Approché à 2171 kilomètres par la sonde Deep Space 1, le 22 septembre 2001; le noyau de la comète de Borrelly, est apparu très sombre (plus sombre même que celui de la comète de Halley, que l'on a parfois comparé à du charbon!), signe, ont supposé les spécialistes, de ce que cette comète pourrait être composée en grande partie de matériau organique. 

Long d'environ 8 kilomètres, le noyau de la comète de Borrelly montre une surface couverte de montagnes, de diverses failles et autres sillons. Des jets de poussières émanant semble-t-il des zones claires ont également été discernés. Curieusement aucune trace de vapeur d'eau n'y a été détectée, malgré une température de surface comprise ente 26 et 71 °C, et qui aurait dû permettre une sublimation de la glace que l'on aurait pu croire retenue dans le corps.