Situé dans l'actuelle Khyber Pakhtunkhwa et les zones adjacentes, le royaume de Gandhara (vers 500 av. JC - 1000 ap. JC)  est un centre important de culture bouddhiste et un point de rencontre entre les cultures grecque, perse et indienne. Les ruines de Taxila et de Peshawar témoignent de cette influence culturelle. Le royaume Kushan (vers 50-250 ap. JC), dont la capitale est à Peshawar, joue un rôle majeur dans la diffusion du bouddhisme à travers l'Asie centrale et du Sud. Kanishka le Grand, un empereur Kushan, est particulièrement connu pour son patronage du bouddhisme. Bien que centrée en Inde, la dynastie Gupta (vers 320-550 ap. JC) influence la région par ses échanges culturels et commerciaux. La région de l'actuel Pakistan fait partie de leur sphère d'influence.

Les premières invasions musulmanes dans le sous-continent indien commencent au VIII^e siècle avec des incursions par des armées arabes. L'influence musulmane s'accroît avec l'arrivée des Turcs et des Perses. L'empire Ghaznévide (971-1186), dirigé par Mahmud de Ghazni, étend son influence sur le nord du sous-continent indien, y compris les territoires de l'actuel Pakistan. Mahmud est connu pour ses invasions répétées en Inde. L'empire Ghouride (1175-1206), dirigé par Muhammad Ghori, remplace les Ghaznévides et établit un contrôle plus étendu sur le sous-continent indien. Les Ghourides préparent le terrain pour l'émergence du Sultanat de Delhi.

Le Sultanat de Delhi  (1206-1526), fondé par Qutb-ud-din Aibak, gouverne une grande partie du nord de l'Inde, y compris le territoire de l'actuel Pakistan. Le sultanat est marqué par des conflits internes et des invasions mongoles, mais il reste un important centre de pouvoir et de culture. L'Empire moghol (1526-1857), fondé par Babur après la bataille de Panipat en 1526, domine le sous-continent indien. Les Moghols apportent un âge d'or en termes de culture, d'architecture, et d'administration. 
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A partir du milieu du XVIII^e siècle, les Britanniques, par l'intermédiaire de la Compagnie des Indes orientales, étendent leur influence au sous-continent indien. Les territoires de l'actuel Pakistan deviennent partie intégrante de l'Empire britannique après la défaite des Moghols et des puissances régionales locales. La révolte de 1857 (aussi appelée la révolte des cipayes) conduit à la dissolution de la Compagnie des Indes orientales. Le gouvernement britannique assume directement le contrôle du sous-continent indien, établissant le Raj britannique. Le territoire du Pakistan, alors partie du Raj britannique, connaît des changements politiques, sociaux et économiques importants. L'administration britannique modernise les infrastructures, mais aussi exploite les ressources et gère les tensions ethniques et religieuses croissantes.

Le Congrès national indien (INC), un important parti politique qui réclame des réformes politiques pour le sous-continent indien., est fondé en 1885. En 1906, c'est au tour de la Ligue musulmane (All-India Muslim League) d'être fondée. Elle vise à représenter les intérêts des musulmans du sous-continent et promouvoir la création d'un État séparé. Dans les années 1930, le mouvement pour la création d'un nouvel Etat se renforce sous la direction de Muhammad Ali Jinnah et de la Ligue musulmane. La demande d'un État séparé pour les musulmans devient de plus en plus pressante, exacerbée par les tensions religieuses et politiques croissantes. En 1940, lors de la résolution de Lahore, la Ligue musulmane appelle à la création d'un État distinct pour les musulmans du sous-continent, connu sous le nom de Pakistan. Le 15 août 1947, l'Inde et le Pakistan obtiennent leur indépendance du Royaume-Uni. Suivant l'option adoptée par l'un des leaders indépendantistes, Muhammad Ali Jinnah, contre le voeux de Gandhi, deux Etats nouveaux ont été formés : l'Inde d'une part, majoritairement hindouiste, et le Pakistan d'autre part, majoritairement musulman, et constitué de deux parties, le Pakistan oriental (le Bangladesh actuel) et le Pakistan occidental (Pakistan actuel). Cette double partition n'a cessé d'être une source de conflits. Plusieurs guerres ouvertes ont eu lieu entre l'Inde et le Pakistan : en 1947-48 et en 1965, à propos du territoire contesté du Cachemire, puis en 1971, à l'occasion de laquelle le Pakistan oriental a fait sécession.

L'opposition du Pakistan et de l'Inde explique aussi les alliances régionales que ces deux Etats ont conclu à une certaine époque, le premier avec la Chine, le second avec l'URSS. De plus, en réponse à des essais d'armes nucléaires indiens, le Pakistan s'est doté à son tour de l'arme atomique et a effectué ses propres tests à partir de 1998. Aujourd'hui, le différend sur statut du Cachemire persiste, même si l'on a assisté à à une diminution des tensions depuis 2002. Une détente demeurée fragile, comme l'ont montré, en novembre 2008, les attentats de Bombay, qui ont de nouveau enflammé les relations entre le Pakistan et l'Inde.

L'histoire intérieure du Pakistan depuis son indépendance n'est pas moins agitée que celle de ses relations avec ses voisins. Il a fallu neuf ans de luttes politiques après l'indépendance pour que le pays, d'abord dominion du Commonwealth britannique, se dote d'une première constitution établissant un régime présidentiel. En 1958, un coup d'Etat dirigé par le général Ayyoub Khan l'a porté au pouvoir jusqu'en 1969. Yahya Khan lui a succédé entre 1969 et 1971. Au sortir de la guerre qui a eu lieu cette année-là, le pouvoir a été rendu aux civils, sous la conduite de Zulfikar Ali Bhutto. Mais en 1979, un second coup d'Etat a eu lieu, faisant du général Zia-ul-Haq, le troisième président militaire du pays. Le général Zia, qui sera tué dans un accident d'avion en 1988, est à l'origine de l'introduction de la loi islamique au Pakistan. Après sa mort, Benazir Bhutto, fille de Zulfikar Ali Bhutto accède à la tête du gouvernement. En 1999, un nouveau coup d'Etat porte au pouvoir le général Pervez Musharraf, qui, devant son impopularité grandissante, devra cependant se résigner à organiser des élections libres. Benazir Bhutto périra dans un attentat lors de la campagne électorale, en décembre 2007, mais, en février 2008, les suffrages portent son parti au pouvoir. En août Musharaff doit abandonner ses fonctions. En septembre 2008,  Asif Zardari, le veuf de Benazir Bhutto a été élu président.

En arrière-plan des dernières années de la dictature de Musharaff et de la période récente on trouve la guerre menée entre le gouvernement pakistanais et les groupes islamistes, qui contrôles les les zones tribales limitrophes de la frontière avec l'Afghanistan, et font peser une menace constante sur la stabilité du Pakistan. Le gouvernement pakistanais est également confronté à une détérioration de l'économie liée au déclin des réserves de change, à la dépréciation de la monnaie et au creusement du défficit de la balance des paiements.

En 2010, le Pakistan adopte le 18^e amendement de sa Constitution, réduisant les pouvoirs présidentiels et renforçant le système parlementaire. Oussama ben Laden, qui s'était réfugié au Pakistan est tué en 2011 par les forces spéciales américaines lors d'un raid à Abbottabad, provoquant des tensions entre les États-Unis et le Pakistan. En 2013, les élections générales marquent la première transition démocratique pacifique entre deux gouvernements élus. Nawaz Sharif, leader de la Ligue musulmane du Pakistan (PML-N), devient Premier ministre. Une attaque terroriste par les talibans pakistanais contre une école militaire à Peshawar en 2014 tue plus de 140 personnes, principalement des enfants, et choque le pays. Cela conduit à une intensification des opérations militaires contre les groupes terroristes. Le projet de corridor économique Chine-Pakistan (CPEC) est lancé en 2016. Il vise à renforcer les infrastructures et à stimuler l'économie pakistanaise avec des investissements chinois massifs.

Imran Khan, ancien joueur de cricket et leader du Pakistan Tehreek-e-Insaf (PTI), devient Premier ministre en 2018 après avoir remporté les élections générales. Son gouvernement se concentre sur la lutte contre la corruption et la réforme économique. Quand la pandémie de covid-19 (2020) frappe le Pakistan, elle met en lumière les défis du système de santé publique et a des impacts économiques significatifs. Le gouvernement met en place des mesures de confinement et de relance économique. Imran Khan est évincé du pouvoir en 2022 après une motion de censure parlementaire. Une période d'instabilité politique commence. Shehbaz Sharif, frère de Nawaz Sharif et membre de la Ligue musulmane du Pakistan (PML-N), devient Premier ministre. En 2023, le Pakistan continue de faire face à des défis économiques majeurs, notamment une dette croissante, une inflation élevée et des pénuries d'énergie. Le gouvernement cherche à obtenir l'aide du Fonds monétaire international (FMI) et d'autres partenaires internationaux pour stabiliser l'économie.