Ces hormones interviennesnt dans la régulation du cycle menstruel en influençant la croissance de l'endomètre (la muqueuse utérine), la libération de l'ovule lors de l'ovulation et d'autres processus hormonaux impliqués dans le cycle. Les oestrogènes contribuent à maintenir la densité osseuse en régulant l'équilibre entre la formation osseuse et la résorption osseuse. Leur diminution peut entraîner une perte osseuse, ce qui peut augmenter le risque d'ostéoporose chez les femmes ménopausées.  

Les oestrogènes ont aussi des effets protecteurs sur le système cardiovasculaire. Ils peuvent aider à maintenir des niveaux de cholestérol sain, favoriser la dilatation des vaisseaux sanguins et réduire le risque de maladies cardiovasculaires chez les femmes avant la ménopause. Il existe par ailleurs des indications suggérant que les oestrogènes peuvent influencer la fonction cognitive (mémoire et  fonctions exécutives).