La difficulté d'accès de cette région d'Asie centrale parait être la raison principale de l'oubli ou de l'abandon dans lequel le Pamir a été laissé durant de nombreux siècles. Les géographes grecs et arabes semblent avoir présumé l'existence d'une région fort élevée, sans toutefois pouvoir en fixer l'emplacement. Seul, Alexandre le Grand s'était avancé fort avant dans l'intérieur de l'Asie, mais les données manquent sur l'entrée de ses troupes au coeur du Pamir. On possède, par contre, des renseignements assez précis sur les diverses tentatives de pénétration faites par les Chinois. Déjà, vers le milieu du III^e siècle, les Bouddhistes du Céleste-Empire commencèrent une série de pèlerinages à la recherche de livres sacrés de leur religion, sur le sol même qui l'a vue naître, l'Inde. Quelques-uns d'entre eux ont mis un soin particulier à décrire la configuration exacte du pays qu'ils avaient parcouru et font surtout ressortir la masse imposante des hauteurs qui se dressaient devant eux. Song-Yun et Hiouen-Tsang ont laissé à cet égard des documents d'une haute valeur historique. Le premier voyageait en 502 (d'aucuns placent ce voyage en l'année 518), le second vers 630.

Avec les voyages de Marco Polo (1271-1291), les relations concernant ce pays prennent une forme plus concrète, plus européenne, presque moderne. Les missionnaires franciscains furent les successeurs immédiats de Marco Polo. Plus tard, au XVI^e siècle, les jésuites parcoururent à leur tour les routes de l'Asie centrale.

« Ils ont eu ainsi le mérite, dit Paquier, de renouer la chaîne qui doit unir l'Antiquité classique et le Moyen âge aux grandes explorations du XIXe siècle ». 

Le missionnaire jésuite dont les travaux sont particulièrement appréciés est Benedict Goëz, religieux portugais, qui quitta Lahore en 1603 se dirigeant sur Kaboul et traversa le massif du Pamir pour arriver à Yarkand. Là s'arrêtent les explorations et études géographiques particulières au Pamir. 

Cette région semblait avoir été complètement oubliée durant trois siècles, lorsque les intérêts politiques des Anglais et des Russes en Asie centrale firent éclore une série de reconnaissances et d'études qui firent également honneur aux explorateurs des deux pays, La première exploration scientifique du XIX^e siècle commence avec Wood, en 1837. Le cercle des explorateurs s'élargit bientôt. Nous devons signaler surtout les voyages de Hayward, de Forsyth, Dalgleish, Biddulph, Littledale, les nombreuses reconnaissances des pandits (Indiens lettrés, instruits spécialement en vue d'explorations scientifiques). Du côté des Russes, il convient de citer : Severtzov, Fedchenko, Venioukov, Mouchketov, Prjevalski, Kozlov, Pievtzov, Roborovski. Des voyageurs d'autres nationalités sont venus joindre leurs efforts à ceux des explorateurs anglais et russes. Les Français Bonvalot, Capus, Dauvergne, de Poncins, le Grec Potagos, le Suédois Sven Hedin, le Danois Olufsen, les Allemands Futterer et Holderer ont, par une série d'explorations scientifiques, courses et chasses, qui se continuaient encore au début de XX^e siècle, notablement élargi les connaissances géographiques sur le Pamir, qui cessa dès cette époque d'avoir beaucoup de secrets pour le géographe.

La région se trouvait autrefois, comme le Turkestan, sous la domination de divers khans. La partie septentrionale appartenait au khan de Kokhand dont la puissance a été détruite par les Russes en 1874. La partie orientale appartenait aux Chinois. Diverses localités, particulièrement aux environs de Yachil-Kul, renferment encore un grand nombre de ruines : anciens fortins, murs, tours, provenant de la domination chinoise ou afghane.

A la fin du XIX^e siècle, Anglais et Russes s'avançaient sensiblement dans le coeur du pays, les uns du Sud depuis l'Inde, les autres du Nord et de l'Ouest. Ces derniers y ont même établi, en 1893, un poste militaire (Pamirsky poste, situé à 3700 m, au confluent des rivières Murgab et Akbaïtal, c.-à-d. au coeur même du massif montagneux du Pamir) et commencèrent à occuper la région du Sarykol, à l'Est du Pamir, considérée jusque là comme province chinoise. 

La présence russe fut contestée à l'époque de la révolution soviétique de 1917, mais le régime de Moscou imposa de nouveau sa domination sur le Pamir à partir de 1925. La région fut alors rattachée à la République socialiste soviétique du Tadjikistan, à laquelle appartient par la suite son histoire.