Par la suite, la région a subi une succession d'autres invasions :  les Perses, les Grecs, les Scythes, les Arabes (qui ont introduit l'islam), les Afghans, et les Turcs et Turco-Mongols. Ces derniers sont à l'origine de l'Empire moghol prospéré sur tout le sous-continent indien au XVI^e et au XVII^e siècles. Enfin, les Britanniques ont progressivement imposé leur domination à partir du XVIII^e siècle.

Tout au long de cette histoire, se sont constitués une foule de royaumes et de principautés, souvent vassaux des empires voisins, parfois bénéficiant d'une réelle autonomie, et s'unssant ou se divisant selon les péripéties du temps. On peut les regroupe en quantre entités principales : le Cachemire et le Pendjab, partagés aujourd'hui avec l'Inde, le Baloutchistan, aujourd'hui partagé avec l'Iran et le Pakistan, et le Sind : 

Le Cachemire eut des princes indigènes jusqu'à la conquête musulmane en 1364; de cette époque à 1586, il forma encore un État indépendant sous des princes musulmans; il fut réuni à l'empire moghol en 1586; en 1747, il fut conquis par les Afghans, puis devint une province du Kaboul; les Sikhs s'en sont emparés en 1819.

Le Pendjab, placé sur la route des grandes invasions, a vu passer successivement les Perses de Darius, les Grecs d'Alexandre ou des rois de Bactriane, les Scythes ou Sakas, et dans les temps modernes Mahmoud de Ghazni (997-1030), Tamerlan (1398), Bâber (1526-1830), Nadir Shah (1739) et Ahmedd Shah le Dourani (1747-1761). Celui-ci, en se re tirant après avoir vaincu lés Marathes sur le vieux champ de bataille de panipat, laissait le champ libre aux Sikhs, et Ranjit Sign (1792-1839) établissait par la force et la ruse ce royaume de Pendjab que, dix ans après sa mort l'incapacité de ses successeurs fit passer en bloc aux mains des Anglais, après deux guerres, en 1849.

Le Baloutchistan, après avoir fait partie de l'empire de Perse, de l'Inde, puis enfin du royaume de Kaboul, se rendit indépendant en 1758, et forma un État fédéral divisé en une foule de khanats, gouverné par des chefs (Serdars), qui reconnaissaient la souveraineté de celui de Kélat. Ce lien de vassalité s'était fort relâché à partir de 1795. Le Baloutchistan étaient encore divisé au XIX^e siècle  en six parties, qui formaient une sorte de confédération, Saraouan, Djalaouan, Katch-Gandava, Lous, Makran et Kouhistan; on peut y joindre la désert de Baloutchistan, qui s'étend au Nord et au Nord-Est.  Les habitants, nommés Baloutchis, professent l'Islam et sont Sunites. Ils parlent une langue indo-européenne.

Le Sind eut jadis des princes particuliers. Les Arabes occupèrent le pays dès 712, mais au X^e s. il se rendit indépendant; depuis le XIX^e s., il passa successivement sous la domination des Afghans, des Mongols, du Kaboul (à la fin du XVIII^e siècle), puis se partagea en 4 principautés (Haïderabad, Mirpour, Khirpour, Bawalpour). A partir de 184, elles ont toutes été soumises aux Anglais par le général Napier. 

L'opposition du Pakistan et de l'Inde explique aussi les alliances régionales que ces deux Etats ont conclu à une certaine époque, le premier avec la Chine, le second avec l'URSS. De plus, en réponse à des essais d'armes nucléaires indiens, le Pakistan s'est doté à son tour de l'arme atomique et a effectué ses propres tests à partir de 1998. Aujourd'hui, le différend sur statut du Cachemire persiste, même si l'on a assisté à à une diminution des tensions depuis 2002. Une détente demeurée fragile, comme l'ont montré, en novembre 2008, les attentats de Bombay, qui ont de nouveau enflammé les relations entre le Pakistan et l'Inde.

L'histoire intérieure du Pakistan depuis son indépendance n'est pas moins agitée que celle de ses relations avec ses voisins. Il a fallu neuf ans de luttes politiques après l'indépendance pour que le pays, d'abord dominion du Commonwealth britannique, se dote d'une première constitution établissant un régime présidentiel. En 1958, un coup d'Etat dirigé par le général Ayyoub Khan l'a porté au pouvoir jusqu'en 1969. Yahya Khan lui a succédé entre 1969 et 1971. Au sortir de la guerre qui a eu lieu cette année-là, le pouvoir a été rendu aux civils, sous la conduite de Zulfikar Ali Bhutto. Mais en 1979, un second coup d'Etat a eu lieu, faisant du général Zia-ul-Haq, le troisième président militaire du pays. Le général Zia, qui sera tué dans un accident d'avion en 1988, est à l'origine de l'introduction de la loi islamique au Pakistan. Après sa mort, Benazir Bhutto, fille de Zulfikar Ali Bhutto accède à la tête du gouvernement. En 1999, un nouveau coup d'Etat porte au pouvoir le général Pervez Musharraf, qui, devant son impopularité grandissante, devra cependant se résigner à organiser des élections libres. Benazir Bhutto périra dans un attentat lors de la campagne électorale, en décembre 2007, mais, en février 2008, les suffrages portent son parti au pouvoir. En août Musharaff doit abandonner ses fonctions. En septembre 2008,  Asif Zardari, le veuf de Benazir Bhutto a été élu président.

En arrière-plan des dernières années de la dictature de Musharaff et de la période récente on trouve la guerre menée entre le gouvernement pakistanais et les groupes islamistes, qui contrôles les les zones tribales limitrophes de la frontière avec l'Afghanistan, et font peser une menace constante sur la stabilité du Pakistan. Le gouvernement pakistanais est également confronté à une détérioration de l'économie liée au déclin des réserves de change, à la dépréciation de la monnaie et au creusement du défficit de la balance des paiements.