La partie qui traverse le V^e arrondissement, ouverte en 1855, a absorbé l'ancienne rue des Noyers du XII^e siècle, qui allait de la rue de la Harpe à la rue de la Montagne-Sainte-Geneviève. Entre la rue de la Harpe et la rue Saint-Jacques, la rue des Noyers avait absorbé elle-même l'ancienne rue du Foin. 
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Le boulevard Saint-Germain. (© Photo : Serge Jodra, 2010.

J.-B. Rousseau, frère de Jean-Jacques, est né dans cette rue des Noyers, ainsi qu'Alfred de Musset dont la maison natale subsiste encore. Laplace habita également cette rue disparue aujourd'hui à l'exception des maisons numérotées de 49 à 61 sur le boulevard actuel.
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Une des ruelles abattues lors du percement 
du boulevanrd Saint-Germain.

Le boulevard Saint Germain traverse le VI^e' arrondissement entre le boulevard Saint-Michel et la rue Saints-Pères. Dans cette partie le boulevard a absorbé la vieille rue Taranne du XIII^e siècle, rue où habitaient Saint-Simon, le baron d'Holbach et Diderot, une partie de la rue Sainte-Marguerite (ce qui en reste est devenu la rue Gozlin), la rue Childebert, la rue d'Erfurth, la rue des Boucheries (rue de l'Ecole-de-Médecine), la rue du Paon, la rue des Deux-Portes, etc. Lors du percement du boulevard entre la rue de Rennes et la rue du Four on a découvert de nombreux sarcophages mérovingiens.

Dans sa traversée du VII^e arrondissement, le boulevard a  absorbé une partie d'un côté de la rue Saint-Dominique, une partie de la rue de Lille, toute la rue Taranne, plusieurs maisons de la rue Gozlin, la rue des Noyers, la rue des Lavandières-Saint-Jacques, la rue d'Erfurth, la rue Childebert, etc. (F. de Rochegude).