Le Pérou fut découvert en 1527 par Francisco Pizarro; c'était un riche et puissant empire indien du Tihuantin-Suyu (empire des quatre régions), avec deux capitales: Cuzco au centre et Cajamarca au Nord (populations Yunga sur la côte, Cañaris dans le Nord, Aymara dans le Sud et Quechua,  au centre et, par infiltration, sur la majeure partie du territoire); il était gouverné par des chefs ou rois appelés Incas, ce qui était à la fois un titre et le nom d'une population. Pizarro en prit possession, au nom de "S. M. Catholique", en 1534. En 1814, la ville de Cuzco se souleva, et les insurgés proclamèrent l'indépendance de leur pays, mais ce ne fut qu'après une lutte de dix années (1824), et grâce au concours du général argentin don J. de San Martin, de l'amiral Cochrane (1820) et des généraux vénézueliens Sucre et Bolivar, qu'ils s'emparèrent du vice-roi Lacerna et chassèrent les Espagnols. Le Callao ne tomba en leur pouvoir qu'en 1826.

Le Pérou précolombien.
Avant l'arrivée des Européens, le Pérou formait un vaste empire qui, suivant les traditions péruviennes, avait eu pour fondateur et pour législateur L'inca Manco-Capac, vers le commencement du XII^e siècle. Manco Capac fonda Cuzco et y établit sa capitale. Le pouvoir des souverains incas était absolu; ils étaient à la fois rois et souverains spirituels. Toutes les terres étaient la propriété de l'empereur, qui les répartissait entre les habitants suivant leurs besoins. Il existait une noblesse instruite et un clergé nombreux. Les professions étaient héréditaires, l'industrie et l'agriculture florissantes. Des tisserands fabriquaient de magnifiques étoffes de laine, qu'ils teignaient de couleurs vives et que d'autres ouvriers brodaient; des artisans travaillaient l'or, l'argent, le plomb, le cuivre avec tant d'art qu'ils en arrivaient à faire en métal des jardins factices; mais ils ne savaient pas fondre le minerai de fer; des potiers confectionnaient des vases de formes bizarres, souvent doubles, ornés de personnages en relief et de peintures. Les agriculteurs construisaient des murailles pour retenir la terre sur les pentes des montagnes et amenaient l'eau dans des aqueducs pour arroser leurs plantations.

Dans l'empire des Incas, le calendrier était connu, et les fonctionnaires communiquaient avec le souverain au moyen de quipus, cordelettes de différentes couleurs, munies de noeuds. Les morts étaient inhumés dans des monuments souterrains avec tout ce qui leur avait appartenu; les personnages étaient embaumés. Les Péruviens rendaient un culte au Soleil. Les Incas ou empereurs étaient considérés comme les fils du dieu solaire, qui avait pour épouse la Lune; mais, au-dessus de ces divinités, se plaçait Pachacamac, le créateur de toutes choses.

La conquête et la colonisation espagnoles.
Si grande que fût leur puissance, les Incas n'avaient pas conquis toutes les tribus des montagne. C'est après le règne de Huayna Capac, mort en 1525, que commence la décadence des Incas. Celui qui allait être le dernier empreur inca, Atahualpa, était engagé dans une guerre contre son frère Huescar, lorsque les Espagnols, qui avaient découvert le Pérou en 1526, en firent la conquête sous la conduite de Pizarro et d'Almagro. Atahualpa fut mis à mort, et les Espagnols demeurèrent en 1533 maîtres du pays, qui devint une vice-royauté espagnole. 

L'Espagne tira du pérou une énorme quantité d'or, d'argent et de métaux précieux. Le général argentin San Martin, qui avait renversé la domination espagnole au Chili, occupa Lima en 1821 et proclama l'indépendance du Pérou, qui fut consolidée en 1824 par les victoires de Bolivar à Junin, et de Sucre à Ayacucho. Mais ce pays, à peine libre et indépendant de sa métropole, devint le théâtre de dissensions intestines qui amenèrent, en 1825, sa scission en deux républiques séparées, celle du Haut-Pérou, qui prit le nom de Bolivie, et celle du Bas-Pérou, qui conserva le nom de république du Pérou. 

Le Pérou indépendant.
Le général Orbegoso, élu président de la république en 1833, appela à son secours contre une insurrection, en 1835, le général Santa Cruz, président de la Bolivie, qui défit les révoltés dans deux batailles et réunit le Pérou et la Bolivie en une confédération. Le Pérou forma, dans cette confédération, dont Santa Cruz fut élu protecteur, deux Etats séparés, l'Etat Nord Péruvien et l'Etat Sud-Péruvien. Attaquée par le Chili, la confédération perdit la bataille de Yungay en 1859. Santa Cruz vaincu fut précipité du pouvoir, et le Bas-Pérou redevint une seule république, qu'aucun lien n'attacha plus à la Bolivie.

Le pays prospéra de 1845 à 1851 sous la présidence du général Castilla, dont le successeur, le général Echenique (1851-1855), le laissa retomber dans l'anarchie. Une révolution et une victoire remportée à Palma, près de Lima, en 1855, renversèrent le gouvernement d'Echenique et replacèrent a la tête de la république le général Castilla qui, proclamé président de nouveau en 1858, promulgua une nouvelle constitution en 1860. Un différend s'étant élevé, en 1864, entre l'Espagne et le Pérou, à l'occasion de réclamations pécuniaires auxquelles le gouvernement péruvien refusait de faire droit, une escadre espagnole prit possession, à titre de gage, des îles qui fournissent le guano; mais le cabinet de Madrid se déclara prêt à rendre ce gage, dès qu'il aurait obtenu la satisfaction réclamée. Elle lui fut accordée par le vice-président Pezet (1863-1865) (28 janvier 1865). Alors, le colonel Prado s'insurgea, s'allia au Chili et infligea des pertes sérieuses à l'escadre espagnole qui bombardait le Callao (2 mai 1866). Le colonel Balta (1867-1872) favorisa les travaux publics et fut assassiné. Don Prado administra pacifiquement (1872-1876).

Le colonel Prado (1876-1579) soutient la Bolivie dans son conflit avec le Chili, au sujet des gisements de salpêtre d'Antofagasta. Le Chili déclare la guerre aux deux alliés (2 avril 1879), s'empare de l'escadre péruvienne, bat l'armée péruvienne à Dolorès. Prado s'enfuit. Pierola saisit la dictature (23 décembre 1879). Mais le Chili défait les alliés à Tacna (26 mai 1880), équipe un corps expéditionnaire qui, vainqueur à Chorillos (13 janvier 1881) et Miraflores (15 janvier), entre à Lima (17 janvier). Après une période d'anarchie, le général Iglesias réorganise le pouvoir, signe la paix (19 octobre 1883) et cède au Chili, par le traité d'Ancon (8 mars 1884), le département de Tarapaca et la possession provisoire de Tacna et Arica. Le général Cacérès s'insurge, obtient la présidence (1886-1890). Les Présidents Bermudez (1880-1894), Cacérès (1894-1895), renversé par Pierola (1895-1900), le président Romana (1900) maintiennent l'ordre et relèvent peu à peu le pays, ruiné par la guerre du Pacifique.

Aux termes du traité d'Ancon, qui avait mis fin à la guerre du Pérou avec le Chili, il avait été posé qu'un vote populaire devait décider, en 1894, auquel des deux pays ces deux provinces devaient finalement appartenir ; mais on n'avait pu se mettre d'accord, à l'époque prévue, sur le modus operandi, de sorte que le vote avait été différé. Le 16 avril 1898, une convention fut signée à Santiago, en vue de cette consultation populaire; mais la Chambre des représentants du Chili la repoussa deux ans plus tard. Le gouvernement péruvien estimait que ses nationaux devaient seuls voter, tandis que le Chili exigeait le vote de tous les habitants. Celui des deux pays à qui devaient échoir les deux provinces devait payer à l'autre 10 millions de soles (ou 1 million de livres sterling), que le Chili, par un arrangement avec la France, consentit à porter à 14 millions de soles, dans le but de donner satisfaction aux réclamations des créanciers du Pérou. De cette façon, si le plébiscite venait à favoriser le Chili, le Pérou ne perdrait pas seulement ses deux provinces, il serait privé de la compensation prévue par le traité d'Ancon; la suspension des relations diplomatiques entre les deux gouvernements fut la conséquence de ce différend.

Le Pérou a eu à la même époque d'autres difficultés de frontière : avec l'Equateur qui furent soumises à un arbitre; avec le Brésil, qui le furent au président de la république Argentine, un arrangement n'étant pas intervenu d'autre manière avant la date fixée du 12 juillet 1905. Il s'agissait ici d'immenses forêts.

Le président de la république, élu en juin 1904, fut José Pardo y Barreda. Après deux mandats, il doit abandonner le pouvoir à la suite de l'intervention de l'armée contre des gréviste. Augusto Leguia lui succède et instaure un gouvernement civil autoritaire. A sa chute, en 1930, s'ouvre une période d'instabilité sociale et politique,  pendant laquelle le pays vit sous le régime d'une dictature militaire, mais qui est aussi marquée par la consolidation de forces de gauche nées pendant la décennie précédente. La figure la plus marquante en est Victor Raul Haya de la Torre, fondateur en 1924, de l'Alliance populaire révolutionnaire américaine (APRA), qui veut donner au marxisme un visage proprement latino-américain, en y incluant la problématique indianiste (les Amérindiens du Pérou représente 60% de la population). Un parti marxiste orthodoxe, le Parti communiste péruvien de Parti communiste péruvien, s'était détaché de l'APRA,  dès 1928, sous la conduite de José Carlos Mariátegui.

Les élections qui se tiennent en 1945 voient la victoire de l'APRA, qui a alors renoncé à la radicalité que portait Haya de la Torre, et qui aussi déçoit. L'armée revient au pouvoir, sous la direction du général Odria. L'APRA et le Parti communiste sont interdits. En 1956, de nouvelles élections permettent le retour  d'un régime civil, présidé par un libéral, Prado Ugarteche. Lui succède, en 1963, Fernando Belaunde Terry, d'abord soutenu par l'armée, mais finalement ce réformatrices du centriste est renversé par celle-ci en 1968, qui place à la tête d'une nouvelle dictature militaire Juan Velasco Alvarado. En 1975, Velasco, dont la politique collectiviste (réformes agraires, nationalisations) mécontente l'oligarchie, est renversé par le général F. Morales Bermudez, auquel succède, en mai 1980, Fernando Belaûnde Terry, l'ancien leader du centre-droit, rentré d'exil en 1977.

Le Pérou, redevenu une démocratie, voit succéder à F. Belaunde, un représentant de l'APRA, Alan Garcia Perez, lqui préside le pays entre 1985 et 1990. Mais la présidence de Garcia Perez sombre dans des accusations de corruption et dans de graves problèmes économiques, tandis que des mouvements de guérilla (le  Mouvement révolutionnaire Tupac Amaru (MRTA), guévariste, et le Sentier lumineux, maoïste) prennent de l'ampleur et menacent la stabilité du pays.

L'élection du président Alberto Fujimori en 1990 inaugurera une décennie qui a vu redressement des chiffres macroéconomiques, lourdement payé du prix d'un accroissement des inégalités sociales, et des progrès significatifs dans la réduction des activités de guérilla. Néanmoins, le recours croissant du président à des mesures autoritaires et à l'armée, la fraude électorale et la persécution de l'opposition, ajoutés à une crise économique à la fin des années 1990, ont généré un mécontentement croissant à l'égard de son pouvoir, ce qui a conduit à la démission de Fujimori en septembre 2000. 

Un gouvernement intérimaire a supervisé une nouvelle élection au printemps 2001, qui a installé Alejandro Toledo Manrique en tant que nouveau chef du gouvernement - le premier président d'une ethnie autochtone démocratiquement élu au Pérou. L'élection présidentielle de 2006 a vu le retour d'Alan Garcia Perez qui, après un mandat présidentiel calamiteux de 1985 à 1990, a supervisé un rebond économique robuste. L'ancien officier de l'armée Ollanta Humala Tasso a été élu président en juin 2011 et a poursuivi les politiques économiques saines et axées sur le marché des trois administrations précédentes. 

Pedro Pablo Kuczynski Godard a remporté un scrutin présidentiel très serré en juin 2016. Menacé de destitution après que des preuves aient mis au jour son implication dans un scandale d'achat de voix, le président Kuczynski a présenté sa démission le 21 mars 2018. Deux jours plus tard, le premier vice-président Martin Alberto Vizcarra Cornejo a prêté serment en tant que président. Le 30 septembre 2019, le président Vizcarra a invoqué son autorité constitutionnelle pour dissoudre le Congrès péruvien après des mois de lutte avec l'organe au sujet des réformes anticorruption. De nouvelles élections au Congrès ont eu lieu le 26 janvier 2020, entraînant le retour d'une législature dirigée par l'opposition.

Le président Vizcarra a été destitué par le Congrès le 9 novembre 2020 pour la deuxième fois et démis de ses fonctions après avoir été accusé de corruption et de mauvaise gestion de la pandémie de covid-19. En raison des postes vacants aux postes de vice-président, la succession constitutionnelle a conduit le président du Congrès péruvien, Manuel Merino, à devenir le président du Pérou. Son accession au pouvoir a été mal accueillie par la population et de grandes manifestations ont forcé sa démission le 15 novembre 2020. Le 17 novembre, Francisco Sagasti a assumé le poste de président du Pérou le lendemain de sa nomination comme président du Congrès. José Pedro Castillo Terrones a remporté le second tour des élections présidentielles le 6 juin 2021 et a été inauguré le 28 juillet.