Dès sa thèse de doctorat, consacrée à la diphtérie, il faisait quelques réserves sur la doctrine de la spécificité, soutenue pourtant par l'école de Bretonneau et de Trousseau, à laquelle il appartenait. Par trois fois, il s'inocula la diphtérie sans succès; ces expériences ne prouvent guère que le courage de Peter, qui admettait, du reste, la contagiosité de la maladie. 

Médecin très éclairé, professeur éloquent et spirituel, écrivain remarquable, Peter eut avec Pasteur une longue controverse (1880-1890), dans laquelle il ne fut pas toujours juste envers ses adversaires; elle força du moins les adeptes de Pasteur à admettre qu'il ne suffit pas toujours qu'un germe pénètre dans un organisme pour qu'une maladie infectieuse soit réalisée; pour que ce germe se développe et crée la maladie, il faut  "le consentement de l'organisme". 

Peter a rassemblé lui-même toute son oeuvre originale dans les trois volumes de sa Clinique médicale et dans son Traité des maladies du coeur et de aorte thoracique.