Tamino, jeune prince, égyptien, s'est fiancé, à la jeune Pamina; mais la reine de la Nuit se met à l'encontre de leurs voeux. D'autre part, un oiseleur, nommé Papageno, poursuit la gentille Papagena, qui lui échappe et se trouve partager le sort du prince. Mais trois fées bienfaisantes s'intéressent aux deux amants et leur font présent d'une flûte et d'une sonnette magiques, qui leur serviront de talismans pour déjouer les desseins de la reine de la Nuit. Cependant, ces talismans eux-mêmes resteraient impuissants pour délivrer Pamina, enlevée par le farouche Nubien Monostatos, si le grand prêtre Sarastro et les trois fées n'unissaient leurs efforts pour triompher des méchancetés de Monostatos et de la reine de la Nuit. Enfin, les deux couples d'amoureux se trouvent réunis. 

Sur ce canevas, Mozart a brodé un de ses plus beaux chefs-d'euvre. L'ouverture de la Flûte enchantée, le trio des fées, la chanson délicieuse de Papageno, l'air charmant de la reine de la Nuit, l'invocation de Sarastro, le choeur des prêtres d'Isis, le duo bouffe de Papageno et de Papagena, tous ces morceaux, si variés de ton, d'allure, de couleur, mais unis par un style d'une incomparable splendeur, sont, du premier jusqu'au dernier dignes de Mozart.

On donna à l'Opéra, le 23 août 1801, sous ce titre : les Mystères d'Isis, une prétendue traduction de la Flûte enchantée, qui obtint que le public parisien fut mis à même de connaître vraiment la Flûte enchantée, par la bonne traduction qu'en donnèrent Nuitter et Beaumont au Théâtre-Lyrique.