Envoyé aux États généraux (1789) par les pays basques comme représentant du tiers état, il devint sous la Convention ministre de la justice, et remplaça Danton après les massacres de septembre (12 octobre 1792) : il eut en cette qualité la cruelle mission de lire à Louis XVI sa sentence. Il accepta peu après (14 mars 1793) le portefeuille de l'intérieur, que quittait Roland, mais il montra dans cette haute position peu de fermeté et de clairvoyance, et la quitta au bout de peu de mois. Il fut peu après jeté en prison et n'en sortit qu'au 9 thermidor. 

Appelé en 1794 aux écoles normales, il y fit des leçons bort brillantes sur l'Analyse de l'entendement. Elu en 1796 membre du Conseil des Anciens, il se laissa nommer sénateur, puis comte par l'empereur Napoléon. Esprit profond, bon écrivain, Garat était faible comme homme politique : on a dit que c'était un jacobin malgré lui. Outre ses Éloges, il a publié des Considérations sur la Révolution, 1792; des Mémoires sur le Révolution, 1795, où il explique sa conduite; des Mémoires sur Suard, son ami, 1820, et a laissé en manuscrit des Éloges de Bossuet, de Condillac, de Montesquieu, et une Histoire des Basques. Membre de l'Académie des sciences morales dès la fondation (1795), il avait été en outre nommé en 1806 membre de l'Académie française; il en fut exclu sous la Restauration.