Dès lors, il a publié un grand nombre d'écrits sur des sujets de philosophie, d'esthétique, de religion. Le principal de beaucoup est la Philosophie de l'Inconscient. Cet ouvrage est divisé en deux parties, dont l'une a pour titre : la Phénoménologie, l'autre la Métaphysique de l'Inconscient, division qui marque assez bien celle de la doctrine. Cette doctrine (la première partie) est expérimentale, et prétend être scientifique; peut-être même est-ce la première ambition de Hartmann, que d'avoir essayé d'unir étroitement la philosophie et la science, l'une étant considérée comme le complément nécessaire de l'autre. L'autre partie du système est purement métaphysique, et a pour objet des spéculations analogues à celles de Schelling ou de Schopenhauer, sur la nature et la fin de l'univers, sur le bonheur, le néant, l'être, les principes suprêmes.

La vie corporelle nous oblige à recourir à l'inconscient. Celui-ci est conçu soit comme volonté, soit comme idée. L'organisme ne peut être expliqué suffisamment comme en mécanisme (Philosophie mécanique). Il est une société d'organismes individuels, c'est-à-dire, d'un bout à l'autre, une activité. Il en est de même de ses fonctions. L'inconscient apparaît dans l'instinct, dont il explique la clairvoyance, la plasticité. Le réflexe doit être conçu comme une réaction de l'instinct. et suppose lui-même une finalité intérieure. Comment comprendre, sans elle, la finalité évidente, la promptitude, la variété infinie des mouvements réflexes? Le réflexe est en effet le type de l'acte du système nerveux, et nos fonctions les plus hautes tombent sous sa définition. Le mouvement volontaire lui-même ne s'expliquerait pas sans des réflexes qui mettent en mouvement avec une rapidité et une précision parfaites une multitude de fibres inconnues à la conscience. A tous ses degrés, le réflexe a une face subjective inséparable de la face objective, des éléments de volonté et d'idée inséparable du mouvement. La même finalité inconsciente se retrouve dans les actes curateurs de l'organisme, inexplicables mécaniquement, sans une vertu curative spontanée. Il en est de même des actes formateurs, ceux par exemple qui dépendent de la nutrition; nulle explication mécaniste ne rendra compte de la formation des tissus. Sans doute la plupart du temps l'activité inconsciente a confié son oeuvre à un mécanisme ; mais le mécanisme lui-même la manifeste. Il y a dans chaque organisme une providence intérieure, que notre conscience ne connaît pas et qui veille toujours. C'est elle qu'il faut entendre dans ce mot de Schopenhauer, que Hartmann a choisi pour épigraphe de ce premier livre :

« Chaque être se présente à nous comme son oeuvre propre; mais on ne comprend pas le langage de la nature, parce qu'il est trop simple. »

L'inconscient est aussi partout dans la vie de l'esprit. Il suffit, pour le reconnaître, d'analyser les instincts humains, la coquetterie, la pudeur, l'amour maternel, l'amour. Ce sont autant de volontés inconscientes de leur but, au service de l'inconscient. Le type de cette activité, à la fois intelligente et aveugle, c'est l'amour, par lequel l'inconscient mobilise toutes les forces de l'individu en vue d'un but supérieur à l'individu même : la conservation de l'espèce. L'amour est la grande tromperie de la nature, que Schopenhauer déjà avait aperçue. L'activité inconsciente se trahit, lorsqu'elle accomplit son acte, par le plaisir et la douleur. La sensibilité consciente n'est que l'écho des satisfactions ou des contrariétés d'une activité inconsciente. Les plaisirs et les douleurs sont donc identiques dans leur fond. Ainsi s'expliquent des caractères autrement inexplicables. Il arrive que nous avons du plaisir à des actes dont l'idée nous rebutait : n'est-ce pas la preuve que la conscience ne connaît pas les fins de l'inconscient? Si notre sensibilité est si mystérieuse, c'est que nos plaisirs et nos peines sont surtout déterminés par des idées et des désirs inconscients. Si la réflexion réussit parfois à y pénétrer, c'est que l'inconscient a aussi sa logique, distincte, mais semblable à celle de l'esprit conscient. Mieux encore que dans les sensations, l'inconscient se révèle dans la manière dont l'âme réagit contre elles; c'est le caractère. Cette réaction a tout à fait le type de l'action réflexe ou des mouvements réflexes de l'instinct. De là la résistance, l'immutabilité du caractère. Tout ce que peut contre lui l'habitude ou l'exercice, c'est de développer plus spécialement certaines de ses tendances. Par suite la moralité ne descend point dans ses profondeurs. 

« La nature en elle-même n'est ni bonne ni mauvaise [...]. Le bien et le mal n'existent pas pour elle, mais seulement pour la volonté-consciente de l'individu. »

« d'un esprit qui soumet le développement du langage aux mêmes lois, dans ses périodes de floraison comme de développement ».

« Ce n'est qu'après coup que les raisons sont recherchées pour la conscience, lorsque le jugement est déjà arrêté. »

Tel est le rôle de l'inconscient dans la vie humaine tout ce qui est activité spontanée, et il n'est rien qui au fond ne se résolve dans une telle activité, lui appartient. Cette théorie a le mérite, pour la physiologie, de montrer les lacunes du mécanisme, et par suite, de le forcer à devenir plus exact, plus complet; pour la psychologie, de délimiter la part de l'inconnu, de l'instinctif en nous, et de mesurer ainsi l'importance des idées abstraite, et de leurs lois; elle tend a rendre la morale plus concrète; elle donne enfin à l'esthétique une idée féconde, que Schopenhauer avait déjà développée, il est vrai, mais avec une méthode moins rigoureuse, trop intuitive et trop personnelle.

La Métaphysique de l'inconscient examine en eux-mêmes les principes que la Phénoménologie a étudiés dans leurs effets. L'inconscient, sous ses deux formes, volonté et idée, est le principe actif que nous avons trouvé dans toutes les manifestations de la vie. Ce principe appartient à la conscience. A-t-on le droit de le considérer comme réel, et de le transformer en une force agissant dans le monde? La pensée est elle-même l'oeuvre du monde, analogue à lui, et leurs lois sont communes : le principe que l'expérience intime nous fait connaître appartient donc bien à l'univers. ll s'agit seulement de le débarrasser des formes qui sont particulières à l'humain. Ces formes tiennent toutes à la conscience. Nous n'avons le droit de considérer la volonté et l'idée comme principes métaphysiques qu'à la condition d'admettre qu'ils ne se connaissent pas. 

Comment expliquer l'apparition de la conscience? Elle résulte de la lutte de forces opposées. Partout où il y a des forces distinctes, il peut y avoir conscience. Peut-être existe-t-il une conscience des atomes. Il y a une conscience des cellules vivantes, du protoplasmes. La conscience n'a pas de degrés, elle est ou elle n'est pas. Sa richesse, son étendue tiennent à son objet. Elles dépendent des conditions physiologiques, de la facilité de communication entre les cellules nerveuses. L'être le plus pauvre, la matière, n'est donc pas inconscient et inerte. On ne peut concevoir les atomes que comme des centres de force. Or, toute force, toute action est une volonté et une fin, par suite une idée. Ainsi est rétablie l'unité de l'être sans que la science ait à en souffrir. Par suite, il n'y a pas de solution de continuité métaphysique entre la matière et la vie et la vie peut spontanément sortir de la matière. La vie produit l'individu, suivant les quatre lois d'unité suivantes : 

1° unité d'espace ou de forme; 

2° de temps ou d'action; 

3° de cause ; 

4° de fin.

Les individus se perfectionnent en enfermant dans ces unités une multiplicité sans cesse croissante. Ils se développent suivant des lois externes et internes, l'action extérieure, l'hérédité, l'inconscient surtout, qui tend à enfermer en chacun d'eux la plus grande somme possible de vie, luttant pour cela contre les lois de la matière. Ainsi s'expliquent les individus dans leur diversité. Leurs ressemblances s'expliquent en partie par les lois de l'évolution, l'adaptation, la sélection naturelle, l'hérédité, mais aussi par la finalité de l'inconscient, qui demeure la cause principale, inventrice et directrice. L'inconscient ne se divise ni dans les individus ni dans les espèces. L'harmonie de tous les actes de la nature prouve l'unité de la force qui les accomplit. L'inconscient est l'âme universelle, l'un-tout. Inconscient, il n'est pas aveugle, il a la sagesse absolue. Le monde qu'il crée est le meilleur possible (Leibniz, Optimisme).

Pourtant la souffrance y domine infiniment la joie. Hartmann analyse alors l'espérance du bonheur, sous toutes sa formes; bonheur individuel, bonheur de l'espèce, bonheur dans une autre vie. Sous toutes ses formes, cette espérance est illusoire. A mesure que l'humanité fait des progrès, elle souffre davantage. Un jour viendra où sa souffrance sera telle, et l'illusion de ses espérances si visible, qu'elle aspirera elle-même à sa délivrance, et que la volonté renoncera à la vie. Ce renoncement ne sera pas le suicide individuel de Schopenhauer, révolte enfantine et inutile de l'humain qui n'a su comprendre ni quelles sont les forces qu'il a contre lui, ni celles dont il dispose, mais le renoncement de l'humanité tout entière, résultat de pénibles efforts et d'un progrès séculaire. Le devoir pour nous n'est pas le suicide, mais le progrès dans tous les ordres de la vie; le progrès augmente la souffrance, découvre l'illusion et prépare le renoncement. Quel peut donc être le plan du monde et le but de l'inconscient créateur? Si l'inconscient veut la vie, comment les êtres vivants peuvent-ils vouloir le néant, et quelle sera la fin de cette lutte? Hartmann répond à cette question par l'examen des Derniers Principes. Le principe des choses n'est pas l'idée, comme l'a cru Hegel. Admettre dans l'idée un élément illogique, c'est en réalité reconnaître l'existence d'un autre principe que l'idée? Le principe suprême n'est pas davantage la volonté de Schopenhauer. Donner pour fondement à sa philosophie une volonté aveugle, c'est choisir un principe trop étroit, incapable d'expliquer la logique et la fécondité de l'univers. Le principe suprême de comprendre les deux principes, comme ses attributs. Ils sont, du reste, inséparables dans l'univers. 

« L'idée détermine l'essence, la volonté l'existence [...]. L'entendement donne la mesure à la volonté infinie, sans limites. » 

« L'état de la volonté est une éternelle aspiration vers un contenu qui ne peut lui être donné que par l'idée. » 

La volonté et idée s'unissent comme le principe masculin et le féminin. L'idée vierge se sacrifie pour sauver la volonté de sa souffrance. Mais leur rapport est celui du fini à l'infini, et la souffrance ne peut être calmée. Une fois que la volonté est entrée dans l'existence, elle s'est condamnée à la servitude du vouloir. Elle ne saurait être affranchie que par l'excès même de sa souffrance. Le jour ou le vouloir saura renoncer à lui-même, la volonté retournera à la puissance pure, à l'absolue liberté. Elle pourra dès lors recommencer à chercher l'être. La probabilité de sa renaissance sera 1/2. Mais si n mondes ont existé déjà, si le vouloir est sorti n fois de la volonté, la probabilité est réduite à 1/2n. Cela suffit à légitimer notre effort pour le progrès. Ainsi, par l'introduction d'un élément logique, le pessimisme de Schopenhauer est ici achevé d'une façon plus systématique. Mais si le raisonnement est plus rigoureux, l'intuition est moins riche. Il n'y a pas dans le livre de Hartmann la plénitude de la pensée, la beauté du style, qui feront vivre le Monde comme Volonté et Représentation. (Cramaussel).

Les principaux ouvrages de Hartmann sont : Die Philosophie des Unbewussten (Berlin, 1869; 2e édit., 1882. trad. en français par Nolen).- Ueber die dialektische Methode (1868). - Schellings positive Philosophie als Einheit von Hegel und Schopenhauer (1869). - Gesammelte philosophische Abhandlungen (1872). - Erlœuterungen zur  Metaphysik des Unbewussten (1874). - Neukantianismus und Hegelianismus (1874); etc.