"Je n'oublierai jamais, dit-il, la soirée de décembre où le voile qui me dérobait à moi-même ma propre incrédulité fut déchiré [...] Les heures de la nuit s'écoulaient et je ne m'en apercevais pas; je suivais avec anxiété ma pensée qui, de couche en couche, descendait vers le fond de ma conscience et, dissipant l'une après l'autre toutes les illusions qui m'en avaient jusque-là dérobé la vue, m'en rendait de moment en moment les détours plus visibles. En vain, je m'attachais à ces croyances dernières, comme un naufragé aux débris de son navire;[...] l'inflexible courant de ma pensée était plus fort [...] J'étais incrédule, mais je détestais l'incrédulité; ce fut là ce qui décida de la direction de ma vie."

De 1817 à 1822, Jouffroy enseigna la philosophie au collège Bourbon et à l'École normale. Privé de ces deux places par le triomphe de la réaction, il ouvrit des cours particuliers et envoya des articles au Globe (la Sorbonne et les Philosophes; Comment les dogmes finissent), au Courrier français et à l'Encyclopédie moderne. II publia en même temps la traduction des Esquisses de philosophie morale de Dugald-Stewart. et entreprit celle des oeuvres complètes de Reid. En 1828, il reprit son enseignement public à l'École normale et à la Sorbonne, puis au Collège de France. Sa santé, toujours délicate, l'obligea plusieurs fois d'interrompre ses cours. Un échec à la Chambre des députés, dont il était membre depuis 1831, lui porta un coup dont il ne se releva pas. Aux ouvrages que nous avons déjà cités, il convient de joindre un Cours d'esthétique (1826), rédigé parmi des auditeurs; un Cours de droit naturel (1831-33); un rapport sur le concours relatif aux écoles normales primaires et un très remarquable discours prononcé à la distribution des prix du collège Charlemagne (1840).

Jouffroy, dans l'école éclectique, s'attacha principalement à constituer la psychologie, qui lui paraissait seule capable de donner la solution des grands problèmes philosophiques et, en particulier, du problème de la destinée humaine. Il mit un soin jaloux à défendre son indépendance soit à l'égard de la métaphysique, soit surtout à l'égard de la physiologie. Il lui assigna comme méthode l'observation et l'induction. Multipliant à l'exemple des Ecossais les facultés de l'âme, il admit dans l'homme : 

1° les penchants primitifs au nombre de trois : l'amour du pouvoir ou l'ambition, le désir de la connaissance ou la curiosité, l'amour de nos semblables ou la sympathie;

2° la sensibilité ou la capacité de jouir et de souffrir, essentiellement liée au développement des penchants;

3° l'intelligence, comprenant, d'une part, les facultés d'observation, conscience, perception des sens extérieurs et mémoire, d'autre part, la raison;

4° la faculté expressive;

5° la faculté motrice ou locomotrice;

6° la volonté.