Longtemps appelé Nubie, le Soudan actuel correspond en partie à ce qui était vers 2500-1500 avant J.-C le royaume de Kerma, qui a été par la suite absorbé par l'Egypte (Le Nouvel Empire). 

Au XI^e siècle av. JC, le royaume de Kush a obtenu son indépendance de l'Egypte; il a duré sous diverses formes jusqu'au milieu du IV^e siècle de notre ère. Après la chute de Kush, les Nubiens ont formé trois royaumes chrétiens : Nobatia, Makuria et Alodia. Les deux derniers ont duré jusqu'en 1500 environ. 

Entre les XIV^e et XV^e siècles, une grande partie du Soudan a été colonisée par des nomades arabes, et entre les XVI^e et XIX^e siècles, il a subi une islamisation poussée. 

Suite à l'occupation égyptienne au début du XIX^e siècle, les Britanniques ont établi un Soudan anglo-égyptien. (Il s'agissait théoriquement d'un condominium, mais dans les faits le Soudan anglo-égyptien était une colonie britannique).

Les régimes militaires favorisant les gouvernements à orientation islamique ont dominé la politique nationale depuis que le Soudan a obtenu son indépendance de la co-réglementation anglo-égyptienne en 1956.

L'indépendance du Soudan.
Le Soudan a accédé à l'indépendance le 1^er janvier 1956. Le processus d'indépendance a été précédé d'une période de mobilisation politique et sociale, marquée par l'émergence de mouvements nationalistes soudanais. Parmi les leaders de cette période, on peut citer Ismaïl al-Azhari, qui a dirigé le Parti de l'union nationale soudanaise (PUNS). Al-Azhari a été ensuite le premier Premier ministre du Soudan indépendant. Les premières élections ont eu lieu en 1958, suivies d'un coup d'État militaire en 1958. Depuis lors, l'histoire politique du Soudan a été marquée par des périodes de gouvernance militaire et civile, de conflits armés internes, de guerres civiles et de tensions régionales.

La dictature de Jaafar Nimeiri.
Depuis 1969, quand le général Jaafar Nimeiri ( Gaafar Nimeiry) prend le pouvoir lors d'un coup d'Étal, l'histoire du Soudan a été marquée par des conflits, des régimes autoritaires, des guerres civiles et des coups d'État. 

Pendant son règne, qui a duré deux décennies, Nimeiri a tenté, dans un premier temps, de moderniser le pays et de réduire l'influence des élites religieuses et tribales. 

En 1973, une nouvelle constitution établit un régime présidentiel et réduit les pouvoirs du parlement. Un système de gouvernement décentralisé est créé en 1975. Des réformes visant à moderniser l'agriculture et à stimuler la croissance économique sont lancées, ainsi que des projets de développement à grande échelle (construction de barrages hydroélectriques, expansion de l'irrigation). Des lois accroissant les droits des femmes sont même promulguées.

Cependant, le régime  de Nimeiri est également marqué par des violations des droits humains (censure de la presse, torture et exécutions) et une répression politique sévère. L'introduction, en 1983 de la charia (= loi islamique) dans l'ensemble du pays,  a réveillé une rébellion dans le Sud qui aboutira à l'indépendance en 2011 du Soudan du Sud (voir plus bas).

Nimeiri a été renversé en 1985 par un coup d'État militaire. Cela a ouvert la voie à une période de transition politique, qui a conduit à l'établissement d'un gouvernement civil en 1986, mais un nouveau coup de force, en 1989, va amener une nouvelle dictature.

La dictature d'Omar al-Bechir.
Le général Omar Hassan Ahmad al-Bechir prend le pouvoir lors d'un coup d'État militaire en 1989. Sous sa conduite, le gouvernement militaire  suspend les partis politiques et poursuit l'islamisation du pays. Outre les grandes difficultés économiques auxquelles le pays confronté pendant cette dicature, le régime doit faire face à plusieurs rébellions. 

Celle du Sud avait commencée sous Nimeiri et a abouti à la sécession du Soudan du Sud en 2011. Mais à cette date le Soudan continuait à être confronté à l'instabilité politique, à une une économie en difficulté et à d'autres conflits armés dans les régions du Kordofan du Sud, Nil Bleu et surtout du Darfour, toujours active.  Ensemble, ces conflits ont déplacé plus de 3 millions de personnes; bien qu'un certain rapatriement ait eu lieu, environ 2,28 millions de personnes déplacées restaient au Soudan en décembre 2020. Pendant toute cette période, le Soudan fait également face à des afflux de réfugiés en provenance des pays voisins, principalement la République centrafricaine, le Tchad, l'Érythrée, l'Éthiopie et le Soudan du Sud. 

La sécession du Soudan du Sud.
La guerre d'indépendance du Soudan du Sud a commencé en 1983, lorsque le gouvernement soudanais a imposé la loi islamique dans tout le pays, y compris dans les régions majoritairement chrétiennes et animistes du Sud. Une rébellion, animée par le Mouvement de libération du peuple du Soudan (Mouvement populaire de libération du Soudan (Sudan People's Liberation Movement, SPLM) de John Garang, a éclaté contre cette politique et pour réclamer l'autonomie pour le Sud-Soudan. Il s'en est suivi une guerre civile qui a fait centaines de milliers de morts et des millions de personnes déplacées. Des pourparlers de paix sérieux ont eu lieu en 2002-2004, et un accord de paix global Nord/Sud (CPA), a été signé en janvier 2005, accordant aux rebellesdu SPLM une autonomie de six ans, après quoi devait se tenir un référendum sur l'indépendance du Sud-Soudan.  Le référendum a eu lieu en janvier 2011 et a abouti à une écrasante majorité en faveur de l'indépendance. Celle-ci a été, effective  le 9 juillet 2011, mais le Soudan et le Soudan du Sud n'ont pas encore pleinement mis en oeuvre les accords de sécurité et économiques relatifs à la normalisation des relations entre les deux pays.

La rébellion du Darfour.
Alors même que des combats se déroulaient dans le Sud, un nouveau conflit armé s'est déclenché en 2003 dans l'Ouest, au Darfour. La région était instable de longue date. Un premier conflit y a avait déjà eu lieu entre 1987 et 1989 du fait de tensions tensions ethniques Furs et Arabes, puis un autre, entre 1996 et 1998, qui avait oposé les populations Masalits et les Arabes installés dans la région.. Cette fois, ce sont les rebelles, issus des communautés non-arabes du Darfour, et placé sous la bannière de l'Armée de libération du Soudan (SLA) et du Mouvement pour la justice et l'égalité (MJE), qui ont pris les armes contre le gouvernement central, lui reprochant la discrimination politique, économique et culturelle dont les habitants de la région du Darfour se sentaient victimes. 

En réponse, le gouvernement soudanais a armé et soutenu des milices arabes locales, les Janjawids, pour lutter contre les rebelles. Ceux-ci ont été rapidement accusés de commettre de nombreuses atrocités, notamment des massacres, des viols, des pillages et des déplacements forcés de populations civiles. Les violences, au total, ont causée plus des dizaines de milliers de morts et le déplacement de plus d'un million de personnes.

La crise humanitaire ainsi créée a conduit à l'intervention de la communauté internationale. Le conseil de sécurité de l’ONU a exigé le désarmement des Janjawids et, à partir de 2007, une mission conjointe des troupes de maintien de la paix de l'ONU et de celles de l’Union africaine (MINUAD)  pour renforcer les effectifs des forces d'interposition déjà sur place, afin d’assurer la protection des civils et de restaurer l’état de droit. Le rôle d'Omar el-Bachir dans le conflit du Darfour, accusé de crime de guerre, de crime contre l'humanité et génocide,  conduit la CPI (Cour pénale internationale) à lancer un mandat d'arrêt  le 4 mars 2009 contre lui.

Mais rien n'y a fait, les violences ont continué malgré plusieurs tentatives de paix.  En 2020, le gouvernement soudanais a signé un accord avec certains groupes rebelles du Darfour. D'autres groupes armés on cependant continué leurs actions. 

Une transition démocratique avortée.
Le règne de 30 ans du président al-Bechir s'est terminé par un coup d'Etat militaire et sa destitution en avril 2019, après des mois de manifestations à l'échelle nationale. La pression de la rue  a conduit ensuite la junte à négocier avec l'opposition, et, au mois d'août suivant, les militaires et les civils ont signé un accord de partage du pouvoir. Aux termes de celui-ci,  a été créé un Conseil souverain, composé de membres civils et militaires, afin de superviser la transition vers un gouvernement civil démocratique. Abdalla Hamdok a été nommé Premier ministre pour diriger un gouvernement de transition.

Ce gouvernement a travaillé à mettre en place des réformes économiques et à améliorer les relations avec les pays voisins. En février 2020, le Soudan a signé un accord avec les États-Unis pour mettre fin à des décennies de sanctions économiques et politiques américaines, et en novembre de cette même année, les États-Unis ont retiré le Soudan de leur liste des États soutenant le terrorisme. 

En octobre 2021, l'armée a déposé Hamdok, avant de le réintégrer le mois suivant. Quelques semaines plus tard, un un organe exécutif civilo-militaire s'est de nouveau mis en place, déclarant son intention d'organiser des élections qui devaient installer un gouvernement purement civil dès le début de 2024.

A seulement quelques mois avant la date prévue pour ces élections, le 15 avril 2023, un conflit armé éclate entre l'armée au pouvoir, dirigée par Abdel Fattah al-Burhan.  dans le pays et des forces paramilitaires des FSR ( = Forces de soutien rapide), issue des milices janjawids et dirigées par un général dissident, Mohamed Hamdan Dogolo (« Hemidti »). La capitale et plusieurs autres villes sont le siège de violents combats.