Salins-les-bains (Salinae) est une commune de la France (département du Jura), dans une vallée encaissée, entre les forts Belin et Saint-André, sur la Furieuse. Population : 3247 habitants (janvier 2010).

Salins se divisait au Moyen âge en deux bourgs : le Bourg-Dessus et le Bourg-Dessous. L'abbaye de Saint-Maurice en Valais a eu un droit de suzeraineté sur le Bourg-Dessus en vertu d'un acte de précaire par lequel Ménier, prévôt de ce monastère, transféra vers la moitié du X^e siècle la propriété de Bracon et de ses dépendances à Aubry, comte de Mâcon et sire de Salins, et à ses fils pour la durée de leurs vies. Soit que les sires de Salins aient abusé de la concession temporaire qui leur avait été faite, ou qu'un autre titre soit intervenu entre l'abbaye de Saint-Maurice et la maison de Salins, les sires de Salins restèrent possesseurs du Bourg-Dessus sous la suzeraineté de l'abbaye de Saint-Maurice jusqu'à l'extinction de leur famille. 

Le Bourg-Dessus s'appelait encore Bourg-le-Sire, et fut aussi désigné sous le nom de Bourg commun ou communal, lorsque Jean de Chalon eut laissé à ses enfants, en indivis, cette partie de Salins. En 1249, Jean de Chalon l'Antique, sire de Salins, accorda des franchises au Bourg-Dessous. L'origine du Bourg-Dessous, appelé aussi Bourg-le-Comte, est plus obscure. Les systèmes mis en avant pour en expliquer la possession par les comtes de Bourgogne, que l'on constate au XIe siècle, ne reposent que sur des hypothèses généalogiques, et, en particulier, sur la généalogie des fils d'Aubry, qui est assez mal connue. 

En 1249, Jean de Chalon l'Antique, sire de Salins, accorda des franchises au Bourg-Dessus. Le Bourg-Dessous eut plus tard les siennes qui lui furent données en 1318 par Philippe le Long, roi de France, et Jeanne, comtesse de Bourgogne, sa femme. En 1480, Louis XI prononça l'union des deux bourgs, confirmée en 1490 par Charles VIII, remise en question à la fin de la domination française, elle fut enfin accordée définitivement par Philippe le Beau en 1497. Dans chacun des deux bourgs de Salins se trouvait une saline : la Grande-Saunerie dans le Bourg-Dessus, le Puits-à-Moire dans le Bourg-Dessous. La propriété de la Grande-Saunerie, qui fut appelée aussi le Puits du Bourg-le-Sire, suivit le sort de celle du château de Bracon dont elle dépendait. 

Quant à la saline dite du Puits-à-Moire, appelée aussi Puits du Bourg-le-Comte, Puits du Bourg-Dessous, après avoir vraisemblablement appartenu directement aux seigneurs du bourg où il se trouvait, elle passa en d'autres mains et devint la propriété d'une quantité de personnes tant d'église que laïques, tant nobles que roturières, désignées sous le nom de rentiers du Puits-à-Muire. Au XVII^e siècle, les deux salines étaient devenues la propriété du roi. Les Etats de la province s'assemblèrent plusieurs fois à Salins au XV^e siècle. En 1480, ils demandèrent à Louis XI d'établir dans cette ville le Parlement de Franche-Comté; le roi décida qu'un seul Parlement siégerait alternativement dans les deux Bourgognes, à Dijon et à Salins. Il ne se tint que quelques années dans cette dernière ville et fut transféré à Dole. Le Bourg-Dessous de Salins fut l'un des sièges de la justice du bailli de Bourgogne établie à la fin du XII^e siècle par le comte Othon ler. 

Salins fut aussi l'un des sièges du bailliage d'Aval, lorsque Philippe le Bel eut divisé le comté en bailliages d'Amont et d'Aval. En 1696, un présidial y fut établi auquel fut incorporé le bailliage. Il y avait encore à Salins une maîtrise des eaux et forêts et une subdélégation. La ville possédait de nombreux établissements religieux : trois églises collégiales et paroissiales en même temps : Saint-Anatoile, fondée au XI^e siècle par Hugues de Salins, Saint-Maurice, et deux autres églises paroissiales, plusieurs chapelles, une commanderie du Temple, fondée au XII^e siècle, des couvents d'hommes et de femmes, une maison d'oratoriens et une de jésuites, plusieurs hôpitaux.

On signale à Salins en 1350 l'établi serrent d'un des premiers monts-de-piété. C'est à Salins que fut publié, vers 1480, le premier livre qui ait été imprimé en Franche-Comté : le bréviaire Bisontin, de Jean des Près. En 1668, Salins fut pris par le duc de Luxembourg, et en 1674 par le duc de La Feuillade.

Salins a été pendant quelques mois, en 1790, le chef-lieu d'un district qui fut ensuite transféré à Arbois. En 1815, la ville résista aux alliés; en 1825, elle fut presque complètement détruite par un incendie. En janvier 1871, les Français soutinrent pendant plusieurs jours un combat contre les Allemands, qui voulaient couper la retraite à l'armée de Bourbaki.

Salins a vu naître l'historien Girardot de Nozeroy, l'abbé d'Olivet, le général Cler, mort à Magenta, et auquel sa ville natale a érigé une statue, le jurisconsulte Valette, Victor Considérant, le sculpteur Max Claudet, etc.