Ville des derniers Samaritains, Naplouse est l'antique Sichem, capitale du royaume d'Israël; elle fut nommée Neapolis par l'empereur Vespasien (Flavius) qui la restaura. A l'époque chrétienne, Naplouse fut le siège d'un évêché. Les croisés, commandés par Tancrède, s'en emparèrent peu après la prise de Jérusalem; Baudouin III y tint une grande diète en 1120. Naplouse fut souvent conquis et repris pendant les croisades. Au XVIII^e siècle, elle fut constamment insurgée contre les pachas d'Acre et de Damas.