Il imagina aussi un nouveau système métaphysique : il admettait en nous 2 principes immatériels, l'archée, principe vital qui pénètre le corps entier, y exécute les fonctions de nutrition, de digestion, et combat les maladies; le duumvirat, principe intelligent ou âme proprement dite : ce principe réside, non dans le cerveau, mais dans l'estomac et la rate, et résulte de l'accord de ces deux viscères, d'où le nom qu'il lui donne. 

Ses œuvres, qui renferment les idées les plus bizarres, mais aussi quelques vues justes (notamment sur les gaz, dont il établit scientifiquement l'existence), ont été publiées par son fils, sous le titre d'Ortus medicinae, Amst., 1648, in-4, et réimpr. à Francfort, 1659, on y remarque un traité De magnetica vulnerum curatione (1621), où il paraît avoir connu les faits dont on attribue la découverte Mesmer.