C'était un excellent professeur, bien qu'il eût plus de goût que de talent. En 1441, il dirigea des peintures dans la chapelle de San Cristoforo (Eremitani) et, en 1445, peignit des plafonds à San Antonio; les années suivantes, il exécuta encore des tableaux d'autel pour cette église (1446-49). En 1465, il exécuta un haut-relief de la ville et de la région de Padoue. 

Parmi les oeuvres de Squarcione, on mentionnera une Madone dans le palais Lazzara, à Padoue, et une Piété à Dresde; il semble avoir été plutôt l'entrepreneur que le collaborateur des tableaux exécutés par ses élèves aux Eremitani. L'influence de Squarcione sur l'art italien vient de sa collection d'antiquités et de la part qu'il eut dans le développement de ses élèves Mantegna et Marco Zoppo.