Deux régions du Cachemire et du Jammu, disputées avec l'Inde et administrées par le Pakistan forment deux entités administratives supplémentaires : Azad-Cahemire (Azad Kashmir, autour de Muzaffarabad et de Mirpur) et les Zones Nord (Northern Areas, autour de Gilgit et de Sikardu).

Du point de vue de la géographie physique, on peut diviser le Pakistan en trois régions, les deux premières sont montagneuses, la troisième est une vaste plaine alluviale-: 

Le Nord, où le Karakoram élève ses plus hauts sommets, tels le K2 (8611 m et deuxième plus haut sommet de la Terre après l'Everest) et le  Nanga Parbat ( 8126 m). 

L'Ouest, avec les Monts Soleïman, qui bordent la frontière afghane et sont un prolongement méridional de l'Hindou-Koush, et, plus au Sud, le plateau du  Baloutchistan et son grand système de chaînes, qui souvre en éventail à partir de Quetta en direction de la Mer d'Oman et de l'Iran.

La vallée de l'Indus, adossée, au Nord à l'Himalaya, où le grand fleuve et ses principaux affluents, dont les Cinq fleuves ( le Jhelum, le Chenab, le Ravi, le Beas et le Sutlej), prennent leur source. Ces cinq grands affluents, se réunissent en un large courant appelé le Punjund  ou Pendjab (nom donné à toute la région)), avant de se jeter par ce seul canal dans l'Indus près de Mittem Rote, à 80 km au Nord-Est. L'Indus traverse ensuite la province du Sind (nom qui est aussi, en sanscrit, celui de l'Indus), arrose Sukkur et Hyderabad avant d'aborder la plaine basse et marécageuse où il a son embouchure. Le Sind est limité à l'Est par le désert de Thar, qui s'étend principalement en Inde.

Carte du Pakistan. Source : The World Factbook.

Alice Albinia, Les Empires de l'Indus : L'histoire d'un fleuve, Actes Sud, 2011. 274279476X Tour à tour victimes, durant les soixante dernières années, de la violence de dictateurs militaires, puis enragés ou trompés par la manipulation de la religion par l'Etat, les Pakistanais sont maintenant terrorisés par la "guerre au terrorisme" menée par l'Occident. Pourtant le Pakistan ne se résume pas à la somme de ses généraux et de ses jihadistes. La vallée de l'Indus a connu une fermentation politique, religieuse et littéraire ininterrompue, qui se compte en millénaires ; une histoire que les Pakistanais partagent avec les Indiens et les Tibétains. Ces chroniques, ces souvenirs et ces mythes enchevêtrés, constituent l'héritage des peuples qui vivent aujourd'hui dans la vallée de l'Indus. Ce livre raconte un périple, une remontée géographique et historique, de la bouche à la source, de la naissance du Pakistan à Karachi à celle du fleuve au Tibet, des millions d'années auparavant. Au cours de son histoire, l'Indus aura porté plus de noms que ses habitants n'auront supporté de dictateurs. Le fleuve a conféré une logique à mes explorations ; il est au coeur de ce livre parce qu'il pénètre la vie des peuples qui résident sur ses rives à la manière d'un charme. Des déserts du Sind aux montagnes du Tibet, l'Indus est révéré par des paysans et honoré par des poètes ; plus qu'aux prêtres ou aux politiciens, c'est à l'Indus que va leur vénération. (couv.).