Il arrive, comme ce fut peut-être le cas pour l'Inde, que le polythéisme populaire prenne son point de départ dans un panthéisme. Mais, plus souvent, c'est la panthéisme philosophique qui se présente comme un justification des croyances populaires. Les stoïciens ont vu dans celles-ci le symbole de leur hylozoïsme. Mais les néoplatoniciens, allant beaucoup plus loin, par prendre la défense du polythéisme contre les progrès du christianisme. En général, la réflexion philosophique a fait tendre le polythéisme de lui-même vers le monothéisme. On commence par subordonner les dieux les uns aux autres, comme on hiérarchise les concepts. A la tête de la hiérarchie divine est le père des humains et des dieux; et ce dieu supérieur prend peu à peu une telle importance qu'il finit par être considéré comme le dieu unique : ainsi le Zeus grec dans beaucoup de philosophes de l'Antiquité.