Un de ses ouvrages, Telluris theoria sacra (Londres, 1680), est un essai d'une explication géologique de la condition du globe terrestre. L'auteur en fit publier une traduction (1684-1689) dont le mérite littéraire est très réel. Cet ouvrage, sans valeur scientifique, a survécu, grâce au souffle poétique dont il est animé et aux puissantes descriptions des cataclysmes de la nature qu'il renferme. 

D'après la théorie de Burnet, la Terre était à l'origine un mélange informe de liquides et de solides, un chaos composé de matières de toutes espèces et de toutes sortes de formes; peu à peu ces matières se groupèrent pour former un noyau solide, compact; les eaux se rassemblèrent autour de ce noyau et l'enveloppèrent de toute part; les liquides plus légers que l'eau entourèrent cette première enveloppe, et furent à leur tour enveloppés da l'air qui entourait toute la circonférence du globe. C'est ainsi que, entre l'orbe de l'air et celui de l'eau, il se forma un orbe d'huile ou de matières grasses plus légères que l'eau. 

L'air était encore fort impur et chargé d'une très grande quantité de particules terrestres; ce particules, se déposant peu à peu sur la couche grasse et huileuse, formèrent par leur mélange la première terre habitable et le premier séjour de l'homme. Ce terrain, gras et léger, devait éminemment favoriser le développement des premiers germes de vie. A cette période primordiale, que l'auteur suppose avoir duré seize siècles, la surface du globe terrestre était parfaitement unie, sans montagnes, sans mers, sans anfractuosités. 

Mais la chaleur du Soleil désséchant peu à peu cette croûte limoneuse, ne la fit d'abord que fendiller; bientôt ces fendilles s'élargirent, les crevasses se multiplièrent et pénétrèrent jusqu'à l'orbe du liquide plus pesant. En un instant la terre s'écroula, tomba par morceaux dans l'abîme d'eau qui était au-dessous, et voilà comment se fit le délude universel. Ces masses de terre, tombant dans l'abîme, formèrent les inégalités de toutes espèces, les îles, les continents qu'on observe à la surface actuelle du globe.

Cette théorie fut réfutée par Keill, dans un opuscule intitulé : Examination of the theory of Earth (Lond., 1734, 2^e édit.). Quelques années plus tard, Burnet fit paraître Archaeologiae philosophicae sive doctrina antiqua de rerum originibus (Londres, 1692). Ce traité donne du récit de la Genèse sur la chute de l'humain une interprétation allégorique. Il en parut une traduction anglaise la même année. Les autres ouvrages de Burnet ne furent publiés qu'après sa mort. Ce sont : De Fide et officiis christianorum (1723); De Statu mortuorum et resurgentium (1723); De futurae Judaeorum restauration. (Hoefer / G. Q.).