Carte des Moluques.

On divise l'archipel en trois parties : les Moluques proprement dites, l'archipel du Sud-Est et les îles du Sud-Ouest. Le premier groupe comprend Halmahera (Djilolo), les petites Moluques (Ternate, Tidore, etc.), les îles Batchian (Bacan), Obi, Zoula et Mangoula, le groupe d'Amboine (Ceram, Buru et la petite île d'Amboine), les îles Banda. L'archipel du Sud-Est est formé par les îles Arou, Keï et le groupe de Timor-Laout, appelé aussi îles Tenimber; une série de petites îles réunit cet archipel aux îles du Nord. Les îles du Sud-Ouest comprennent Wetter, au Nord-Est de Timor, et diverses îles connues sous le nom d'îles Servatti qui relient Timor aux îles Banda vers le Nord-Est et aux Tenimber vers l'Est. 

Les îles Moluques sont généralement montagneuses et la plupart d'origine volcanique. Les Moluques proprement dites se rattachent géologiquement à Sulawesi, étant constituées de schistes azoïques et paléozoïques, de granite, etc.; mais à l'Ouest d'Halmahera dominent les formations volcaniques. La chaîne volcanique principale semble être la continuation de celle de Java et des îles de la Sonde et se dirige vers les îles Banda, Amboine et Buru, ou se trouve le plus haut sommet des Moluques, le Gounong-Tomahou (3000 m) ; quelques volcans sont encore en activité, principalement dans les Moluques du Nord (Ternate, Makja, Banda, Tidore). Les rivières sont peu considèrables; a Ceram seulement, il y a des cours d'eau de 80 à 60 km de longueur. 

Halmahera, Ceram et Buru sont les seules îles de quelque étendue. Les saisons sont très variables dans les îles du Nord, situées sous l'équateur. Dans la partie méridionale, la saison des pluies dure de mai à octobre. Le climat d'Amboine est particulièrement agréable. La fertilité du sol n'est pas la même dans les diverses îles. Buro est, à cet égard, l'une des plus favorisées.

La faune participe à la fois des caractères de celles de l'Australie (sous-région papoue) et de l'archipel asiatique. Les mammifères y sont peu nombreux. On trouve des cynopithèques dans les Moluques du Nord; il n'y a au contraire aucun singe dans les Moluques du Sud. On remarque le sanglier de Nouvelle-Guinée, le Babiroussa, le Cervus Moluccensis, etc. Les marsupiaux sont représentés par plusieurs espèces, notamment par le Cuscus. Les oiseaux sont en grand nombre on peut citer le casoar, les oiseaux de paradis, les perroquets, les colibris. L'archipel est très riche en insectes, notamment en papillons de taille et de couleur merveilleuses. Les Moluques, celles du Nord surtout, se distinguent par une remarquable localisation des espèces dans les diverses îles. 

Les deux cultures les plus importantes des Moluques sont celles du giroflier et du muscadier. Le giroflier vient dans des sols arides, particulièrement à Amboine et dans les petites îles environnantes; le muscadier est cultivé dans les îles Banda et au Sud de Ceram. Pour s'assurer le monopole des épices, les Hollandais avaient limité le nombre des girofliers et muscadiers, n'en autorisant la culture que dans le groupe d'Amboine pour les premiers, de Banda pour les autres; elle ne fut libre qu'à partir de 1863. 

Parmi les autres produits végétaux des Moluques, il faut citer la noix de betel et le Piper betle qui sont ici indigènes, le café, l'indigo, la cannelle, le riz, le sagou. Les richesses minérales sont peu importantes zinc, houille, pétrole à Ceram; or et houille à Batchian (Bacan); argile comestible près d'Amboine. 

Les habitants de ces îles sont connus sous le nom d'Alfourous ou Arafourous; ce sont des peuples probablement autochtones. Les habitants des côtes ont des origines diverses et sont mélangés avec les Alfourous.(M. d'E.).