Le nerf de la neuvième paire sort du bulbe dans la partie supérieure du sillon latéral, entre l'auditif et le pneumogastrique, traverse le crâne par le trou déchiré postérieur et s'anastomose, avec, le pneumogastrique, le facial, le grand sympathique. Le glosso-pharyngien donne la sensibilité générale à une partie de la langue, en arrière et y compris le V lingual et au pharynx ; il est le conducteur sensitif des réflexes de déglutition. 

L'action motrice du glosso-pharyngien est circonscrite au pharynx, aux muscles des piliers; quant au voile du palais, il ne paraît recevoir aucune innervation motrice de ce nerf, mais uniquement des terminaisons sensitives. Le glosso-pharvgien renferme des vaso-dilatateurs pour la base de la langue (Vulpian), mais ces fibres proviennent du rameau carotidien du ganglion cervical supérieur du sympathique.