L'archipel ne fut réellement connu en Europe que grâce à Lazare Picault (19 novembre 1742), à la suite d'un voyage d'exploration ordonné par La Bourdonnais. Picault prit possession des îles en 1744, et les nomma îles de La Bourdonnais; et le port de Mahé, l'île qu'il avait antérieurement ainsi dénommée, fut appelé Port-Royal. Dans une autre prise de possession pour le roi et la compagnie des Indes, le 1^er novembre 1756, par le commandant Morphey, le nom de l'archipel fut changé en celui des Séchelles ou Seychelles. En 1769, Marion Dufrêne, commandant la Digue, les explora par ordre du duc de Praslin; deux noms que deux îles ont conservés. L'astronome Rochon accompagnait cette expédition. C'est alors que Barrey découvrit l'arbre du coco de mer. Signalons l'importation des épices par Poivre, l'immigration de colons de la Réunion (1772) et de quelques déportés de cette île. 

Durant les guerres qui opposaient la Grande-Bretagne et la France au XVIII^e siècle, Mahé était un lieu de refuge précieux pour les navires français, lorsqu'il fut pris, le 17 mai 1794, par le capitaine anglais Newcombe, du vaisseau l'Orphée. Obligé de capituler, le commandant de Quiney obtint que les îles resteraient à la France, tout en demeurant neutres. Ce fut pour les Seychelles sous ce régime et sous son administration, une époque de prospérité. De nouveaux déportés survinrent, exilés par le premier consul, en 1800, au nombre de 69, parmi lesquels le général Rossignol. Ils furent, quelque temps après, déposés pour la plupart aux Comores. La capitulation a été renouvelée, en 1806, par le capitaine Ferrier du vaisseau anglais l'Albion, puis, en 1810 (25 août), après la prise de l'île Maurice, les Seychelles devinrent définitivement possession anglaise, comme dépendance de cette dernière (1811).

Ces dispositions furent confirmées par le traité de Paris de 1814. Cette même année les habitants se tournèrent vers l'agriculture. Le pays fut déboisé pour faire place aux plantations de coton et de café. Ce fut pour les colons une ère de richesse, entièrement basée sur l'esclavage, et qui prit d'ailleurs fin avec l'émancipation des esclaves. Peu à peu cependant,  la situation s'améliora, comme le montrent l'accroissement de la population et du commerce qui ont même provoqué, à la fin du XIX^e siècle, la création des deux conseils (décembre 1888), et l'augmentation des pouvoirs de l'administrateur (Lettres patentes et instructions royales, 1897). Le statut colonial de l'archipel évoluera encore au cours du XX^e siècle, et l'indépendance, auxquelles les habitants aspiraient depuis une bonne dizaine d'années sera accordée en 1976.

Après un coup d'État en 1977, le pays a été un État socialiste à parti unique. Il a évolué vers une démocratie, en 1993, après l'adoption d'une nouvelle constitution et la tenue d'élections libres. Le président France-Albert René, en poste depuis 1977, a été réélu en 2001, mais a démissionné en 2004. Le Vice-Président James Alix Michel a pris la présidence et en 2006 a été élu pour un nouveau mandat de cinq ans; il a été ensuite réélu en 2011, puis en 2015. En 2016, James Michel a démissionné et cédé la présidence à son vice-président, Danny Faure. En 2020, Wavel Ramkalawan a été élu président, la première fois qu'un candidat de l'opposition remporte la présidence depuis l'indépendance.

Les connaissances positives qui résultèrent des premières explorations furent le prétexte dont se servit un sieur Brayer du Barré, habitant de l'île Maurice (alors île de France), pour former un établissement dans l'île Mahé. Au mois d'août 1770, il y fit passer des esclaves et des ouvriers; l'administration encouragea d'abord cette entreprise en fournissant à Brayer tout ce dont il avait besoin; mais, s'apercevant bientôt qu'elle avait affaire à un aventurier dont la turbulence et la rapacité étaient sans bornes, elle refusa bientôt de l'aider davantage. Les projets de ce triste personnage, qui se livrait déjà à la traite esclavagiste, et se proposait d'y ,joindre à l'occasion un peu de piraterie, étaient ambitieux : ils ne tendaient à rien moins qu'à fonder un petit royaume des Seychelles dont il se serait fait le chef. Brayer, s'étant procuré une certaine quantité déchets métalliques, il eut l'idée d'en faire fondre plusieurs morceaux avec un peu d'argent, et de présenter cet échantillon comme provenant d'une mine des îles Seychelles; cette fraude, qui avait pour but d'extorquer de l'administration de nouveaux secours pour l'établissement de Mahé , tourna contre son auteur : la vérité ayant été découverte, Braver fut emprisonné en 1772, et son établissement passa entre les mains de ses nombreux créanciers.

Vers la même époque, trente à quarante colons de l'île Bourbon (La réunion) émigrèrent aux Seychelles. Les Anglais paraissent avoir eu aussi le dessein de s'y fixer; dans le but d'en faire partir les habitants, ils firent courir le bruit qu'ils traiteraient comme forbans les Français qu'ils y trouveraient : cette menace n'ayant produit aucun effet, ils renoncèrent à leur dessein. La petite colonie prit un notable accroissement en 1778 ; le gouverneur de l'Île Maurice y envoya un détachement de soldats commandés par un officier au régiment de l'île Maurice, Romainville. On commençait alors à espérer de grands résultats d'une plantation d'arbres à épices, que l'ordonnateur Poivre avait donné, en octobre 1771 , l'ordre de former dans l'anse Royale à Mahé.

On avait dépensé des sommes énormes pour se procurer, dans les îles de la Sonde, quelques plants de cannelliers, de muscadiers et de girofliers; et on les avait distribués entre les Mascareignes et Mahé; mais soit que le terrain de l'Île Maurice ne fût pas convenable à leur culture, soit que les habitants se fussent lassés de leur donner des soins dispendieux, ces arbres précieux ne réussirent bien qu'à la Réunion et à Mahé: les cannelliers, surtout, se propagèrent avec une telle rapidité dans cette dernière île, que bientôt le canton de l'Anse-Royale en fut couvert partout où les arbres de haute futaie leur permirent de croître; un événement imprévu vint ruiner ces belles espérances : par un malentendu de Romainville, qui commandait à Mahé, tous les arbres à épices furent arrachés. Cependant la destruction ne fut pas complète : les oiseaux, très friands des baies de ces arbres, en avaient emporté dans les bois de l'intérieur de l'île; elles y produisirent de nouveaux plants que l'on retrouva en 1783; on les y a soignés, et en 1802 ils étaient en très bon état; mais leur culture était trop coûteuse pour que les colons, pressés de s'enrichir, pussent s'y livrer; on en détruisit même pour faire place à des plantations de riz, de maïs et de manioc, de cocotiers, etc.

La colonie révolutionnaire.
En 1789, le gouvernement accorda des concessions aux habitants de l'Ile-de-France (île Maurice) qui voulurent aller s'établir aux Seychelles : Mahé fut bientôt concédée, ainsi que Praslin; l'île de Sainte-Anne fut réunie au domaine, afin de la laisser à la disposition des vaisseaux qui relâchaient en ce port, et leur donner la liberté d'y descendre leurs équipages pour s'y établir. Une seule habitation existait alors à Sainte-Anne; c'était celle du premier colon qui se fût fixé dans l'archipel : il s'appelait Hangard, et servait comme matelot sur un bâtiment qui relâcha aux Seychelles; il demanda à être déposé dans l'île Sainte-Anne, dont la situation lui parut des plus favorables; on lui donna quelques esclaves, des armes, des instruments aratoires, et tout ce qui pouvait lui être nécessaire au commencement de son séjour dans la colonie; son habitation, la plus belle et la plus riche de ces îles, était cultivée en 1802 par plus de 200 esclaves.

La population des îles Seychelles était, en 1789, de 20 Blancs, 9 Noirs libres et 221 esclaves noirs. Avec audace, cette petite colonie envoya en 1791 une adresse à l'Assemblée nationale pour qu'on la fît jouir des droits et des avantages accordés aux autres colonies. Un commissaire, le citoyen Lescalier, y fut à cet effet, envoyé en 1792; il amenait avec lui le sieur Énouf, destiné à exercer les fonctions de commandant et d'administrateur. Les vingt colons de cet archipel reçurent d'abord avec joie un plan d'organisation provisoire; mais l'esprit de vertige révolutionnaire s'étant emparé d'eux, ils voulurent montrer qu'ils savaient aussi se servir des droits de l'humain, et formèrent une assemblée coloniale, une municipalité, une justice de paix, et jusqu'à une garde nationale : le chiffre de la population força de cumuler sur une seule tête les fonctions, assez incompatibles par leur nature, de président de l'assemblée, de maire, et de juge de paix; la garde nationale, composée de cinq membres, se nomma un commandant général; et le représentant des administrateurs généraux de l'île Maurice, devenu pouvoir exécutif, ne conserva de son autorité que le droit de représentation et de sanction.

Les Anglais débarquent.
Cette puérile imitation des institutions nouvelles de l'île Maurice eut peu de durée : l'apparition d'une escadre anglaise, composée de l'Orpheus, du Centurion et de la Résistance, força l'assemblée souveraine à abdiquer entre les mains du commandant, Quéau de Quincy, qui avait succédé à Énouf; le nouveau commandant , qui savait ne pouvoir résister à la moindre attaque de l'ennemi, négocie avec le commodore anglais, et obtint, le 17 mai 1794, une capitulation, à l'abri de laquelle les goélettes de l'archipel purent naviguer dans la mer des Indes; d'après cette convention, ratifiée par le gouvernement de Bombay dans le cours de la même année, les Seychelles restaient sous la protection de la France, mais s'engageaient à conserver la neutralité entre les puissances belligérantes : ses bâtiments devaient porter une enseigne bleue avec ces mots : Seychelles - Capitulation, en lettres blanches. Ce fut sous l'empire de ce traité et sous l'habile administration de Quincy, que l'archipel prospéra (pour les colons!) d'une manière prodigieuse : sa population qui, avant l'année 1794, ne comptait que cinq ou six familles et environ 200 esclaves, s'éleva, en moins de cinq ans, à plus de 80 familles et à près de 2000 esclaves.

Les déportés français de l'an IX.
La tranquillité dont ces îles jouissaient ne fut momentanément troublée que par l'arrivée des soixante-neuf déportés de l'an IX. Ces hommes, naguère turbulents et indomptables, parmi lesquels se trouvaient le général Rossignol , Pepin de Grouhette, Bouin, Mamin, et une foule d'autres, furent débarqués à Mahé le 14 juillet et le 25 août 1801, par la frégate la Chiffonne et la corvette la Flèche, qui, dès leur arrivée dans ce port, tombèrent au pouvoir de l'ennemi, après une défense courageuse à laquelle les déportés eux -mêmes prirent une part active. Les habitants n'apprirent pas sans un vif mécontentement quels étaient les hôtes qu'on leur destinait; un grand nombre d'entre eux déclarèrent qu'ils s'opposeraient à leur séjour dans l'île; de Quincy lui-même hésitait à les recevoir; mais les ordres du ministre de la marine étaient clairs : 

« Vous recevrez les nouveaux colons français, disait le ministre, vous leur donnerez des concessions, et leur fournirez des instruments aratoires dont ils auront besoin; les habitants de Mahé qui se trouveraient formalisés de la présence de ces nouveaux colons, pourront passer à l'île-de-France, où on les indemnisera de la perte de leurs habitations. Traitez ces Français avec douceur; ce sont les intentions du premier consul: il désire que ces malheureux changent de principes, et reviennent de leurs erreurs. »

Quoi qu'il en soit, les Seychellois, qui les redoutaient, poussèrent l'animosité jusqu'à conspirer contre eux, afin d'obtenir leur éloignement de l'archipel; pour mieux réussir dans leurs projets, ils eurent recours à l'Assemblée coloniale de l'île Maurice, qui avait déjà pris un arrêté portant peine de mort contre ceux des proscrits qui chercheraient à s'introduire dans cette île; et comme des relations commerciales attiraient assez souvent à l'île Maurice, les habitants de Mahé, elles leur servirent de prétexte pour y multiplier leurs voyages. Ils commencèrent par agir sourdement; et lorsqu'ils eurent préparé les esprits, ils firent entendre des plaintes incessantes : il était impossible, suivant eux, de vivre dans des îles habitées par un aussi grand nombre de proscrits; leur existence était compromise, ainsi que celle de leurs familles; ils prétendaient même, et rien n'était plus contraire à la vérité, que l'archipel ne produisait pas les vivres nécessaires à la subsistance de ses nombreux habitants, que les déportés y avaient déjà occasionné une très grande disette, qu' ils s'étaient emparés de plusieurs habitations, et que les propriétaires et leurs familles erraient çà et là dans les bois. 

L'Assemblée coloniale, qui accueillait ces plaintes réitérées et qui craignait que la tranquillité ne fût longtemps troublée aux Seychelles, décida, après une longue délibération, et malgré les intentions bien connues du gouvernement , que les soixante-neuf proscrits seraient transportés en d'autres lieux; mais il fallait environ 60000 francs pour l'armement d'un navire, et l'Assemblée coloniale n'était pas disposée à dépenser une somme aussi considérable, dans un moment où elle ne recevait aucun secours de la métropole; les mécontents des Seychelles n'ignoraient pas que, parmi les déportés, plusieurs avaient laissé quelque fortune en France; ils leur offrirent donc le moyen de retourner en Métropole en leur proposant l'achat d'un bâtiment. Les proscrits acceptèrent sur-le-champ une proposition qui s'accordait avec leurs désirs : ils nommèrent trois de leurs compagnons, Rossignol , Vanheck et Corchant pour conclure cette affaire, à laquelle ils attachaient la plus grande importance; les habitants, de leur côté, confièrent leurs intérêts à trois de leurs compatriotes nommés Mondon, Marie et Savy; ces commissaires firent l'acquisition d'un petit navire qui était encore sur le chantier. On travaillait avec ardeur à son armement, et les habitants fixaient déjà le jour où tous ceux qui logeaient des déportés devaient les envoyer au port pour leur embarquement, lorsqu'on apprit que la corvette le Bélier, qui venait de jeter l'ancre à Mahé, avait été expédiée de l'île Maurice pour emmener les proscrits. 

Sur-le-champ, les habitants et une partie de leurs esclaves prirent les armes et s'assurèrent des déportés. Partout on fit des arrestations, et on mit des pirogues à la mer pour aller chercher ceux d'entre eux qui logeaient dans des habitations éloignées. Le capitaine de la corvette en fit mettre aux fers plusieurs; mais un commissaire nommé Lafitte, que l'Assemblée coloniale de l'Île Maurice avait chargé de ses instructions, s'empressa de mettre fin à un traitement aussi rigoureux. Il fit même assembler les habitants, et il leur dit qu'il ne voyait rien qui pût justifier leurs plaintes; qu'ils en avaient imposé à l'Assemblée coloniale; que leur colonie était tranquille; que chacun y vivait chez soi; qu'il n'en exécuterait par moins les ordres qu'il avait reçus, mais qu'il porterait la vérité à la connaissance de cette Assemblée, et l'instruirait de leur coupable conduite. La corvette ne pouvant, à cause de son nombreux équipage, recevoir sur son bord les soixante-neuf déportés, n'emmena que trente-deux de ces malheureux, parmi lesquels se trouvaient Rossignol, Bouin et Mamin : elle leva l'ancre le 13 mars 1803, et aborda le 3 avril à Anjouan, l'une des îles Comores, où une maladie épidémique moissonna en vingt jours la plus grande partie des exilés.

Quant à ceux qui restaient aux îles Seychelles, les habitants se flattèrent que l'Assemblée coloniale les ferait transporter, comme les autres, dans les îles Comores; mais il paraît que, d'après le compte rendu par le commissaire Lafitte, cette Assemblée, voyant qu'elle avait été trompée par de faux rapports, et craignant que le gouvernement de la métropole ne condamnât son acte arbitraire, ne voulut pas ajouter à ses torts en ordonnant la translation de ce qui restait de déportés. Les habitants, après avoir fait à cet égard les plus instantes demandes, et après s'être convaincus de l'inutilité de leurs démarches, finirent par concevoir eux-mêmes des inquiétudes, et ils ne manifestèrent plus aux déportés l'animosité dont ils avaient été remplis. Ceux-ci étaient, du reste, en trop petit nombre pour leur pouvoir nuire; les caractères turbulents furent facilement contenus, et par les habitants, et par ceux même de leurs compagnons d'infortune qui s'étaient résignés à leur sort et cherchaient à l'adoucir par le travail. L'Assemblée coloniale de l'Île Maurice leur permit, quelques années après, de venir s'établir dans cette île : une partie des exilés profitèrent de cette autorisation, dans l'espoir d'employer leurs talents et de se créer une ressource pour l'avenir; les autres demeurèrent aux Seychelles, et se livrèrent à la culture ou au commerce de détail. En 1817, plusieurs d'entre eux demandèrent et obtinrent l'autorisation de revenir en France.

La prise de possession anglaise

L'accroissement de population dont nous avons parlé plus haut, ne s'arrêta pas, malgré les désordres que le séjour des déportés occasionna dans ces îles.
L'arrivée d'une frégate anglaise (la Concorde) qui força, le 24 septembre 1804 , le commandant Quéau de Quincy à reconnaître la souveraineté de l'Angleterre et voulut l'amener à rompre toute relation avec l'île Maurice, causa une vive contrariété au général Decaen, alors gouverneur des possessions françaises au delà du cap de Bonne-Espérance : il déclara hautement qu'il considérait cette soumission comme non avenue, et sa fermeté eut pour effet d'amener le gouvernement de Bombay à faire renouveler purement et simplement la capitulation obtenue en 1794; le capitaine Ferrier, commandant la frégate l'Albion, vint signer cet acte à Mahé dans l'année 1806.

Decaen s'occupa aussi de l'organisation civile des Seychelles : par un arrêté en date du 23 septembre 1806, le grand juge de l'Ile-de-France (île Maurice) eut ordre de former dans l'archipel un tribunal de paix; un autre arrêté, en date du 12 mars 1810, ordonna la création d'un tribunal, spécial pour juger les crimes et délits commis par les esclaves aux Seychelles; mais il ne semble pas que cet arrêté ait reçu son exécution, car ce fut dans la même année que l'Ile-de-France et l'île Bourbon (La Réunion) furent prises par les, Anglais, et que les Seychelles passèrent dès lors sous la domination Britannique (24 avril 1811). Les premiers instants de ce nouvel état de choses furent troublés par l'arrivée de la frégate française la Clorinde (mai 1811), qui s'était échappée du combat où la Renommée et la Néréide venaient de succomber à Madagascar : le capitaine (M. de Saint-Cricq) fut obligé d'employer la menace pour se faire donner, par les habitants, les vivres et les autres secours dont il avait besoin.

Depuis cette époque jusqu'aux jours où l'émancipation des esclaves vint bouleverser toutes les habitudes, les Seychelles ne cessèrent de prospérer; la population, en 1837, y était de 7000 habitants. Un agent du gouvernement de Maurice, un sous-agent chargé de la recette des impositions auxquelles ces îles étaient assujetties depuis l'année 1817, et un commissaire de l'état civil, composaient l'administration; un juge de paix, assisté de deux suppléants, un commissaire de police, des commandants de quartier, et quelques gendarmes, étaient chargés du maintien de l'ordre public. Les colons Seychellois, appauvris par la perte de leurs privilèges, reportèrent leurs colère sur les autorités et se plaignirent de l'insuffisance de ce personnel administratif depuis l'émancipation des esclaves : le travail était abandonné, les récoltes avaient diminué de moitié faute de bras, et quelques îles de l'archipel étaient devenues le refuge de bandes vagabondes qui vivaient aux dépens des maîtres du sol , impuissants à les en déloger. Cet état de choses aigrit les esprits, et souleva, de la part des colons, des plaintes de plus en plus vives contre l'agent du gouvernement, qui, de son coté, les traita comme des factieux, et prit contre eux des mesures arbitraires qui portèrent au comble l'exaspération; elle était telle, au mois de septembre 1844, que les placards affichés dans toutes les rues du chef-lieu mettaient à prix la tête du commandant anglais; des menaces retentissaient partout contre sa personne, et cet administrateur, entouré de gendarmes, n'osait plus sortir de son hôtel. Un pareil état de choses finit par provoquer l'intervention de l'Autorité supérieure de Maurice. Progressivement le calme s'instaura, et persista durablement, en même temps que la prospérité revenait. (A19).

Au fil du temps, l'économie des Seychelles s'est diversifiée avec la culture de la noix de coco, de la vanille et de la cannelle. L'introduction du travailleur sous contrat indien et chinois changea également la composition démographique des îles. Les Seychelles restèrent cependant relativement isolées et peu développées pendant une grande partie du XIX^e siècle et au début du siècle suivant. A cette époque commencèrent à développer des infrastructures modernes, telles que des routes, des ports, et des écoles, principalement sur l'île de Mahé. Le développement fut toutefois limité en raison de la petite taille de l'archipel et de ses ressources limitées. Après la Seconde Guerre mondiale, les Seychelles connurent une montée du sentiment nationaliste. La population commença à revendiquer plus de droits politiques et une meilleure représentation dans l'administration coloniale britannique.

Dans les années 1960, des partis politiques se formèrent. Le Parti populaire des Seychelles (SPUP) dirigé par France-Albert René militait pour l'indépendance immédiate et un régime socialiste, tandis que le Parti national uni des Seychelles (SNP), sous la direction de James Mancham, prônait une indépendance plus progressive et des liens plus étroits avec la Grande-Bretagne. Après des négociations avec le gouvernement britannique, les Seychelles obtinrent leur indépendance le 29 juin 1976. James Mancham devint le premier président du pays, avec France-Albert René comme Premier ministre. 

Les Seychelles indépendantes

Le régime de René se positionne dans la sphère d'influence des pays non alignés et entretient des relations avec des pays socialistes comme Cuba et l'URSS, et reçoivent une aide économique et militaire de ces pays. Cependant, les Seychelles maintiennent également des relations avec l'Occident, notamment avec la France et le Royaume-Uni. Au cours des années suivantes, René fait face à plusieurs tentatives de coups d'État, notamment en 1981 orchestrée par des mercenaires sud-africains et une autre en 1986. Ces tentatives sont repoussées, consolidant encore plus le pouvoir de René. En 1991, sous la pression internationale et interne, René accepte d'instaurer le multipartisme. En 1993, les Seychelles tiennent leur première élection présidentielle multipartite. René remporte les élections et continue de diriger le pays, mais avec une opposition politique légitime en place. Durant les années 1990, René commence à libéraliser l'économie. Il attire des investissements étrangers et encourage le développement du secteur privé. Le tourisme continue de croître et devient le principal pilier économique des Seychelles, suivi par la pêche, notamment le thon.

En 2004, France-Albert René démissionne après 27 ans au pouvoir et cède la présidence à son vice-président, James Michel. Michel continue les politiques économiques et sociales de son prédécesseur. Mais les Seychelles traversent une grave crise économique en 2008, marquée par une dette publique élevée et une inflation galopante. Le gouvernement doit mettre en place un programme de réforme économique en collaboration avec le FMI, qui comprend la dévaluation de la monnaie, la réduction des subventions et la privatisation de certaines entreprises d'État. Après les réformes économiques, les Seychelles connaissent une croissance soutenue. Le tourisme, la pêche et les services financiers offshore continuent d'être les principaux moteurs de l'économie.

En 2016, James Michel démissionne et cède le pouvoir à son vice-président, Danny Faure. Faure continue de gouverner dans un contexte politique de plus en plus compétitif. En octobre 2020, pour la première fois dans l'histoire des Seychelles, l'opposition remporte les élections présidentielles. Wavel Ramkalawan, chef du parti Linyon Demokratik Seselwa (LDS), devient président. Il s'agit d'une transition historique du pouvoir après des décennies de domination par le parti de René et Michel. Depuis, les Seychelles ont dû faire face à divers défis, notamment la gestion de la pandémie de covid-19, les impacts économiques liés à la dépendance du pays au tourisme, et les questions environnementales, particulièrement la montée des eaux due au changement climatique.