandes et plus robustes. Leurs crânes présentaient une articulation de la mâchoire inférieure plus proche de celle des Mammifères que des Reptiles. Leurs fossiles ont été découverts en Afrique, en Amérique du Sud et dans d'autres parties du Gondwana. Espèce : Cynognathus.

 + Mammaliamorpha. - Ils se distinguent par plusieurs caractéristiques anatomiques qui les rapprochent des mammifères modernes. Ils sont apparus au cours du Trias supérieur et ont prospéré jusqu'au début du Crétacé.  Ils possèdent une articulation de la mâchoire plus proche de celle des Mammifères, avec une articulation entre l'os dentaire et le crâne qui permet un mouvement vertical de la mâchoire inférieure. Leur denture est plus différenciée, avec des dents spécialisées pour différentes fonctions alimentaires. Ils présentent des modifications au niveau du crâne et de l'oreille interne qui sont des précurseurs des caractéristiques des Mammifères, comme un cerveau relativement plus gros et des os de l'oreille moyenne plus développés. Les Mammaliamorpha se sont diversifiés au cours du Jurassique et du Crétacé inférieur. Parmi eux, on trouve les Morganucodonta, les Docodontes et les Triconodontes, qui montrent des caractéristiques anatomiques de transition entre les Cynodontes et les Mammifères.

• Eucynodontes non-thériodontes. - Ce sont des Cynodontes qui ne sont pas inclus dans le groupe des Thériodontes. Ils sont généralement moins dérivés et montrent des caractéristiques plus primitives. Parmi eux, on trouve :

+ Procynosuchidae. -  Un groupe de Cynodontes primitifs du Trias inférieur, souvent considérés comme des ancêtres des Thériodontes. Expèce : Procynosuchus.

+ Tritylodontidae. - Un groupe de Cynodontes herbivores du Trias et du Jurassique, qui montrent des caractéristiques dentaires spécialisées. Espèces : Oligokyphus, Tritylodon.

 + Galesauridae. - Un groupe de cynodontes primitifs du Trias, parfois considérés comme des ancêtres des Mammifères. Espèce : Thrinaxodon.