En 1279, une inondation de l'Hers ayant à peu près complètement détruit la ville, les habitants obtinrent de leurs seigneurs l'autorisation de la reconstruire dans la plaine de la rive gauche, avec les privilèges des Villes Neuves. On y retrouve en effet le plan des bastides de la région, des rues se coupant à angles droits, comprises dans un périmètre rectangulaire, vers le centre duquel la « place des Couverts » est bordée de maisons à arcades dont quelques-unes remontent au XV^e siècle. Grâce à ses franchises, la ville se développa si rapidement qu'en 1317 elle se trouva désignée pour devenir le siège de l'un des évêchés suffragants de Toulouse créé par le pape Jean XXII.
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La place des Couverts, à Mirepoix, avec ses arcades en bois ouvragé.

Supprimé en 1790, l'évêché n'a pas été rétabli. La cathédrale de Saint-Maurice a été construite à deux reprises, de 1405 à 1433, puis de 1497 à 1537; c'est un édifice à une seule nef, large de 22 m, que devait recouvrir une voûte qui n'y a été ajoutée qu'au XIX^e siècle. La flèche de pierre dentelée, haute de 60 m, appartient à la seconde période des travaux, ainsi que l'ancien palais épiscopal qui subsiste encore. 

Après la reconstruction de la ville, le château de Terride, resté isolé sur la rive droite, devint un fief indépendant. A la fin du XVI^e siècle, il fut pris par les protestants qui s'y maintinrent longtemps; quelques années plus tard, à la requête des habitants de Mirepoix, il fut démantelé par ordre de Richelieu.
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La cathédrale Saint-Maurice, à Mirepoix.
(Photos : Elsa Soucasse, 2008).