Les habitants primitifs de l'Estonie actuelle, les Ehstes ou Estes, une population de langue finno-ougrienne, eurent à subir la domination du Danemark à partir de la fin du XI^e siècle; ils furent alors convertis de force par les Danois, qui fondèrent un évêché à Reval. Le pays fut bientôt disputé entre le Danemark et les Chevaliers teutoniques et Porte-Glaives. Ces derniers eurent un temps le dessus, mais, ils durent rendre leur conquête au Danemark en 1219.  En 1346, Waldemar III , cependant, vendit le pays aux chevaliers teutoniques qui l'incorporèrent à la Livonie et réduisirent les habitants en servitude. En 1564, l'Estonie passa au pouvoir de la Suède, mais continua d'être entre les mains de l'aristocratie installée par les Teutoniques, et que l'on a appelé les barons baltes. En 1721, elle fut cédée à la Russie de Pierre le Grand par le traité de Nystadt. Ses habitants avaient embrassé la Réforme dès ses origines. La Russie respecta la religion des habitants et supprima le servage en 1819. En 1835, elle introduisit le code russe et proclama la langue russe langue officielle à côté de l'allemand. Dans les dernières années du XIX^e siècle, elle s'est efforcée d'introduire le russe dans les divers ordres d'enseignement, d'émanciper les Estoniens de la prépondérance allemande et de propager la foi orthodoxe au détriment du Iuthéranisme.

L'Allemagne, qui avait convoité l'Estonie, comme les autres pays baltes, pendant toute la Première Guerre mondiale, l'occupa finalement en 1918, forte du soutien des barons baltes, restés la classe dirigeante. Pendant que les troupes allemandes et russes d'affrontaient, l'indépendance de l'Estonie fut proclamée le 24 février 1918. Après la capitulation allemande, l'armée estonienne, aidée par l'armée finlandaise et la marine britannique, acheva de chasser l'Armée rouge et un traité de paix fut signé à Tartu (l'ancienne Dorpat), le 2 février 1920. Une gouvernement, en principe démocratique fut instauré. Il réussit à imposer une réforme agraire qui permit la redistribution des terres accaparées par les barons baltes, mais ne put jamais fonctionner convenablement. En 1934, un coup d'État, sans effusion de sang, fut organisé par le premier ministre Constantin Pats, qui mit en place un régime plus autoritaire, avant de se faire nommer président (1938). Cette première indépendance prit fin en juin 1940, quand l'URSS envahit l'Estonie. Le 6 août 1940, l'incorporation à l'empire soviétique fut effective. En 1941, lors de l'offensive des troupes hitlériennes contre la Russie, l'Estonie fut de nouveau occupée par l'armée allemande. Elle fut ensuite reprise par l'Union soviétique en 1944, et lui resta annexée, en temps que république socialiste soviétique d'Estonie. Une annexion, qui comme celle des deux autres pays baltes, ne fut jamais reconnue par la communauté internationale.

La politique d'ouverture (glasnost) mené par le numéro un soviétique, Mikhaïl Gorbatchev à partir de 1985, réveilla au sein même des soviets d'Estonie, des revendications autonomistes, puis indépendantistes, prenant le relais des manifestations de rues réclamant la démocratie. Moscou protesta d'abord contre l'indépendance, puis la reconnut en août 1991, en même temps que celle de la Lituanie et de la Lettonie. Les troupes russes sont restées stationnées en Estonie jusqu'en 1994, mais d'ores et déjà des institutions démocratiques fonctionnaient dans le pays, qui s'est bientôt rapproché de l'Otan et de l'Union européenne. L'adhésion à l'Alliance atlantique a eu lieu en mars 2004, celle à l'Union européenne en mai 2004, en même temps que neuf autres pays, appartenant anciennement au bloc soviétique. Le pays est entré dans l'OCDE fin 2010 et a adopté l'euro comme monnaie le 1^er janvier 2011.

Parallèlement, l'Estonie a été confrontée à des relations complexes avec la Russie : une affaire d'espionnage a éclaté en 2000 qui a conduit à l'expulsion de diplomates des deux pays; des discussions sur le tracé définitif des la frontière entre la Russie et l'Estonie a abouti à un traité en 2005, mais qui a été aussitôt dénoncé par les deux signataires. Des remous, qui constituent un arrière-plan du statut des minorités slavophones en Estonie. A l'époque soviétique, des déportations en Sibérie de nombreux estoniens avaient eu lieu, tandis qu'il existait une forte immigration de Russes, d'Ukrainiens et de Biélorusses, qui au moment de l'indépendance de l'Estonie constituaient près de 40 % de la population du pays. Ceux-ci se voient refuser la nationalité estonienne, et, depuis décembre 2001, une loi interdit l'accès à la fonction publique de ressortissants ne parlant pas l'estonien.