L'idée générale, qui se dégage de son oeuvre puissamment et aussi témérairement synthétique, est celle de l'unité-absolue du plan de l'univers, qui réalise, à travers tous ses degrés et par l'infinité même de ses formes, l'unité divine. Un panthéisme universel, dans lequel il est possible de suivre et de retrouver, jusque dans les plus infimes détails de l'organisation matérielle, l'unité logique du développement divin, un infini qui se répète en se diversifiant: tel est le monde. Tous les êtres représentent Dieu, chaque être particulier manifestant une ou plusieurs qualités d'un être supérieur et résumant en lui les qualités des êtres inférieurs. La continuité est ainsi établie dans le monde, expression directe de l'activité divine, et l'oeuvre d'Oken apparaît comme une exacte application, au domaine des sciences naturelles, du système de la monadologie.

La vie d'Oken donne l'exemple d'une prodigieuse activité intellectuelle. Dès 1802; il donne une vaste esquisse de sa théorie dans un premier ouvrage intitulé Grundriss der Naturphilosophie, der Theorie der Sinne, und der darauf gegründeten Classification der Thiere. Il expose dans ce livre que les classes d'animaux ne sont virtuellement rien de plus que la représentation des organes des sens : d'où la distinction des animaux en cinq classes : 

1° les Dermatozoa ou Invertébrés; 
2° les Glossozoa ou Poissons;
3° les Rhinozoa ou Reptiles;
4° les Otozoa ou Oiseaux;
5° les Ophtalanozoa ou Mammifères. 

En 1805, il publie la Génération (die Zeugung) où il soutient que tout être organique consiste primitivement en vésicules, masses protoplasmiques d'où sortent et se développent, par évolution, tous les êtres, hypothèse de génie dans laquelle les découvertes ultérieures de l'analyse anatomique pourront se reconnaître d'une certaine façon. L'année suivante, en 1800, Oken publiera un ouvrage intitulé Beiträge zur vergleichenden Zoologie, Anatomie, Physiologie, où l'on trouve des recherches neuves sur l'origine des intestins dans la vésicule ombilicale.

La récompense de ces travaux fut la nomination d'Oken comme professeur à l'Université d'Iéna, en 1807. A cette occasion, Oken prononça un discours d'ouverture en présence de Goethe, conseiller privé et recteur de l'Université, où il traitait de la signification des os du crâne. Il en tira ensuite un mémoire qu'il publia sous le titre de Ueber die Bedeutung der Schädelknochen, où se trouve développée une idée entrevue, eu même temps, par Goethe en Allemagne et par Dumeril en France, à savoir que la tête est composée de vertèbres modifiées : découverte qui apportait une confirmation éclatante aux idées générales d'Oken, puisqu'elle montrait l'unité réalisée dans le détail divers de l'organisation anatomique. En 1808, publication d'un traité Ueber das Universum als Fortsetzung der Sinnensystems, où il expose que le monde et l'organisme ne se tiennent pas seulement en harmonie l'un avec l'autre, mais qu'ils sont un en espèce. 

En 1809, Okenb fait paraître Lehrbuch der Naturphilosophie, classification nouvelle des éléments, minéraux, végétaux, animaux, d'après ses théories philosophiques. Chaque groupe d'animaux et de végétaux est caractérisé par le développement qu'y acquiert un des systèmes organiques, en sorte que les séries botaniques et zoologiques sont déterminées par les divers degrés de l'évolution organique. Oken y montre également que, de même qu'en chimie les combinaisons dérivent d'une loi définie numériquement, de même en anatomie les organes, en physiologie les fonctions, en histoire naturelle les classes, familles et genres, présentent entre eux des rapports arithmétiques semblables. Ce livre procura à Oken le titre de conseiller à la cour.

En 1816 commence, sous sa direction, la publication de l'Isis, eine encyclopädische Zeitschrift vorzüglich für Naturgeschichte, vergleichende Anatomie and Physiologie - revue générale, qui comprend non seulement des articles sur les sciences naturelles, mais aussi des articles littéraires et des bulletins politiques. Cette revue attira à Oken les remontrances des États allemands, et la cour de Weimar le mit en demeure de supprimer l'Isis ou d'abandonner sa chaire. Oken choisit ce dernier parti. La publication de l'Isis fut interdite à Weimar : mais elle continua à paraître, jusqu'en 1848, à Rudolstadt. C'est dans l'lsis qu'en 1821 Oken avait, le premier, exposé l'idée d'un congrès général périodique de naturalistes et de médecins allemands. Le premier de ces congrès eut lieu l'année suivante à Leipzig. C'est sur le modèle de ce congrès qu'a été organisée la British Association pour l'avancement de la science.

En 1828, Oken reprit son humble poste de privat-docent à l'Université de Munich, récemment créée. Mais il fut obligé de la quitter en 1832, à la suite d'attaques et de calomnies. Il se réfugia à Zurich où venait de se fonder une université.

Oken a ouvert à l'étude de la nature des voies nouvelles et pressenti des notions dont plusieurs ont fait leut chemin en biologie et ailleurs. Carus, Geoffroy Saint-Hilaire, Blainville, Owen lui doivent beaucoup. Peut-être son oeuvre est-elle gâtée par une forme emphatique, une trop grande place accordée aux hypothèses métaphysiques et, allant avec celle-ci, une trop grande systématisation d'idées. Il y avait là un obstacle important, obstacle que les élèves d'Oken n'ont pas toujours su éviter. Oken a écrit en français un ouvrage intitulé Esquisse d'un système d'anatomie, de physiologie et d'histoire naturelle (1812). (Da Costa).