Les principaux ouvrages historiques de Trithème sont le Chronicon Hirsaugiense et le Chronicon Sponheimense. Il paraît avoir utilisé plusieurs auteurs perdus, comme Hunibald, annaliste mérovingien, et Méginfred, auteur du IX^e siècle. II composa plusieurs recueils biobibliographiques, le Liber scriptorum ecclesiasticorum (963 notices) et le Catalogus illustrium virorum Germaniae (303 personnages).

Il a laissé une curieuse correspondance (Epistolae familiares), une sorte d'autobiographie littéraire sur ses propres études (Nepiachus), un éloge des scribes monastiques (De laude scriptorum manualium), petit traité où il consigne ses idées comme bibliothécaire et bibliogapbe et qui est d'autant plus intéressant qu'il s'était fait lui-même copiste de manuscrits latins et grecs.

Trithème est l'auteur d'une cryptographie qui fut très célèbre (Polygraphia, 1518, rééditée, tantôt sous ce titre et tantôt sous celui de Steganographia, en 1534, 1550, 1564, 1571,1600, 1606, 1613, etc.), constituée par 384 alphabets composés chacun de 24 mots, correspondant à chacune des lettres de l'alphabet. Les mots de chaque alphabet avaient à peu près le même sens (Deus, creator, conditor, opifex, etc.; - clemens, clementissimus, pius, piissimus, etc.), de sorte qu'en en prenant un dans chaque alphabet, on formait une phrase ayant un sens apparent. Pour trouver le sens secret, il suffisait de prendre les lettres correspondant à chaque mot, exemple : la phrase conditor (mot correspondant à c dans le premier alphabet) clemens (a dans le 2^e alphabet) discernens mundana signifiait cave (Bibliot. nation. Rés. V. 704). Elle fut traduite en français par Gabriel de Collange. (Paris, 1564 et  1625, in-4).

Trithème a encore composé un grand nombre d'ouvrages de théologie (commentaire sur la règle bénédictine, recueil des miracles de la Vierge, traités sur la réforme des monastères, consultations ou Quaestiones adressées à l'empereur Maximilien, etc.).  (E.-D. Grand).

Anciennes éditions -  Des éditions collectives des oeuvres de Trithème (moins les traités de cryptographie) ont été publiées par Marquard Freher (Opera historia; Francfort, 1604, in-fol.) et par J. Dusaeus (Opera spiritualia; Mayence, 1605, in-fol.). Les anciennes éditions des ouvrages de Trithème sont énumérées dans les répertoires bibliographiques de Brunet. (Manuel du libraire. t. V, 1864, col.960-61 et supplém., t. II,1880, col. 806-807) et de Hain (Repertorium bibliographicum, t. Il,2e part., 1888, pp. 426-31 et supplém.  de Copinger; W.-E. Heidel, Johannes Trithemii Steganographia vindicata; Mayence, 1676, in-4, et Nuremberg, 1721, in-4; E.-G. Vogel, Die Bibliothek der Benedictiner-Abtei Sponheim, dans le Serapeum, ann. 1842, pp. 312-328; du même, Corporations-Bibdiolheken, Leipzig 1840,p.204,in-8; Wattenbach, Deutschlands Gesehichtsquellen, 1894, t. II, p. 491, 6e éd. (sur l'authenticité des sources historiques utilisées par Trithème). En bibliothèque - Ph.-F. Horn, Johannes Trithemius, Abt des normaligen Klosters Sakt-Jacob in Würzburg, Wurzbourg, 1843, in-8.; A. Paul, De fontibus a Trithemio in prima parte Chronici Hirsaugiensis adhibitis, Halle, 1867, in-8; Silbernagel, Johannes Trithemius, eine Monographie, Landshut, 1868 et 1885, 2e éd., in-8; A. Ruland, art. dans Theologisches Literaturblatt; Bonn, ann. 1868, n° 21 et 22, trad. en français par C.-U.-J. Chevalier, Etude sur l'abbé Trithème (compte rendu analytique et critique de l'ouvraee précédent); W. Schneegans, Abt Johannee Trithemius und Kloster Spanheim, Kreuznach, 1882;