1° par de nombreuses populations pampéennes dont les plus connues aujourd'hui sont les Moxos dans le bassin du Mamoré et les Chiquitos au Sud-Est; 

2° par des peuples de langues guaranies, les Guarayos, les Chiriguanos; les fréquentes migrations de ces nomades ne permettent pas de dire avec exactitude le nom, le nombre des tribus et la contrée où elles vivaient.

Le Haut-Pérou suivit la fortune de l'empire des Incas; il fit partie, sous la domination espagnole, de la vice-royauté du Pérou. Dès l'an 1539, Pedro Anzurez, lieutenant de Pizarro, après avoir réduit par force les Charcas, établit dans l'ancienne ville indienne de Chuquisaca une colonie espagnole sous le nom de Ciudad de la Plata; mais l'ancien nom prévalut et même celui de Charcas fut donné à la province. En 1545, la découverte d'une riche mine d'argent par un esclave, conducteur de lamas, amena la fondation par Juan Villaroel et Diego Centeno de la Villa impériale que les indiens condamnés à exploiter cette mine désignèrent sous le nom de Potosi (prononcer pototchi), « la montagne ». Trois ans après la défaite de Gonzalès Pizarro et la fin de la guerre civile, la ville de Nuestra Señora de la Paz « Notre-Dame de la paix » fut fondée par ordre du gouverneur général Pedro de la Gasca, en mémoire de la pacification du Pérou, sur l'emplacement de la ville indienne de Chuquiyapu, «-le champ de grains d'or-». Furent fondées ensuite Santa Cruz de la Sierra (1557) qui, détruite par les Indiens, fut rétablie plus au Nord-Ouest (1596); Ciudad de Oropesa (1572) qui ne tarda pas à prendre le nom indien de la rivière Cochabamba, Tarija (1591), poste avancé contre les Indiens du Tucuman. Au milieu du XVII^e siècle, les jésuites pénétrèrent dans les plaines orientales et fondèrent des missions chez les Chiquitos et les Moxos qui, jusqu'à leur expulsion, en 1767, prospérèrent : Trinidad de Mojos fondé en 1687, San Javier en 1691, Exaltacion de la Cruz en 1696, San Juan (qui a été plusieurs fois déplacé) en 1699, Santa Ana en 1705, etc. 

En 1559, une audience royale ou tribunal supérieur avait été institué à Charcas; jusqu'en 1765 elle a étendu sa juridiction non seulement sur le Haut-Pérou, mais sur toute la Plata. Aussi les Espagnols désignaient-ils ordinairement le Haut-Pérou sous le nom d'audience de Charcas. Cette audience, divisée en intendances de La Paz, de Chuquisaca, de Cochabamba, de Santa Cruz, fut détachée du Pérou en 1796 pour faire partie de la vice-royauté de la Plata.
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C'est à Chuquisaca que commencèrent les mouvements insurrectionnels du Pérou. L'audience ayant rendu le gouverneur suspect au peuple, une émeute éclata (25 mai 1809), et le gouvernent, fut arrêté. Mais le général Goyoneche rentra dans la ville (14 décembre 1809). Il eut à lutter contre l'invasion des Argentins conduits par Balcarce (batailles de Cotagaïta, de Suipacha, 1810, de Huaqui, 1811), et il fut, en 1813, vaincu par une autre armée argentine commandée par Belgrano; mais Belgrano fut à son tour rejeté dans le Tucuman par le général Pizuela (batailles de Vilcapujio et d'Ayohuma, 1813). Le Haut-Pérou demeura soumis au gouverneur espagnol du Pérou, Olañeta, jusqu'après la bataille d'Ayacucho (décembre 1824). Olañeta ayant pu s'entendre avec Bolivar, fut vaincu par son lieutenant, le général Sucre, et blessé mortellement à Tumurla (1^er avril 1825). Un congrès, qui s'était réuni à Chuquisaca, proclama l'indépendance du nouvel Etat (6 août 1825), qui comprit l'ancien Haut-Pérou et le désert d'Atacama et auquel le congrès donna, par reconnaissance pour Bolivar, le nom de Bolivie (11 août 1825). 

Simon Bolivar fut proclamé président et donna au pays une constitution (25 août 1825) d'après laquelle la présidence était à vie. Sucre gouverna en son nom; mais, n'ayant pu établir la concorde dans une population indisciplinée, il se retira en 1828. Cependant, sous l'administration du général Santa Cruz (1828-1839), la Bolivie eut quelques années de prospérité relative. Mais Santa Cruz, ayant eu l'ambition de former une confédération de la Bolivie avec le Pérou qui aurait été divisé en deux États pour assurer la prépondérance des Boliviens, s'attira une guerre avec le Chili et dut s'enfuir après la défaite de Yungay (1839). 

A partir de cette époque et pendant plusieurs décennies, l'anarchie n'a pour ainsi dire pas discontinué et l'histoire de la Bolivie n'a été malheureusement pour une population qu'une suite de révolutions stériles; la constitution, remaniée en 1828, en 1831, en 1863, en 1880, est à peu près restée lettre morte, la plupart des présidents ayant été élevés au pouvoir par des coups d'Etat. La guerre civile de 1867 à 1870 a été particulièrement violente. Lorsque l'exploitation de l'argent et du salpêtre eut attiré des colons dans le désert d'Atacama, la Bolivie conclut avec le Chili un traité de limites (1866) dont elle n'exécuta pas les clauses financières; puis, elle confisqua à son profit les salpêtrières. La guerre fut déclarée. 

Les Chiliens s'emparèrent du port d'Antofagasta (février 1879) et écrasèrent les forces réunies de la Bolivie et du Pérou. Après l'occupation de Lima par l'armée chilienne, la Bolivie parut un moment se résigner à traiter en cédant au Chili tout le littoral maritime (1882); cependant elle n'a signé, le 4 avril 1884 (ratifiée le 20 novembre), qu'une convention d'armistice par laquelle elle a consenti à l'occupation provisoire de la province d'Atacama : depuis 1880, elle ne possede plus effectivement de territoire riverain de l'océan Pacifique. 

L'année 1903 a  tranché le différend qui, à propos de leurs frontières respectives, avait surgi entre le Brésil et la Bolivie. L'accord dit 17 novembre 1903 a désigné comme limite des deux Etats le rio Aquiry ou Acre, affluent droit du rio Purus, dans son cours supérieur; pour dédommager la Bolivie de la perte des riches territoires forestiers et miniers qu'elle abandonnait au Brésil, il lui a attribué le triangle précédemment brésilien formé par le confluent, du Madeira avec son affluent l'Abuna. Du fait de cette convention, la Bolivie se trouve pourvue, d'un bout à l'autre de son territoire confinant au Brésil, d'une frontière définitive; mais il n'en est de même nulle part ailleurs; du côté du Pérou et du Chili, certaines limites sont encore à l'époque sujettes à contestation, et il n'est pas un point de la frontière méridionale, confinant à la république Argentine et au Paraguay, qui, au début du XX^e siècle, puisse être tenu pour définitivement déterminé.

La guerre avec le Paraguay (guerre du Chaco), entre 1932 et 1935, est un nouvel échec pour la Bolivie. Une longue période d'agitation intérieur s'ouvre alors qui se termine en 1952 avec une révolution conduite par Victor Paz Estenssoro et Hernân Siles Suazo et leur Mouvement nationaliste révolutionnaire (MNR). Des réformes sociales sont alors engagées : réforme agraire, nationalisation des mines d'étain, jusque là entre les mains de trois seules grandes familles.

Le régime est cependant affaibli par des dissensions internes au MNR et par des relations de plus en plus conflictuelles avec les syndicats miniers, notamment. Une série de coups d'Etat va alors donner lieu à une succession de dictatures militaires. En 1964, c'est celle du général René Barrientos; de 1971 à 1978, ce sera celle du général Hugo Banzer; puis, en 1980-1981, celle de Luis Garcia Meza, qui est aussi un trafiquant de drogue. 

Un régime civil démocratique a été établi en 1982, mais les dirigeants sont été confrontés à des problèmes difficiles de pauvreté profonde, de troubles sociaux et, de plus en plus, de production illégale de drogues. Après l'échec de la coalition de centre-gauche de H. Siles Zuazo, Paz Estenssoro revient au pouvoir entre 1985 et 1989. Entre 1993 et 1997, Gonzalo Sânchez de Lozada parvient à jugulier la monstrueuse inflation qui gangrène l'économie du pays. Mais la politique néo-libérale qu'a suivie le pays au cours des dernières années ne fait qu'agraver les inégalités sociales.

En 1997, le général Banzer revient au pouvoir par la voie des urnes. Par voie électorale encore, accèdent au pouvoir après lui : les présidents  Jorge Quiroga Ramírez (président en 2001- 2002), Gonzalo Sánchez de Lozada (2002-2003), Carlos Mesa (2003- 2005), Eduardo Rodríguez (2005-2006). Des mandatures toutes très courtes qui témoignent des instabilités du moment. En décembre 2005, les Boliviens élisent président, à une très large majorité, le leader du Mouvement vers le socialisme, Evo Morales, après qu'il se soit présenté sur la promesse de changer la classe politique traditionnelle du pays et d'autonomiser les pauvres, les indigènes du pays. En décembre 2009 et octobre 2014, le président Morales sera facilement réélu. 

Le parti d'Evo Morales a conservé le contrôle de la branche législative du gouvernement, ce qui lui a permis de poursuivre son processus de changement. En février 2016, Morales a perdu de peu un référendum sur un  un amendement constitutionnel qui lui aurait permis de concourir à l'élection présidentielle de 2019. En dépit de cela, après une décision de la Cour suprême en sa faveur (2017), Morales s'est de nouveau  présenté aux élections du 20 octobre 2019. 

Morales a tenté de revendiquer la victoire à ces élections, mais des allégations généralisées de fraude électorale, la montée de la violence et la pression de l'armée l'ont finalement forcé à fuir le pays. Un gouvernement intérimaire, dirigé par la présidente Jeanine Áñez Chavez, a préparé de nouvelles élections qui ont amené à la présidence, en novembre 2020, Luis Arce, ancien ministre de l'économie et des finances d'Evo Morales.