Située en pleine zone équatoriale, Zanzibar a un climat chaud et humide : elle est exposée tour à tour aux moussons du Sud-Ouest et du Nord-Est. Au point de vue pluviométrique, l'année est partagée à Zanzibar en deux saisons d'inégale durée : le début des pluies correspond au passage du soleil au zénith, le 4 mars et le 9 octobre; les pluies sont particulièrement abondantes en mars, avril et mai, avec maximum en avril; le minimum est en septembre. Il n'y a pas de mois sans pluie. La hauteur moyenne annuelle des pluies varie, suivant différentes évaluations, de 1168 mm à 3000 mm. La moyenne de la température annuelle est de 26,8 °C; mars est le mois le plus chaud juillet, le mois le plus frais (25,1 °C), et les extrêmes absolus sont 32,6 °C et 20,4 °C.

La végétation est très luxuriante (palétuviers, cocotiers); mais la fertilité est assez inégale. Les parties les plus productives de l'île sont celles qui se trouvent abritées des vents du Sud-Ouest; dans la partie Nord-Ouest, le sol, coralligène et poreux, laisse échapper l'excès des eaux, tout en conservant suffisamment d'humidité pour entretenir la fertilité. La zone des cultures est donc située dans la partie occidentale de l'île : elle est constituée par une série de dépressions cultivées, intercalées entre des lignes de collines orientées le plus souvent du Nord au Sud. La partie la moins favorisée comprend toute la zone entière orientale et presque tout le Sud de l'île. C'est une région corallienne qui présente beaucoup d'analogie avec le Karst, le sol y est formé de rochers déchiquetés et aigus, dont les anfractuosités sont remplies d'une terre rouageâtre, et qui sont recouverts de broussailles et d'herbes. 

Les principales cultures sont celles du cocotier et du giroflier; les plantations de girofliers dessinent d'immenses quinconces où certains spécimens atteignent jusqu'à 6 m de hauteur. Parmi les autres arbres fruitiers : les bananiers, manguiers, goyaviers, mangoustaniers, orangers, citronniers, etc.; on cultive encore à Zanzibar le riz qui est la base de l'alimentation pour la population, le maïs, le caféier, la canne à sucre, les haricots, les pois, le sésame, etc. L'élevage est peu développé.