La ville doit son origine au château élevé au XII^e siècle par les comtes de Comminges sur un territoire qu'ils tenaient en fief des comtes de Toulouse et qui devint la capitale du comté de Comminges.
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La Bataille de Muret (enluminure des Grandes Chroniques de France).

Lors de la guerre des Albigeois, Pierre II, roi d'Aragon, les comtes de Toulouse, de Foix, de Comminges et Gaston de Béarn, vinrent assiéger la place occupée par les troupes des croisés le 10 septembre 1213. Deux jours plus tard, Simon de Montfort arriva au secours des assiégés, et dans une sanglante bataille défit complétement les assiégeants. Le roi d'Aragon fut tué dès le début de l'action. 

Muret fut cependant restitué au comte de Comminges et resta la capitale de ses Etats. En 1799, Muret fut le centre du mouvement royaliste dirigé par le comte de Paulo.