Bayle fait ainsi connaître, dans sa préface, le plan qu'il s'était tracé : 

"J'ai divisé ma composition en deux parties, dit-il : l'une est purement historique, un narré succinct des faits; l'autre est un grand commentaire, un mélange de preuves et de discussions où je fais entrer la censure de plusieurs fautes, et quelquefois même une tirade philosophique."

L'idée de cet ouvrage, espèce de dictionnaire de raisonnement, est heureuse et grande; mais Bayle l'a gâtée par son scepticisme et par un esprit de système qui, sur les matières religieuses, lui fait reproduire les objections des anciens hérésiarques, en leur prêtant encore des armes nouvelles. 

D'une autre part, l'ouvrage n'est pascomposé : chaque article est accompagné d'un commentaire, pour lequel il y a dans le texte de fréquents renvois, ce qui est très fatigant, car on sent que tout cela aurait dû se fondre, s'agencer avec le texte. En outre, le style en est incorrect, toujours lâche et diffus. Bayle n'a consacré que quatre ans à faire ce long travail, et sa rédaction a été écrite au courant de la plume et pour ainsi dire improvisée. (C. Debrozy, 1877).

En bibliothèque - Ce Dictionnaire parut en 1697, à Rotterdam, en 2 vol. in-fol.; une 2e édition fut publiée à Amsterdam, en 1701, 3 vol. in-fol.; puis, dans l'espace de 35 ans environ, 8 autres éditions parurent à Rotterdam, Amsterdam, Genève, Bâle et Trévoux. L'édition d'Amsterdam, 1740, 4 vol. in-fol., fut la plus estimée jusqu'à celle de Beuchot, Paris, 1820-24, 16 vol. in-8°. L'éditeur a rempli plusieurs lacunes dans les citations, et donné au livre un caractère plus critique en y ajoutant des notes extraites de Chaufepié, Joly, La Monnoye, L.-J. Leclerc, Le Duchat, Prosper Marchand, etc., et un certain nombre de notes nouvelles.